Abstract Molecular testing for SARS-CoV-2 is the mainstay for accurate diagnosis of the infection, but the diagnostic performances of available assays have not been defined. We compared 12 molecular diagnostic assays, including 8 commercial kits using 155 respiratory samples (65 nasopharyngeal swabs, 45 oropharyngeal swabs, and 45 sputum) collected at 2 Japanese hospitals. Sixty-eight samples were positive for more than one assay and one genetic locus and were defined as true positive samples. All the assays showed a specificity of 100% (95% confidence interval, 95.8 to 100). The N2 assay kit of the US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and the N2 assay of the Japanese National Institute of Infectious Disease (NIID) were the most sensitive assays with 100% sensitivity (95% confidence interval, 94.7 to 100), followed by the CDC N1 kit, E assay by Corman, and NIID N2 assay multiplex with internal control reactions. These assays are reliable as first-line molecular assays in laboratories when combined with appropriate internal control reactions.

Abstract In middle to late 2023, a sublineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS‐CoV‐2) Omicron XBB, EG.5.1 (a progeny of XBB.1.9.2), is spreading rapidly around the world. We performed multiscale investigations, including phylogenetic analysis, epidemic dynamics modeling, infection experiments using pseudoviruses, clinical isolates, and recombinant viruses in cell cultures and experimental animals, and the use of human sera and antiviral compounds, to reveal the virological features of the newly emerging EG.5.1 variant. Our phylogenetic analysis and epidemic dynamics modeling suggested that two hallmark substitutions of EG.5.1, S:F456L and ORF9b:I5T are critical to its increased viral fitness. Experimental investigations on the growth kinetics, sensitivity to clinically available antivirals, fusogenicity, and pathogenicity of EG.5.1 suggested that the virological features of EG.5.1 are comparable to those of XBB.1.5. However, cryo‐electron microscopy revealed structural differences between the spike proteins of EG.5.1 and XBB.1.5. We further assessed the impact of ORF9b:I5T on viral features, but it was almost negligible in our experimental setup. Our multiscale investigations provide knowledge for understanding the evolutionary traits of newly emerging pathogenic viruses, including EG.5.1, in the human population.

ABSTRACT Staphylococcus epidermidis is a member of the human skin microbiota as a commensal organism but could be an important opportunistic pathogen for immunocompromised individuals. Here, we report the complete genome sequence of three S . epidermidis strains isolated from patients with skin diseases.

Background: Tacrolimus is an immunosuppressant administered to patients undergoing lung transplantation. Itraconazole is often concomitantly used with tacrolimus to prevent fungal infections and increase tacrolimus concentration. However, the pharmacokinetics of tacrolimus in Japanese lung transplant recipients and the effect of itraconazole on its pharmacokinetics have not been adequately evaluated. Population pharmacokinetic analysis was conducted to develop an optimal dose adjustment method for use upon itraconazole initiation in Japanese lung transplant recipients. Methods: This study comprised Japanese lung transplant recipients whose blood tacrolimus and itraconazole concentrations were measured between January 2017 and December 2019. A nonlinear mixed-effects modeling program was used to explore the covariates of tacrolimus pharmacokinetics and effects of concomitant itraconazole use. Using the model, the optimal initial tacrolimus dose was calculated and a dose adjustment method comprising concomitant itraconazole use was developed. Results: A total of 1693 tacrolimus trough blood concentrations and 85 itraconazole trough plasma concentrations were obtained from 43 patients. Postoperative day, albumin level, and administration route were extracted as covariates for tacrolimus pharmacokinetics. The drug–drug interaction between tacrolimus and itraconazole could be predicted more accurately by considering the concentration-dependent inhibition of itraconazole. The optimal initial tacrolimus dose was 2.0 mg twice daily for tube and 1.5 mg twice daily for oral administration. To maintain the target concentration, the tacrolimus dose was reduced by 60% upon itraconazole initiation. Conclusions: This study is the first to use population pharmacokinetic analysis to assess the interaction between tacrolimus and itraconazole in patients who underwent lung transplantation. These results provide useful insights for optimizing the initial tacrolimus dose for concomitant itraconazole use.

In middle-late 2023, a sublineage of SARS-CoV-2 Omicron XBB, EG.5.1 (a progeny of XBB.1.9.2), is spreading rapidly around the world. Here, we performed multiscale investigations to reveal virological features of newly emerging EG.5.1 variant. Our phylogenetic-epidemic dynamics modeling suggested that two hallmark substitutions of EG.5.1, S:F456L and ORF9b:I5T, are critical to the increased viral fitness. Experimental investigations addressing the growth kinetics, sensitivity to clinically available antivirals, fusogenicity and pathogenicity of EG.5.1 suggested that the virological features of EG.5.1 is comparable to that of XBB.1.5. However, the cryo-electron microscopy reveals the structural difference between the spike proteins of EG.5.1 and XBB.1.5. We further assessed the impact of ORF9b:I5T on viral features, but it was almost negligible at least in our experimental setup. Our multiscale investigations provide the knowledge for understanding of the evolution trait of newly emerging pathogenic viruses in the human population.

The World Health Organization (WHO)'s Research and Development (R&D) Blueprint for Action to Prevent Epidemics, a plan of action, highlighted several infectious diseases as crucial targets for prevention. These infections were selected based on a thorough assessment of factors such as transmissibility, infectivity, severity, and evolutionary potential. In line with this blueprint, the VACCELERATE Site Network approached infectious disease experts to rank the diseases listed in the WHO R&D Blueprint according to their perceived risk of triggering a pandemic. VACCELERATE is an EU-funded collaborative European network of clinical trial sites, established to respond to emerging pandemics and enhance vaccine development capabilities.Between February and June 2023, a survey was conducted using an online form to collect data from members of the VACCELERATE Site Network and infectious disease experts worldwide. Participants were asked to rank various pathogens based on their perceived risk of causing a pandemic, including those listed in the WHO R&D Blueprint and additional pathogens.A total of 187 responses were obtained from infectious disease experts representing 57 countries, with Germany, Spain, and Italy providing the highest number of replies. Influenza viruses received the highest rankings among the pathogens, with 79 % of participants including them in their top rankings. Disease X, SARS-CoV-2, SARS-CoV, and Ebola virus were also ranked highly. Hantavirus, Lassa virus, Nipah virus, and henipavirus were among the bottom-ranked pathogens in terms of pandemic potential.Influenza, SARS-CoV, SARS-CoV-2, and Ebola virus were found to be the most concerning pathogens with pandemic potential, characterised by transmissibility through respiratory droplets and a reported history of epidemic or pandemic outbreaks.

Abstract Despite the clinical efficacy of coronavirus disease 2019 mRNA vaccines, the elderly demonstrate lower IgG levels and neutralizing titers and a higher risk of severe diseases. CD4 + T cells play a central role in regulating antigen-specific antibody and CD8 + T-cell responses; however, because their composition and functionality change significantly with age, relationships between age-associated defects in T cells and the immunogenicity of or reactogenicity to mRNA vaccines are unclear. Using a vaccine cohort ( n = 216), we found that the elderly (aged ≥65 years) showed delayed induction and early contraction of vaccine-specific CD4 + T cells, and that the compromised C–X–C motif chemokine receptor 3 + circulating T follicular helper cell response after the first dose was associated with the lower IgG levels. Additionally, the elderly experienced significantly fewer systemic adverse effects (AEs) after the second dose, with those exhibiting few AEs showing lower cytokine + CD4 + T cells after the first dose and lower antibody levels after the second dose. Furthermore, T helper 1 cells in the elderly expressed higher levels of programmed cell death protein-1, a negative regulator of the T-cell response, which was associated with less production of vaccine-specific CD4 + T cells and impaired CD8 + T-cell expansion. Thus, efficient induction of vaccine-specific effector/memory CD4 + T cells after the first dose may trigger robust cytokine production after the second dose, leading to effective vaccine responses and higher systemic reactogenicity. These results suggested that an enhanced CD4 + T-cell response after the first dose is key to improved vaccination efficacy in the elderly. One Sentence Summary We compared immunogenicity and reactogenicity to COVID-19 mRNA vaccine in 107 adults (aged <65 years) and 109 elderly (aged ≥65) individuals.

Abstract The emergence and spread of drug-resistant bacteria continue to be a global crisis. The mechanism of the resistance spread via mobile genetic elements such as plasmids is well known, however, the impact of the natural transformation on the spread remains unclear. Streptococcus pneumoniae is well known to be a transformable pathogen by natural competence and they become β-lactam resistance by the acquisition of chromosomal genetic elements including mutated PBPs by natural transformation. To trace the transmission of pneumococcal PBPs among nationwide pediatric population and analyze the impact of transformed PBPs to β-lactam resistance, we collected and analyzed more than 1300 isolates of S. pneumoniae through nationwide surveillance study for pediatric pneumococcal diseases between 2012-2017 in Japan. We discovered a high prevalence of a specific PBP1A type ( pbp1a -13) in β-lactam resistant pneumococci that had a 370SSMK substitution in their β-lactam binding SXXK motif, suggesting that this pbp1a -13 transferred horizontally between different clones resulting in emergence and spread of β-lactam resistant pneumococcal clones. Divergence dating analysis suggested that pbp1a -13 was inserted into major resistant lineages in the early 1990s through the 2000s, before introduction of pneumococcal conjugate vaccines in Japan. Our additional analysis for pneumococcal isolates that were recovered in the 90s in Japan suggested that pbp1a -13 in GPSC1 (serotype 19F-CC236) and GPSC14 (serotype 23F-CC242) isolates were the origin of the currently spread pbp1a -13. We provide evidence of pbp1a horizontal transmission at a nationwide scale and highlight the importance of PBP profile monitoring for identifying the emergence and spread of resistant pneumococci lineages.

Age-associated differences in the effect of repetitive vaccination, particularly on memory T-cell and B-cell responses, remain unclear. While older adults (aged ≥65 years) exhibited enhanced IgG responses following COVID-19 mRNA booster vaccination, they produced fewer spike-specific circulating follicular helper T cells-1 than younger adults. Similarly, the cytotoxic CD8

The seasonality and epidemiology of viral acute respiratory infections (ARIs) have changed since the coronavirus disease 2019 pandemic. However, molecular-based ARI surveillance has not been conducted in Japan. We developed a regional surveillance program to define the local epidemiology of ARIs. Between December 2023 and March 2024, 2,992 upper respiratory samples collected from patients suspected of having ARIs at five facilities in Kyoto City, Japan, were tested for SARS-CoV-2, influenza virus, and respiratory syncytial virus (RSV) using RT‒PCR. Samples negative for these viruses were randomly selected for testing with the FilmArray Respiratory Panel, and the detection rates of other viruses were estimated. SARS-CoV-2, influenza virus, and RSV were detected in 598 (20.3%), 165 (5.6%), and 40 (1.4%) of the 2,949 samples with valid RT‒PCR results, respectively. The most prevalent viruses in the < 6, 6–17, 18–64, and ≥ 65 year age groups were rhinovirus/enterovirus, RSV, and SARS-CoV-2; influenza virus, seasonal coronavirus, and rhinovirus/enterovirus; SARS-CoV-2, seasonal coronavirus, and influenza virus; and SARS-CoV-2, seasonal coronavirus, and influenza virus, respectively. Significant differences in the detection rates of these viruses were detected between the age groups. This study highlights the importance of age-stratified molecular-based surveillance for a comprehensive understanding of the epidemiology of ARIs.