The unprecedented epidemic of pneumonia caused by a novel coronavirus, HCoV-19, in China and beyond has caused public health concern at a global scale. Although bats are regarded as the most likely natural hosts for HCoV-19[1][1],[2][2], the origins of the virus remain unclear. Here, we report a novel bat-derived coronavirus, denoted RmYN02, identified from a metagenomics analysis of samples from 227 bats collected from Yunnan Province in China between May and October, 2019. RmYN02 shared 93.3% nucleotide identity with HCoV-19 at the scale of the complete virus genome and 97.2% identity in the 1ab gene in which it was the closest relative of HCoV-19. In contrast, RmYN02 showed low sequence identity (61.3%) to HCoV-19 in the receptor binding domain (RBD) and might not bind to angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Critically, however, and in a similar manner to HCoV-19, RmYN02 was characterized by the insertion of multiple amino acids at the junction site of the S1 and S2 subunits of the Spike (S) protein. This provides strong evidence that such insertion events can occur in nature. Together, these data suggest that HCoV-19 originated from multiple naturally occurring recombination events among those viruses present in bats and other wildlife species. [1]: #ref-1 [2]: #ref-2

Summary Although a variety of SARS-CoV-2 related coronaviruses have been identified, the evolutionary origins of this virus remain elusive. We describe a meta-transcriptomic study of 411 samples collected from 23 bat species in a small (~1100 hectare) region in Yunnan province, China, from May 2019 to November 2020. We identified coronavirus contigs in 40 of 100 sequencing libraries, including seven representing SARS-CoV-2-like contigs. From these data we obtained 24 full-length coronavirus genomes, including four novel SARS-CoV-2 related and three SARS-CoV related genomes. Of these viruses, RpYN06 exhibited 94.5% sequence identity to SARS-CoV-2 across the whole genome and was the closest relative of SARS-CoV-2 in the ORF1ab, ORF7a, ORF8, N, and ORF10 genes. The other three SARS-CoV-2 related coronaviruses were nearly identical in sequence and clustered closely with a virus previously identified in pangolins from Guangxi, China, although with a genetically distinct spike gene sequence. We also identified 17 alphacoronavirus genomes, including those closely related to swine acute diarrhea syndrome virus and porcine epidemic diarrhea virus. Ecological modeling predicted the co-existence of up to 23 Rhinolophus bat species in Southeast Asia and southern China, with the largest contiguous hotspots extending from South Lao and Vietnam to southern China. Our study highlights both the remarkable diversity of bat viruses at the local scale and that relatives of SARS-CoV-2 and SARS-CoV circulate in wildlife species in a broad geographic region of Southeast Asia and southern China. These data will help guide surveillance efforts to determine the origins of SARS-CoV-2 and other pathogenic coronaviruses.

ABSTRACT Bergeyella zoohelcum is an uncommon zoonotic pathogen typically associated with cat or dog bites. Previously, only 14 cases of B. zoohelcum infection have been reported. We isolated the bacteria from the face of a 2-year-old girl who was bitten by a cat. The organism was identified by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and 16S rRNA gene sequence, and phylogenetic analysise supported that this isolate was belong to B. zoohelcum . Due to the contradicts of culture characteristics of B. zoohelcum which described in reported literatures, we used different media to culture the bacteria. After 24 h incubation, Colombia blood agar (CBA), Mueller-Hinton agar plate with 5% sheep blood and chocolate agar (CA) grew well, but blood agar (BA) grew well until 72 h. The strain did not grow on McConkey agar (MAC), Mueller-Hinton agar (MHA) and chocolate agar (containing vancomycin). The low detection rate of this strain was related to its harsh growth conditions and the limitations of traditional identification techniques. With the popularization of MALDI-TOF MS and 16S rRNA gene sequence and our further understanding of the fastidious bacteria, we will quickly and accurately identify the B. zoohelcum , meanwhile the detection rate of this bacterium will also be significantly improved. So that clinicians can achieve precise anti-infective treatment according to antimicrobial susceptibility testing.