Background and purpose: Hypoxia appears to be an important factor in predicting tumor relapse following radiation therapy. This study measured oxygenation prior to treatment in patients with cervix cancer using a polarographic oxygen electrode to determine if oxygenation was an important prognostic factor with regard to tumor control and survival. Materials and methods: Between May 1994 and June 1997, 74 eligible patients with cervix cancer were entered into an ongoing prospective study of tumor oxygenation prior to primary radiation therapy. All patients were evaluated with an Eppendorf oxygen electrode during examination under anesthesia. Oxygenation data are presented as the hypoxic proportion, defined as the percentage of pO2 readings of <5 mm Hg (abbreviated as HP5). Results: The HP5 ranged from 2 to 99% with a median of 52%. With a median follow-up of 1.2 years, the disease-free survival (DFS) rate was 69% for patients with HP5 of ≤50% compared with 34% for those with HP5 of >50% (log-rank P=0.02). Tumor size above and below the median of 5 cm was also significantly related to DFS (P=0.0003) and patients with bulky hypoxic tumors had a significantly lower DFS (12% at 2 years) than either bulky oxygenated or non-bulky oxygenated or hypoxic tumors (65%, P=0.0001). Conclusions: Hypoxia and tumor size are significant adverse prognostic factors in a univariate analysis of disease-free survival in patients with cervix cancer. A high risk group of patients with bulky hypoxic tumors have a significantly higher probability of relapse and death.

Excellent single-center outcomes of neoadjuvant chemoradiation and liver transplantation for unresectable perihilar cholangiocarcinoma caused the United Network of Organ Sharing to offer a standardized model of end-stage liver disease (MELD) exception for this disease. We analyzed data from multiple centers to determine the effectiveness of this treatment and the appropriateness of the MELD exception.We collected and analyzed data from 12 large-volume transplant centers in the United States. These centers met the inclusion criteria of treating 3 or more patients with perihilar cholangiocarcinoma using neoadjuvant therapy, followed by liver transplantation, from 1993 to 2010 (n = 287 total patients). Center-specific protocols and medical charts were reviewed on-site.The patients completed external radiation (99%), brachytherapy (75%), radiosensitizing therapy (98%), and/or maintenance chemotherapy (65%). Seventy-one patients dropped out before liver transplantation (rate, 11.5% in 3 months). Intent-to-treat survival rates were 68% and 53%, 2 and 5 years after therapy, respectively; post-transplant, recurrence-free survival rates were 78% and 65%, respectively. Patients outside the United Network of Organ Sharing criteria (those with tumor mass >3 cm, transperitoneal tumor biopsy, or metastatic disease) or with a prior malignancy had significantly shorter survival times (P < .001). There were no differences in outcomes among patients based on differences in surgical staging or brachytherapy. Although most patients came from 1 center (n = 193), the other 11 centers had similar survival times after therapy.Patients with perihilar cholangiocarcinoma who were treated with neoadjuvant therapy followed up by liver transplantation at 12 US centers had a 65% rate of recurrence-free survival after 5 years, showing this therapy to be highly effective. An 11.5% drop-out rate after 3.5 months of therapy indicates the appropriateness of the MELD exception. Rigorous selection is important for the continued success of this treatment.

: This multicentric study of 17 high-volume centers presents 12 benchmark values for liver transplantation. Those values, mostly targeting markers of morbidity, were gathered from 2024 "low risk" cases, and may serve as reference to assess outcome of single or any groups of patients.To propose benchmark outcome values in liver transplantation, serving as reference for assessing individual patients or any other patient groups.Best achievable results in liver transplantation, that is, benchmarks, are unknown. Consequently, outcome comparisons within or across centers over time remain speculative.Out of 7492 liver transplantation performed in 17 international centers from 3 continents, we identified 2024 low risk adult cases with a laboratory model for end-stage liver disease score ≤20 points, a balance of risk score ≤9, and receiving a primary graft by donation after brain death. We chose clinically relevant endpoints covering intra- and postoperative course, with a focus on complications graded by severity including the complication comprehensive index (CCI). Respective benchmarks were derived from the median value in each center, and the 75 percentile was considered the benchmark cutoff.Benchmark cases represented 8% to 49% of cases per center. One-year patient-survival was 91.6% with 3.5% retransplantations. Eighty-two percent of patients developed at least 1 complication during 1-year follow-up. Biliary complications occurred in one-fifth of the patients up to 6 months after surgery. Benchmark cutoffs were ≤4 days for ICU stay, ≤18 days for hospital stay, ≤59% for patients with severe complications (≥ Grade III) and ≤42.1 for 1-year CCI. Comparisons with the next higher risk group (model for end stage liver disease 21-30) disclosed an increase in morbidity but within benchmark cutoffs for most, but not all indicators, while in patients receiving a second graft from 1 center (n = 50) outcome values were all outside of benchmark values.Despite excellent 1-year survival, morbidity in benchmark cases remains high with half of patients developing severe complications during 1-year follow-up. Benchmark cutoffs targeting morbidity parameters offer a valid tool to assess higher risk groups.

Abstract Somatic mutations within non-coding regions and even exons may have unidentified regulatory consequences that are often overlooked in analysis workflows. Here we present RegTools ( www.regtools.org ), a computationally efficient, free, and open-source software package designed to integrate somatic variants from genomic data with splice junctions from bulk or single cell transcriptomic data to identify variants that may cause aberrant splicing. RegTools was applied to over 9,000 tumor samples with both tumor DNA and RNA sequence data. We discovered 235,778 events where a splice-associated variant significantly increased the splicing of a particular junction, across 158,200 unique variants and 131,212 unique junctions. To characterize these somatic variants and their associated splice isoforms, we annotated them with the Variant Effect Predictor (VEP), SpliceAI, and Genotype-Tissue Expression (GTEx) junction counts and compared our results to other tools that integrate genomic and transcriptomic data. While many events were corroborated by the aforementioned tools, the flexibility of RegTools also allowed us to identify novel splice-associated variants and previously unreported patterns of splicing disruption in known cancer drivers, such as TP53, CDKN2A , and B2M , as well as in genes not previously considered cancer-relevant.

Abstract This paper discusses some of the research done for my PhD thesis at the faculty of architecture of Silpakorn University in Bangkok, Thailand. The thesis is titled Nation Brand Strategies: National Identity, Architecture and Cultural Heritage Value: A case study of the Thai Pavilion at the World Expos. It includes the review of Thailand’s history of place branding at World Expositions since 1862. This paper discusses the changes over time, the role of architecture and cultural heritage at the World Expos as well as branding strategies using national culture and the long history of sustainable goals at the World Expos. One of the main potential brand gaps identified was the choice of traditional Thai architecture instead of more contemporary architecture for the pavilions. A suggested solution is to this gap is use the symbolic elements of the traditional architecture, but use modern physical elements. An important conclusion drawn is that the World Expo is mostly a branding event to attract visitors to the country, rather than an architecture or technology show, despite its long history and origins in that area. World Expositions can help to earn respect of potential visitors for the culture, and help with preservation.

Guduguntla, Bhavna A. MD; Chapman, William C. Jr MD, MPHS; Shenoy, Krithika MBBS; Trieu, Judy A MD Author Information

Abstract Background Liver cancer is the second leading cause of cancer-related deaths worldwide. Hepatocellular carcinoma (HCC) risk factors include chronic hepatitis, cirrhosis, and alcohol abuse, whereby tumorigenesis is induced through inflammation and subsequent fibrotic response. However, a subset of HCC arises in non-cirrhotic livers. We characterized the genomic and transcriptomic landscape of non-cirrhotic HCC to identify features underlying the disease’s development and progression. Methods Whole genome and transcriptome sequencing was performed on 30 surgically resectable tumors comprised of primarily of non-cirrhotic HCC and adjacent normal tissue. Using somatic variants, capture reagents were created and employed on an additional 87 cases of mixed cirrhotic/non-cirrhotic HCC. Cases were analyzed to identify viral integrations, single nucleotide variants (SNVs), insertions and deletions (INDELS), copy number variants, loss of heterozygosity, gene fusions, structural variants, and differential gene expression. Results We detected 3,750 SNVs/INDELS and extensive CNVs and expression changes. Recurrent TERT promoter mutations occurred in >52% of non-cirrhotic discovery samples. Frequently mutated genes included TP53 , CTNNB1 , and APOB . Cytochrome P450 mediated metabolism was significantly downregulated. Structural variants were observed at MACROD2, WDPCP and NCKAP5 in >20% of samples. Furthermore, NR1H4 fusions involving gene partners EWSR1, GNPTAB , and FNIP1 were detected and validated in 2 non-cirrhotic samples. Conclusion Genomic analysis can elucidate mechanisms that may contribute to non-cirrhotic HCC tumorigenesis. The comparable mutational landscape between cirrhotic and non-cirrhotic HCC supports previous work suggesting a convergence at the genomic level during disease progression. It is therefore possible genomic-based treatments can be applied to both HCC subtypes with progressed disease. Highlights Non-cirrhotic HCC genomically resembles cirrhotic HCC Comprehensive genome- and transcriptome-wide profiling allows detection of novel structural variants, fusions, and undiagnosed viral infections NR1H4 fusions may represent a novel mechanism for tumorigenesis in HCC Non-cirrhotic HCC is characterized by genotoxic mutational signatures and dysregulated liver metabolism Clinical history and comprehensive omic profiling incompletely explain underlying etiologies for non-cirrhotic HCC highlighting the need for further research Short Description This study characterizes the genomic landscape of hepatocellular carcinomas (HCCs) in non-cirrhotic livers. Using 117 HCCs tumor/normal pairs, we identified 3,750 SNVs/INDELS with high variant frequency in TERT, TP53 , CTNNB1 , and APOB . CYP450 was significantly downregulated and many structural variants were observed. This characterization could assist in elucidating non-cirrhotic HCC tumorigenesis.