Abstract Motivation In last three decades, a wide range of protein descriptors/features have been discovered to annotate a protein with high precision. A wide range of features have been integrated in numerous software packages (e.g., PROFEAT, PyBioMed, iFeature, protr, Rcpi, propy) to predict function of a protein. These features are not suitable to predict function of a protein at residue level such as prediction of ligand binding residues, DNA interacting residues, post translational modification etc. Results In order to facilitate scientific community, we have developed a software package that computes more than 50,000 features, important for predicting function of a protein and its residues. It has five major modules for computing; composition-based features, binary profiles, evolutionary information, structure-based features and patterns. The composition-based module allows user to compute; i) simple compositions like amino acid, dipeptide, tripeptide; ii) Properties based compositions; iii) Repeats and distribution of amino acids; iv) Shannon entropy to measure the low complexity regions; iv) Miscellaneous compositions like pseudo amino acid, autocorrelation, conjoint triad, quasi-sequence order. Binary profile of amino acid sequences provides complete information including order of residues or type of residues; specifically, suitable to predict function of a protein at residue level. Pfeature allows one to compute evolutionary information-based features in form of PSSM profile generated using PSIBLAST. Structure based module allows computing structure-based features, specifically suitable to annotate chemically modified peptides/proteins. Pfeature also allows generating overlapping patterns and feature from whole protein or its parts (e.g., N-terminal, C-terminal). In summary, Pfeature comprises of almost all features used till now, for predicting function of a protein/peptide including its residues. Availability It is available in form of a web server, named as Pfeature ( https://webs.iiitd.edu.in/raghava/pfeature/ ), as well as python library and standalone package ( https://github.com/raghavagps/Pfeature ) suitable for Windows, Ubuntu, Fedora, MacOS and Centos based operating system.

COVID-19 vaccines have a favorable safety profile in patients with autoimmune rheumatic diseases (AIRDs) such as idiopathic inflammatory myopathies (IIMs); however, hesitancy continues to persist among these patients. Therefore, we studied the prevalence, predictors and reasons for hesitancy in patients with IIMs, other AIRDs, non-rheumatic autoimmune diseases (nrAIDs) and healthy controls (HCs), using data from the two international COVID-19 Vaccination in Autoimmune Diseases (COVAD) e-surveys.The first and second COVAD patient self-reported e-surveys were circulated from March to December 2021, and February to June 2022 (ongoing). We collected data on demographics, comorbidities, COVID-19 infection and vaccination history, reasons for hesitancy, and patient reported outcomes. Predictors of hesitancy were analysed using regression models in different groups.We analysed data from 18 882 (COVAD-1) and 7666 (COVAD-2) respondents. Reassuringly, hesitancy decreased from 2021 (16.5%) to 2022 (5.1%) (OR: 0.26; 95% CI: 0.24, 0.30, P < 0.001). However, concerns/fear over long-term safety had increased (OR: 3.6; 95% CI: 2.9, 4.6, P < 0.01). We noted with concern greater skepticism over vaccine science among patients with IIMs than AIRDs (OR: 1.8; 95% CI: 1.08, 3.2, P = 0.023) and HCs (OR: 4; 95% CI: 1.9, 8.1, P < 0.001), as well as more long-term safety concerns/fear (IIMs vs AIRDs - OR: 1.9; 95% CI: 1.2, 2.9, P = 0.001; IIMs vs HCs - OR: 5.4 95% CI: 3, 9.6, P < 0.001). Caucasians [OR 4.2 (1.7-10.3)] were likely to be more hesitant, while those with better PROMIS physical health score were less hesitant [OR 0.9 (0.8-0.97)].Vaccine hesitancy has decreased from 2021 to 2022, long-term safety concerns remain among patients with IIMs, particularly in Caucasians and those with poor physical function.

Abstract Background In past number of web-based resources has been developed in the field of Bioinformatics. These resources are heavily used by scientific community to provide solution for challenges faced by experimental researchers particularly in the field of biomedical sciences. There are number of challenges in utilizing full potential of these services that includes internet speed, limits on computing power, and security of data. In order to enhance utilities of these web-based assets, we developed a docker-based container that integrates large number resources available in literature. Results This paper describes GPSRdocker a docker-based container developed for providing wide-range of computational tools in the field of bioinformatics particularly in genomics, proteomics and system biology. Majority of tools integrated in GPSRdocker are based on web services developed at Raghava’s group in last two decades. Broadly, these tools can be categorized in three categories; i) general scripts, ii) supporting software and iii) major standalone software. In order to facilitate students or developers working in the field of bioinformatics, we developed general scripts in Perl and Python. These general-purpose scripts serve as building block for any bioinformatics tools like computing features/descriptors of a protein. Supporting software packages includes SCIKIT, WEKA, SVM light , and PSI-BLAST; these software packages allow one to develop/implement bioinformatics software. Major Standalone software is core of this container which allows predicting function/class of biomolecules. These tools can be classified broadly in following categories; protein annotation, epitope-based vaccines, prediction of interaction and drug discovery. Conclusion A docker-based container has been developed which can be easily run on any operating system as well as it can be directly ported on cloud. Scripts can be run to build pipelines for addressing problems at system level like prediction of vaccine candidate for a pathogen. GPSRdocker including manual is available free for academic use from https://webs.iiitd.edu.in/gpsrdocker .

Abstract Objectives Disease flares in the post–coronavirus disease 2019 (COVID-19) vaccination period represent a prominent concern, though risk factors are poorly understood. We studied these flares among patients with idiopathic inflammatory myopathies (IIMs) and other autoimmune rheumatic diseases (AIRDs). Methods The COVAD-1 and -2 global surveys were circulated in early 2021 and 2022, respectively, and we captured demographics, comorbidities, AIRDs details, COVID-19 infection history and vaccination details. Flares of IIMs were defined as (a) patient self-reported, (b) immunosuppression (IS) denoted, (c) clinical sign directed and (d) with &gt;7.9-point minimal clinically significant improvement difference worsening of Patient-Reported Outcomes Measurement Information System (PROMIS) PROMISPF10a score. Risk factors of flares were analysed using regression models. Results Of 15 165 total respondents, 1278 IIMs (age 63 years, 70.3% female, 80.8% Caucasians) and 3453 AIRDs were included. Flares of IIM were seen in 9.6%, 12.7%, 8.7% and 19.6% patients by definitions (a) to (d), respectively, with a median time to flare of 71.5 (10.7–235) days, similar to AIRDs. Patients with active IIMs pre-vaccination (OR 1.2; 95% CI 1.03, 1.6, P = 0.025) were prone to flares, while those receiving rituximab (OR 0.3; 95% CI 0.1, 0.7, P = 0.010) and AZA (OR 0.3, 95% CI 0.1, 0.8, P = 0.016) were at lower risk. Female gender and comorbidities predisposed to flares requiring changes in IS. Asthma (OR 1.62; 95% CI 1.05, 2.50, P = 0.028) and higher pain visual analogue score (OR 1.19; 95% CI 1.11, 1.27, P &lt; 0.001) were associated with disparity between self-reported and IS-denoted flares. Conclusion A diagnosis of IIMs confers an equal risk of flares in the post–COVID-19 vaccination period to AIRDs, with active disease, female gender and comorbidities conferring a higher risk. Disparity between patient- and physician-reported outcomes represents a future avenue for exploration.

Journal Article COVID-19 vaccine safety during the antenatal period in women with idiopathic inflammatory myopathies Get access Laura Andreoli, Laura Andreoli Rheumatology and Clinical Immunology Unit, Azienda Socio-Sanitaria Territoriale Spedali Civili, Brescia, ItalyDepartment of Clinical and Experimental Sciences, University of Brescia, Brescia, Italy https://orcid.org/0000-0002-9107-3218 Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Parikshit Sen, Parikshit Sen Maulana Azad Medical College, New Delhi, Delhi, India https://orcid.org/0000-0002-1630-6026 Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Daniele Lini, Daniele Lini Rheumatology and Clinical Immunology Unit, Azienda Socio-Sanitaria Territoriale Spedali Civili, Brescia, ItalyDepartment of Clinical and Experimental Sciences, University of Brescia, Brescia, Italy Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Melinda Nagy Vincze, Melinda Nagy Vincze Division of Clinical Immunology, Faculty of Medicine, University of Debrecen, Debrecen, Hungary https://orcid.org/0000-0003-0316-3828 Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Karen Schreiber, Karen Schreiber Department of Rheumatology, Danish Hospital for Rheumatic Diseases, Sønderborg, DenmarkDepartment of Regional Health Research (IRS), University of Southern Denmark, Odense, DenmarkThrombosis and Haemophilia Centre, Guy's and St Thomas' NHS Foundation Trust, London, UK Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Vikas Agarwal, Vikas Agarwal Department of Clinical Immunology and Rheumatology, Sanjay Gandhi Postgraduate Institute of Medical Sciences, Lucknow, India https://orcid.org/0000-0002-4508-1233 Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Rohit Aggarwal, Rohit Aggarwal Division of Rheumatology and Clinical Immunology, Department of Medicine, University of Pittsburgh School of Medicine, Pittsburgh, PA, USA https://orcid.org/0000-0001-7531-8038 Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Latika Gupta, Latika Gupta Department of Clinical Immunology and Rheumatology, Sanjay Gandhi Postgraduate Institute of Medical Sciences, Lucknow, IndiaDepartment of Rheumatology, Royal Wolverhampton Hospitals NHS Trust, Wolverhampton, UKDepartment of Rheumatology, City Hospital, Sandwell and West Birmingham Hospitals NHS Trust, Birmingham, UKCentre for Musculoskeletal Research, Division of Musculoskeletal and Dermatological Sciences, School of Biological Sciences, Faculty of Biology, Medicine and Health, Manchester Academic Health Science Centre, The University of Manchester, Manchester, UK Correspondence to: Latika Gupta, Department of Rheumatology, Royal Wolverhampton Hospitals NHS Trust and New Cross Hospital, Wednesfield Road, Wolverhampton WV10 0QP, UK. E-mail: drlatikagupta@gmail.com https://orcid.org/0000-0003-2753-2990 Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar COVAD Study Group COVAD Study Group Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Rheumatology, Volume 62, Issue 6, June 2023, Pages e175–e179, https://doi.org/10.1093/rheumatology/keac644 Published: 12 November 2022 Article history Accepted: 08 November 2022 Published: 12 November 2022 Corrected and typeset: 30 November 2022

We investigated coronavirus disease 2019 (COVID-19) vaccine safety in pregnant and breastfeeding women with autoimmune diseases (AID) in the COVID-19 Vaccination in Autoimmune Diseases (COVAD) study.

Notwithstanding the wealth of literature on COVID-19, studies focusing on young adults with autoimmune diseases (AD) are lacking. To determine early (within 7 days) and late (after 7 days) anti-SARS-CoV-2 vaccine-related adverse events (AEs), post-vaccine disease flares, COVID-19 severity and breakthrough infections (B-INFs) in young people with rheumatic diseases (RMDs) and non-rheumatic autoimmune diseases (nr-ADs) compared to healthy controls (HC). Data were captured through the international COVID-19 vaccination in autoimmune diseases (COVAD) 1 and 2 questionnaires. Of 20,685 complete responses, we identified 6010 from patients aged 18-35 years (1692 RMD, 400 nrADs, 3918 HC) who received up to 4 vaccine doses. BNT162b2 was the most frequently administered vaccine and prior to vaccination, 7% of people with nrAD were taking immunosuppressants (IS) versus 80% in RMDs. Early mild AEs were more frequent in RMDs (93%) and nr-ADs (92%) compared to HC (85%). The frequency of late mild AEs was < 20% in all groups. Severe AEs were rare. SARS-CoV-2 infection rates were similar across all groups, however, RMD patients reported a single episode of infection more frequently than nrADs and HC, while nrADs reported multiple infections more frequently than RMD. Self-reported disease flares were reported by 10% or RMD and 7% of nrAD patients. Our study reinforces the safety of anti-SARS-CoV-2 vaccine also in young people with ADs, but it also highlights that among young individuals the number and clinical picture of SARS-CoV-2 infections is affected more by the type of AD rather than by coexisting IS therapy.