Abstract Quantitative and qualitative data derived from the analysis of genomes, genes, proteins or metabolites from tissue or cells are currently generated in huge volumes during biomedical research. Graphia is an open-source platform created for the graph-based analysis of such complex data, e.g. transcriptomics, proteomics, genomics data. The software imports data already defined as a network or a similarity matrix and is designed to rapidly visualise very large graphs in 2D or 3D space, providing a wide range of functionality for graph exploration. An extensive range of analysis algorithms, routines for graph transformation, and options for the visualisation of node and edge attributes are also available. Graphia’s core is extensible through the deployment of plugins, supporting rapid development of additional computational analyses and features necessary for a given analysis task or data source. A plugin for correlation network analysis is distributed with the core application, to support the generation of correlation graphs from any tabular matrix of continuous or discrete values. This provides a powerful analysis solution for the interpretation of high-dimensional data from many sources. Several use cases of Graphia are described, to showcase its wide range of applications. Graphia runs on all major desktop operating systems and is freely available to download from https://graphia.app/ .

A bstract Bacteria are under constant assault by bacteriophages and other mobile genetic elements. As a result, bacteria have evolved a multitude of systems that protect from attack. Genes encoding bacterial defence mechanisms can be clustered into “defence islands”, providing a potentially synergistic level of protection against a wider range of assailants. However, there is a comparative paucity of information on how expression of these defence systems is controlled. Here, we functionally characterise a transcriptional regulator, BrxR, encoded within a recently described phage defence island from a multidrug resistant plasmid of the emerging pathogen Escherichia fergusonii . Using a combination of reporters and electrophoretic mobility shift assays, we discovered that BrxR acts as a repressor. We present the structure of BrxR to 2.15 Å, the first structure of this family of transcription factors, and pinpoint a likely binding site for ligands within the WYL-domain. Bioinformatic analyses demonstrated that BrxR homologues are widespread amongst bacteria. About half (48%) of identified BrxR homologues were co-localised with a diverse array of known phage defence systems, either alone or clustered into defence islands. BrxR is a novel regulator that reveals a common mechanism for controlling the expression of the bacterial phage defence arsenal.