In January 2020, a novel betacoronavirus (family Coronaviridae), named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), was identified as the etiological agent of a cluster of pneumonia cases occurring in Wuhan City, Hubei Province, China1,2. The disease arising from SARS-CoV-2 infection, coronavirus disease 2019 (COVID-19), subsequently spread rapidly causing a worldwide pandemic. Here we examine the added value of near real-time genome sequencing of SARS-CoV-2 in a subpopulation of infected patients during the first 10 weeks of COVID-19 containment in Australia and compare findings from genomic surveillance with predictions of a computational agent-based model (ABM). Using the Australian census data, the ABM generates over 24 million software agents representing the population of Australia, each with demographic attributes of an anonymous individual. It then simulates transmission of the disease over time, spreading from specific infection sources, using contact rates of individuals within different social contexts. We report that the prospective sequencing of SARS-CoV-2 clarified the probable source of infection in cases where epidemiological links could not be determined, significantly decreased the proportion of COVID-19 cases with contentious links, documented genomically similar cases associated with concurrent transmission in several institutions and identified previously unsuspected links. Only a quarter of sequenced cases appeared to be locally acquired and were concordant with predictions from the ABM. These high-resolution genomic data are crucial to track cases with locally acquired COVID-19 and for timely recognition of independent importations once border restrictions are lifted and trade and travel resume. The combination of nearly real-time genome sequencing of SARS-CoV-2 in infected patients during the first 10 weeks of COVID-19 containment in Australia and epidemiological modeling is helping in understanding the dynamics of the COVID-19 pandemic and potentially guiding public health decisions.

Abstract Human respiratory syncytial virus (RSV) is an important cause of acute respiratory infection with the most severe disease in the young and elderly. Non-pharmaceutical interventions and travel restrictions for controlling COVID-19 have impacted the circulation of most respiratory viruses including RSV globally, particularly in Australia, where during 2020 the normal winter epidemics were notably absent. However, in late 2020, unprecedented widespread RSV outbreaks occurred, beginning in spring, and extending into summer across two widely separated regions of the Australian continent, New South Wales (NSW) and Australian Capital Territory (ACT) in the east, and Western Australia. Through genomic sequencing we reveal a major reduction in RSV genetic diversity following COVID-19 emergence with two genetically distinct RSV-A clades circulating cryptically, likely localised for several months prior to an epidemic surge in cases upon relaxation of COVID-19 control measures. The NSW/ACT clade subsequently spread to the neighbouring state of Victoria and to cause extensive outbreaks and hospitalisations in early 2021. These findings highlight the need for continued surveillance and sequencing of RSV and other respiratory viruses during and after the COVID-19 pandemic, as mitigation measures may disrupt seasonal patterns, causing larger or more severe outbreaks.

Abstract The SARS-CoV-2 epidemic has rapidly spread outside China with major outbreaks occurring in Italy, South Korea and Iran. Phylogenetic analyses of whole genome sequencing data identified a distinct SARS-CoV-2 clade linked to travellers returning from Iran to Australia and New Zealand. This study highlights potential viral diversity driving the epidemic in Iran, and underscores the power of rapid genome sequencing and public data sharing to improve the detection and management of emerging infectious diseases.

Abstract Respiratory syncytial virus (RSV) is an important human respiratory pathogen. In temperate regions a distinct seasonality is observed, where peaks of infections typically occur in early winter, often preceding the annual influenza season. Infections are associated with high rates of morbidity and mortality, and in some populations exceeds that of influenza. Two subtypes, RSV-A and RSV-B, have been described, and molecular epidemiological studies have shown that both viruses mostly co-circulate. This trend also appears to be the case for Australia, however previous genomic studies have been limited to cases from one Eastern state - New South Wales. As such, the broader spatial patterns and viral traffic networks across the continent are not known. Here, we conducted a whole genome study of RSV comparing strains across eastern and western Australia during the period January 2016 to June 2017. In total, 96 new RSV genomes were sequenced, compiled with previously generated data, and examined using a phylodynamic approach. This analysis revealed that both RSV-A and RSV-B strains were circulating, and each subtype was dominated by a single genotype, RSV-A/ON1-like and RSV-B/BA10-like viruses. Some geographical clustering was evident in strains from both states with multiple distinct sub-lineages observed and relatively low mixing across jurisdictions suggesting that endemic transmission was likely seeded from imported, unsampled locations. Overall, the RSV phylogenies reflected a complex pattern of interactions across multiple epidemiological scales from fluid virus traffic across global and regional networks to fine-scale local transmission events.

Community transmission of the new coronavirus SARS-CoV-2 is a major public health concern that remains difficult to assess. We present a genomic survey of SARS-CoV-2 from a during the first 10 weeks of COVID-19 activity in New South Wales, Australia. Transmission events were monitored prospectively during the critical period of implementation of national control measures. SARS-CoV-2 genomes were sequenced from 209 patients diagnosed with COVID-19 infection between January and March 2020. Only a quarter of cases appeared to be locally acquired and genomic-based estimates of local transmission rates were concordant with predictions from a computational agent-based model. This convergent assessment indicates that genome sequencing provides key information to inform public health action and has improved our understanding of the COVID-19 evolution from outbreak to epidemic.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.