To evaluate lung abnormalities on thin-section computed tomographic (CT) scans in patients with COVID-19 and correlate findings to duration of symptoms.In total, 348 CT scans in 112 patients were classified according to the time after the onset of the initial symptoms, namely stage-1 (0-4 days); stage-2 (5-9 days); stage-3 (10-14 days); stage-4 (15-21 days); stage-5 (22-28 days); and stage-6 (＞28 days). Each lung lobe was evaluated for extent affected by ground-glass opacities (GGO), crazy-paving pattern and consolidation, in five categories of percentual severity. Summation of scores from all five lung lobes provided the total CT score (maximal CT score, 25).The predominant patterns of lung abnormalities were GGOs, crazy-paving pattern, consolidation and linear opacities. The frequency of crazy-paving pattern, consolidation and linear opacities peaked at stage-3 (62.7 %), stage-4 (75.0 %) and stage-5 (83.1 %), respectively, and decreased thereafter. Total CT scores increased from stage-1 to stage-2 (2.8 ± 3.1, vs. 6.5 ± 4.6, respectively, P < 0.01), and thereafter remained high. The lower lobes were more inclined to be involved with higher CT scores except for stage-1. At stage-6 98.1 % of CT scans still showed abnormalities (CT score 7.5 ± 4.1).Thin-section CT could provide semi-quantitative analysis of pulmonary damage severity. This disease changed rapidly at the early stage, then tended to be stable and lasted for a long time.

Cells do not live in a vacuum, but in a milieu defined by cell–cell communication that can be measured via emerging high-resolution spatial transcriptomics approaches. However, analytical tools that fully leverage such data for kinetic modeling remain lacking. Here we present Spateo ( aristoteleo/spateo-release ), a general framework for quantitative spatiotemporal modeling of single-cell resolution spatial transcriptomics. Spateo delivers novel methods for digitizing spatial layers/columns to identify spatially-polar genes, and develops a comprehensive framework of cell-cell interaction to reveal spatial effects of niche factors and cell type-specific ligand-receptor interactions. Furthermore, Spateo reconstructs 3D models of whole embryos, and performs 3D morphometric analyses. Lastly, Spateo introduces the concept of “morphometric vector field” of cell migrations, and integrates spatial differential geometry to unveil regulatory programs underlying various organogenesis patterns of Drosophila. Thus, Spateo enables the study of the ecology of organs at a molecular level in 3D space, beyond isolated single cells.

This study aimed to elucidate the resistance trends of P. aeruginosa isolates from 2005 to 2023 in Zhejiang Province, emphasizing the impact of Coronavirus disease 2019 (COVID-19) on antimicrobial resistance patterns and clinical management. We retrospectively analyzed 7326 P. aeruginosa isolates collected from diverse clinical sources in a tertiary hospital in Zhejiang Province from 2005 to 2023. Identification and antibiotic susceptibility testing of each isolate were performed using the VITEK-32 automated system and the disk diffusion method, following Clinical and Laboratory Standards Institute guidelines. We assessed resistance patterns for key antibiotic classes relevant to P. aeruginosa treatment, including carbapenems, β-lactams, aminoglycosides, and quinolones. Statistical analyses, including trend evaluations and resistance determinant assessments, were conducted in R software (version 4.2.2), with visualizations generated through ggplot2 to illustrate resistance trends over time. This study focused on key anti-pseudomonal agents including carbapenems (imipenem and meropenem), β-lactams (piperacillin), and quinolones (ciprofloxacin and levofloxacin). We observed a progressive increase in resistance to imipenem from 6.8% in 2005 to 48.2% in 2023 and meropenem from 25.4% to 44.2% over the same period. Conversely, resistance rates to aminoglycosides declined, with gentamicin resistance dropping from 22.0% in 2005 to 5.0% in 2019. Cephalosporins exhibited variable trends, with cefepime resistance peaking at 40.4% in 2013 before declining to 12.1% in 2023. The findings indicated a progressive increase in resistance rates for these antibiotics, with notable peaks coinciding with changes in clinical practices and the COVID-19 pandemic. The analysis demonstrated that shifts in prescription habits, particularly during the COVID-19 pandemic, influenced resistance patterns, underscoring the need for context-specific antimicrobial stewardship strategies. This study identifies significant, evolving resistance patterns in P. aeruginosa over a 19-year period, with marked increases in resistance to critical antibiotics, including carbapenems (imipenem, meropenem), quinolones (levofloxacin, ciprofloxacin), and certain β-lactams (piperacillin). These findings underscore an urgent need for dynamic, tailored infection control measures, emphasizing the importance of robust antibiotic stewardship programs, localized treatment guidelines, and proactive monitoring of resistance trends. Implementing these strategies is essential to effectively counter the challenges posed by multi-drug resistant P. aeruginosa , improve patient outcomes, and sustain the efficacy of vital antibiotic therapies.

Abstract Hypervirulent Klebsiella pneumoniae (hvKp) is one of the major community-acquired pathogens, which can cause invasive infections such as liver abscess. In recent years, bacteriophages have been used in the treatment of Klebsiella pneumoniae , but the characteristics of the phage resistant bacteria produced in the process of phage therapy need to be evaluated. In this study, two podoviridae phages, hvKpP1 and hvKpP2, were isolated and characterized. In vitro and in vivo experiments demonstrated that the virulence of the resistant bacteria was significantly reduced compared with that of the wild type. Comparative genomic analysis of monoclonal sequencing showed that nucleotide deletion mutations of wzc and wcaJ genes led to phage resistance, and the electron microscopy and mucoviscosity results showed that mutations led to the loss of the capsule, meanwhile, animal assay indicated that loss of capsule reduced the virulence of hvKp. The findings can contribute to a better understanding of that bacteriophage therapy can not only kill bacteria directly, but also reduce the virulence of bacteria by phage screening. Importance Bacteriophages are considered potential therapeutic alternative to antibiotics; however host-evolved phage resistance has accounted for the resurgences of pathogens, meaning further measures are need to improve the efficacy of phage therapy. This study showed two phages capable of infecting hypervirulent K. pneumoniae and identified phage-resistant mutants whose virulence was significantly reduced. Gene sequencing analysis revealed that mutations of wzc and wcaJ gene, related to capsule synthesis, recovered phage resistance but reduced the virulence of hypervirulent K. pneumoniae .

Over the last decade, the rapid development of high-throughput sequencing platforms has accelerated species description and assisted morphological classification through DNA barcoding. However, constraints in barcoding costs led to unbalanced efforts which prevented accurate taxonomic identification for biodiversity studies. We present a high throughput sequencing approach based on the HIFI-SE pipeline which takes advantage of Single-End 400 bp (SE400) sequencing data generated by BGISEQ-500 to produce full-length Cytochrome c oxidase subunit I (COI) barcodes from pooled polymerase chain reaction amplicons. HIFI-SE was written in Python and included four function modules of filter, assign, assembly and taxonomy. We applied the HIFI-SE to a test plate which contained 96 samples (30 coral, 64 insects and 2 blank controls) and delivered a total of 86 fully assembled HIFI COI barcodes. By comparing to their corresponding Sanger sequences (72 sequences available), it showed that most of the samples (98.61%, 71/72) were correctly and accurately assembled, including 46 samples that had a similarity of 100% and 25 of ca. 99%. Our approach can produce standard full-length barcodes cost efficiently, allowing DNA barcoding for global biomes which will advance DNA-based species identification for various ecosystems and improved quarantine biosecurity efforts.