IR
Ivana Rešetnik
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
18
h-index:
15
/
i10-index:
22
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
24

Global Phylogeny of the Brassicaceae Provides Important Insights into Gene Discordance

Kasper Hendriks et al.Sep 1, 2022
Abstract The mustard family (Brassicaceae) is a scientifically and economically important family, containing the model plant Arabidopsis thaliana and numerous crop species that feed billions worldwide. Despite its relevance, most published family phylogenies are incompletely sampled, generally contain massive polytomies, and/or show incongruent topologies between datasets. Here, we present the most complete Brassicaceae genus-level family phylogenies to date (Brassicaceae Tree of Life, or BrassiToL) based on nuclear (>1,000 genes, almost all 349 genera and 53 tribes) and plastome (60 genes, 79% of the genera, all tribes) data. We found cytonuclear discordance between nuclear and plastome-derived phylogenies, which is likely a result of rampant hybridisation among closely and more distantly related species, and highlight rogue taxa. To evaluate the impact of this rampant hybridisation on the nuclear phylogeny reconstruction, we performed four different sampling routines that increasingly removed variable data and likely paralogs. Our resulting cleaned subset of 297 nuclear genes revealed high support for the tribes, while support for the main lineages remained relatively low. Calibration based on the 20 most clock-like nuclear genes suggests a late Eocene to late Oligocene ‘icehouse origin’ of the family. Finally, we propose five new or re-established tribes, including the recognition of Arabidopsideae, a monotypic tribe to accommodate Arabidopsis . With a worldwide community of thousands of researchers working on this family, our new, densely sampled family phylogeny will be an indispensable tool to further highlight Brassicaceae as an excellent model family for studies on biodiversity and plant biology.
24
Citation15
0
Save
0

Diversification of fescues (Festuca sect. Eskia, Poaceae), a key‐component of southern European mountainous grasslands

Maja Mucko et al.Nov 14, 2024
Abstract Grasslands cover approximately 30% of all land area and represent one of the most extensive and diverse ecosystems of the world. One of the largest globally distributed genera dominating various types of grasslands is Festuca (Loliinae, Poaceae). In this study, we disentangle the origin and diversification of early divergent lineages within fine‐leaved (FL) Loliinae, namely F . sect. Eskia and F. sect. Dimorphae (Eskia‐Dimorpha Group). We inferred phylogenetic relationships among 218 populations of 129 Loliinae taxa using nuclear ribosomal ITS and plastid trnT‐trnF sequences. Relative genome size (RGS) and ploidy level estimations revealed multiple polyploidisations within F. sect. Eskia . We uncovered previously unknown tetraploid and hexaploid populations of different species from the Balkan Peninsula. The inferred phylogenies revealed the sequential divergence of Eskia‐Dimorpha Group lineages in the early evolution of FL Loliinae, but also incongruences in the position as well as the composition of different clades between the nuclear and plastid‐based trees. Despite incongruences, some well‐supported and geographically segregated clades of single or closely related species from the Alps, the Pyrenees or the Balkan Peninsula were resolved. The most pronounced discordance between the plastid and nuclear data were among several taxa endemic to the Balkan Peninsula. Our data suggest that genome downsizing followed polyploidisation and that evolutionary dynamics of RGS‐ups and downs within F. sect. Eskia were strongly phylogenetically correlated. Overall, our study underscores the intricate evolutionary history and differentiation of species within the Eskia‐Dimorpha Group, emphasizing the need for further research to refine phylogenetic hypotheses and taxonomic circumscriptions, thereby enhancing our understanding of grassland biodiversity and evolution.