BackgroundThe B.1.617.2 (delta) variant of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the virus that causes coronavirus disease 2019 (Covid-19), has contributed to a surge in cases in India and has now been detected across the globe, including a notable increase in cases in the United Kingdom. The effectiveness of the BNT162b2 and ChAdOx1 nCoV-19 vaccines against this variant has been unclear.MethodsWe used a test-negative case–control design to estimate the effectiveness of vaccination against symptomatic disease caused by the delta variant or the predominant strain (B.1.1.7, or alpha variant) over the period that the delta variant began circulating. Variants were identified with the use of sequencing and on the basis of the spike (S) gene status. Data on all symptomatic sequenced cases of Covid-19 in England were used to estimate the proportion of cases with either variant according to the patients' vaccination status.Download a PDF of the Research Summary.ResultsEffectiveness after one dose of vaccine (BNT162b2 or ChAdOx1 nCoV-19) was notably lower among persons with the delta variant (30.7%; 95% confidence interval [CI], 25.2 to 35.7) than among those with the alpha variant (48.7%; 95% CI, 45.5 to 51.7); the results were similar for both vaccines. With the BNT162b2 vaccine, the effectiveness of two doses was 93.7% (95% CI, 91.6 to 95.3) among persons with the alpha variant and 88.0% (95% CI, 85.3 to 90.1) among those with the delta variant. With the ChAdOx1 nCoV-19 vaccine, the effectiveness of two doses was 74.5% (95% CI, 68.4 to 79.4) among persons with the alpha variant and 67.0% (95% CI, 61.3 to 71.8) among those with the delta variant.ConclusionsOnly modest differences in vaccine effectiveness were noted with the delta variant as compared with the alpha variant after the receipt of two vaccine doses. Absolute differences in vaccine effectiveness were more marked after the receipt of the first dose. This finding would support efforts to maximize vaccine uptake with two doses among vulnerable populations. (Funded by Public Health England.) Quick Take Effectiveness of Covid-19 Vaccines against the B.1.617.2 (Delta) Variant 1m 29s

A rapid increase in coronavirus disease 2019 (Covid-19) cases due to the omicron (B.1.1.529) variant of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in highly vaccinated populations has aroused concerns about the effectiveness of current vaccines.

Abstract Objective To estimate the real world effectiveness of the Pfizer-BioNTech BNT162b2 and Oxford-AstraZeneca ChAdOx1-S vaccines against confirmed covid-19 symptoms (including the UK variant of concern B.1.1.7), admissions to hospital, and deaths. Design Test negative case-control study. Setting Community testing for covid-19 in England. Participants 156 930 adults aged 70 years and older who reported symptoms of covid-19 between 8 December 2020 and 19 February 2021 and were successfully linked to vaccination data in the National Immunisation Management System. Interventions Vaccination with BNT162b2 or ChAdOx1-S. Main outcome measures Primary outcomes were polymerase chain reaction confirmed symptomatic SARS-CoV-2 infections, admissions to hospital for covid-19, and deaths with covid-19. Results Participants aged 80 years and older vaccinated with BNT162b2 before 4 January 2021 had a higher odds of testing positive for covid-19 in the first nine days after vaccination (odds ratio up to 1.48, 95% confidence interval 1.23 to 1.77), indicating that those initially targeted had a higher underlying risk of infection. Vaccine effectiveness was therefore compared with the baseline post-vaccination period. Vaccine effects were noted 10 to 13 days after vaccination, reaching a vaccine effectiveness of 70% (95% confidence interval 59% to 78%), then plateauing. From 14 days after the second dose a vaccination effectiveness of 89% (85% to 93%) was found compared with the increased baseline risk. Participants aged 70 years and older vaccinated from 4 January (when ChAdOx1-S delivery commenced) had a similar underlying risk of covid-19 to unvaccinated individuals. With BNT162b2, vaccine effectiveness reached 61% (51% to 69%) from 28 to 34 days after vaccination, then plateaued. With ChAdOx1-S, effects were seen from 14 to 20 days after vaccination, reaching an effectiveness of 60% (41% to 73%) from 28 to 34 days, increasing to 73% (27% to 90%) from day 35 onwards. On top of the protection against symptomatic disease, a further 43% (33% to 52%) reduced risk of emergency hospital admission and 51% (37% to 62%) reduced risk of death was observed in those who had received one dose of BNT162b2. Participants who had received one dose of ChAdOx1-S had a further 37% (3% to 59%) reduced risk of emergency hospital admission. Follow-up was insufficient to assess the effect of ChAdOx1-S on mortality. Combined with the effect against symptomatic disease, a single dose of either vaccine was about 80% effective at preventing admission to hospital with covid-19 and a single dose of BNT162b2 was 85% effective at preventing death with covid-19. Conclusion Vaccination with either one dose of BNT162b2 or ChAdOx1-S was associated with a significant reduction in symptomatic covid-19 in older adults, and with further protection against severe disease. Both vaccines showed similar effects. Protection was maintained for the duration of follow-up (>6 weeks). A second dose of BNT162b2 was associated with further protection against symptomatic disease. A clear effect of the vaccines against the B.1.1.7 variant was found.

Coronaviruses have the potential to cause severe transmissible human disease, as demonstrated by the severe acute respiratory syndrome (SARS) outbreak of 2003. We describe here the clinical and virological features of a novel coronavirus infection causing severe respiratory illness in a patient transferred to London, United Kingdom, from the Gulf region of the Middle East.

Adeno-associated virus serotype 4 (AAV4) and AAV5 have different tropisms compared to AAV2 and to each other. We recently reported that alpha 2--3 sialic acid is required for AAV5 binding and transduction. In this study, we characterized AAV4 binding and transduction and found it also binds sialic acid, but the specificity is significantly different from AAV5. AAV4 can hemagglutinate red blood cells from several species, whereas AAV5 hemagglutinates only rhesus monkey red blood cells. Treatment of red blood cells with trypsin inhibited hemagglutination for both AAV4 and AAV5, suggesting that the agglutinin is a protein. Treatment of Cos and red blood cells with neuraminidases also indicated that AAV4 bound alpha 2--3 sialic acid. However, resialylation experiments with neuraminidase-treated red blood cells demonstrated that AAV4 binding required alpha 2--3 O-linked sialic acid, whereas AAV5 required N-linked sialic acid. Similarly, resialylation of sialic acid-deficient CHO cells supported this same conclusion. The difference in linkage specificity for AAV4 and AAV5 was confirmed by binding and transduction experiments with cells incubated with either N-linked or O-linked inhibitors of glycosylation. Furthermore, AAV4 transduction was only blocked with soluble alpha 2-3 sialic acid, whereas AAV5 could be blocked with either alpha 2--3 or alpha 2-6 sialic acid. These results suggest that AAV4 and AAV5 require different sialic acid-containing glycoproteins for binding and transduction of target cells and they further explain the different tropism of AAV4 and AAV5.

The immune response to SARS-CoV-2 is critical in controlling disease, but there is concern that waning immunity may predispose to reinfection. We analyzed the magnitude and phenotype of the SARS-CoV-2-specific T cell response in 100 donors at 6 months following infection. T cell responses were present by ELISPOT and/or intracellular cytokine staining analysis in all donors and characterized by predominant CD4+ T cell responses with strong interleukin (IL)-2 cytokine expression. Median T cell responses were 50% higher in donors who had experienced a symptomatic infection, indicating that the severity of primary infection establishes a 'set point' for cellular immunity. T cell responses to spike and nucleoprotein/membrane proteins were correlated with peak antibody levels. Furthermore, higher levels of nucleoprotein-specific T cells were associated with preservation of nucleoprotein-specific antibody level although no such correlation was observed in relation to spike-specific responses. In conclusion, our data are reassuring that functional SARS-CoV-2-specific T cell responses are retained at 6 months following infection.

Vaccines against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the virus that causes coronavirus disease 2019 (Covid-19), have been used since December 2020 in the United Kingdom. Real-world data have shown the vaccines to be highly effective against Covid-19 and related severe disease and death. Vaccine effectiveness may wane over time since the receipt of the second dose of the ChAdOx1-S (ChAdOx1 nCoV-19) and BNT162b2 vaccines.

A critical component of laboratory surveillance for measles is the genetic characterization of circulating wild-type viruses. The World Health Organization (WHO) Measles and Rubella Laboratory Network (LabNet), provides for standardized testing in 183 countries and supports genetic characterization of currently circulating strains of measles viruses. The goal of this report is to describe the lessons learned from nearly 20 years of virologic surveillance for measles, to describe the global databases for measles sequences, and to provide regional updates about measles genotypes detected by recent surveillance activities. Virologic surveillance for measles is now well established in all of the WHO regions, and most countries have conducted at least some baseline surveillance. The WHO Global Genotype Database contains >7000 genotype reports, and the Measles Nucleotide Surveillance (MeaNS) contains >4000 entries. This sequence information has proven to be extremely useful for tracking global transmission patterns and for documenting the interruption of transmission in some countries. The future challenges will be to develop quality control programs for molecular methods and to continue to expand virologic surveillance activities in all regions.

Abstract SARS-CoV-2 infection is generally mild or asymptomatic in children but a biological basis for this outcome is unclear. Here we compare antibody and cellular immunity in children (aged 3–11 years) and adults. Antibody responses against spike protein were high in children and seroconversion boosted responses against seasonal Beta-coronaviruses through cross-recognition of the S2 domain. Neutralization of viral variants was comparable between children and adults. Spike-specific T cell responses were more than twice as high in children and were also detected in many seronegative children, indicating pre-existing cross-reactive responses to seasonal coronaviruses. Importantly, children retained antibody and cellular responses 6 months after infection, whereas relative waning occurred in adults. Spike-specific responses were also broadly stable beyond 12 months. Therefore, children generate robust, cross-reactive and sustained immune responses to SARS-CoV-2 with focused specificity for the spike protein. These findings provide insight into the relative clinical protection that occurs in most children and might help to guide the design of pediatric vaccination regimens.

Abstract Over the course of the pandemic variants have arisen at a steady rate. The most recent variants to emerge, BA.4 and BA.5, form part of the Omicron lineage and were first found in Southern Africa where they are driving the current wave of infection. In this report, we perform an in-depth characterisation of the antigenicity of the BA.4/BA.5 Spike protein by comparing sera collected post-vaccination, post-BA.1 or BA.2 infection, or post breakthrough infection of vaccinated individuals with the Omicron variant. In addition, we assess sensitivity to neutralisation by commonly used therapeutic monoclonal antibodies. We find sera collected post-vaccination have a similar ability to neutralise BA.1, BA.2 and BA.4/BA.5. In contrast, in the absence of vaccination, prior infection with BA.2 or, in particular, BA.1 results in an antibody response that neutralises BA.4/BA.5 poorly. Breakthrough infection with Omicron in vaccinees leads to a broad neutralising response against the new variants. The sensitivity of BA.4/BA.5 to neutralisation by therapeutic monoclonal antibodies was similar to that of BA.2. These data suggest BA.4/BA.5 are antigenically distinct from BA.1 and, to a lesser extent, BA.2. The enhanced breadth of neutralisation observed following breakthrough infection with Omicron suggests that vaccination with heterologous or multivalent antigens may represent viable strategies for the development of cross-neutralising antibody responses.