Background Salidroside (SAL), the main component of Rhodiola rosea extract, is a flavonoid with biological activities, such as antioxidative stress, anti-inflammatory, and hypolipidemic. In this study, the potential therapeutic targets and mechanisms of SAL against oxidative stress in retinal ganglion cells (RGCs) were investigated on the basis of in-vitro experiments, network pharmacology, and molecular docking techniques. Methods RGC oxidative stress models were constructed, and cell activity, reactive oxygen species (ROS), and apoptosis levels were examined for differences. The genes corresponding to rhodopsin, RGCs, and oxidative stress were screened from GeneCards, TCMSP database, and an analysis platform. The intersection of the three was taken, and a Venn diagram was drawn. Protein interactions, GO functional enrichment, and KEGG pathway enrichment data were analyzed by STRING database, Cytohubba plugin, and Metascape database. The key factors in the screening pathway were validated using qRT-PCR. Finally, molecular docking prediction was performed using MOE 2019 software, molecular dynamic simulations was performed using Gromacs 2018 software. Results In the RGC oxidative stress model in vitro, the cell activity was enhanced, ROS was reduced, and apoptosis was decreased after SAL treatment. A total of 16 potential targets of oxidative stress in SAL RGCs were obtained, and the top 10 core targets were screened by network topology analysis. GO analysis showed that SAL retinal oxidative stress treatment mainly involved cellular response to stress, transcriptional regulatory complexes, and DNA-binding transcription factor binding. KEGG analysis showed that most genes were mainly enriched in multiple cancer pathways and signaling pathways in diabetic complications, nonalcoholic fatty liver, and lipid and atherosclerosis. Validation by PCR, molecular docking and molecular dynamic simulations revealed that SAL may attenuate oxidative stress and reduce apoptosis in RGCs by regulating SIRT1, NRF2, and NOS3. Conclusion This study initially revealed the antioxidant therapeutic effects and molecular mechanisms of SAL on RGCs, providing a theoretical basis for subsequent studies.

Abstract RNA viruses are diverse components of global ecosystems. The metagenomic identification of RNA viruses is currently limited to those with sequence similarity to known viruses, such that highly divergent viruses that comprise the “dark matter” of the virosphere remain challenging to detect. We developed a deep learning algorithm – LucaProt – to search for highly divergent RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) sequences in 10,487 global meta- transcriptomes. LucaProt integrates both sequence and structural information to accurately and efficiently detect RdRP sequences. With this approach we identified 180,571 RNA viral species and 180 superclades (viral phyla/classes). This is the broadest diversity of RNA viruses described to date, including many viruses undetectable using BLAST or HMM approaches. The newly identified RNA viruses were present in diverse ecological niches, including the air, hot springs and hydrothermal vents, and both virus diversity and abundance varied substantially among ecological types. We also identified the longest RNA virus genome (nido-like) observed so far, at 47,250 nucleotides, and expanded the diversity of RNA bacteriophage to more than ten phyla/classes. This study marks the beginning of a new era of virus discovery, with the potential to redefine our understanding of the global virosphere and reshape our understanding of virus evolutionary history.

In this study, four groups of diet were prepared, with eel commercial diet without hydrolyzable tannin (HT) as the control group (H0), and the other three groups were fed with diet containing 0.05% (H1), 0.1% (H2), and 0.2% (H3) doses of HT to juvenile Mastacembelus armatus with an initial body weight of (0.40 ± 0.005) g. Juvenile fish in all groups were fed continuously for 60 days. Growth indices, hepatopancreatic antioxidant enzymes, biochemical indices (including total superoxide dismutase [T‐SOD], catalase [CAT], malondialdehyde [MDA], total antioxidant capacity [T‐AOC], alanine aminotransferase [ALT], aspartate aminotransferase [AST], alkaline phosphatase [AKP], and triglyceride [TG]), the content of muscle amino acids and fatty acids, stomach and intestine enzyme activities (pepsin, amylase, lipase), and genes expressions were evaluated. The results showed that 0.1% HT significantly improved the growth performance, hepatopancreatic antioxidant capacity, as well as muscle quality and lipase activity of juvenile M. armatus . In summary, the optimal addition level of HT in the diet of juvenile M. armatus is 0.1%, which helps to improve aquaculture efficiency and improve the muscle quality of M. armatus . However, the long‐term effects of feeding HT on M. armatus and its physiological reaction mechanism need to be further explored.