CN
Christopher Nielsen
Author with expertise in Genomic Selection in Plant and Animal Breeding
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
15
h-index:
0
/
i10-index:
0
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
3

A Saturated Map of Common Genetic Variants Associated with Human Height from 5.4 Million Individuals of Diverse Ancestries

Loïc Yengo et al.Jan 12, 2022
+554
E
S
L
ABSTRACT Common SNPs are predicted to collectively explain 40-50% of phenotypic variation in human height, but identifying the specific variants and associated regions requires huge sample sizes. Here we show, using GWAS data from 5.4 million individuals of diverse ancestries, that 12,111 independent SNPs that are significantly associated with height account for nearly all of the common SNP-based heritability. These SNPs are clustered within 7,209 non-overlapping genomic segments with a median size of ~90 kb, covering ~21% of the genome. The density of independent associations varies across the genome and the regions of elevated density are enriched for biologically relevant genes. In out-of-sample estimation and prediction, the 12,111 SNPs account for 40% of phenotypic variance in European ancestry populations but only ~10%-20% in other ancestries. Effect sizes, associated regions, and gene prioritization are similar across ancestries, indicating that reduced prediction accuracy is likely explained by linkage disequilibrium and allele frequency differences within associated regions. Finally, we show that the relevant biological pathways are detectable with smaller sample sizes than needed to implicate causal genes and variants. Overall, this study, the largest GWAS to date, provides an unprecedented saturated map of specific genomic regions containing the vast majority of common height-associated variants.
0

Dosing and Safety Profile of Aficamten in Symptomatic Obstructive Hypertrophic Cardiomyopathy: Results From SEQUOIA‐HCM

Caroline Coats et al.Sep 12, 2024
+141
M
A
C
Background Aficamten, a novel cardiac myosin inhibitor, reversibly reduces cardiac hypercontractility in obstructive hypertrophic cardiomyopathy. We present a prespecified analysis of the pharmacokinetics, pharmacodynamics, and safety of aficamten in SEQUOIA‐HCM (Safety, Efficacy, and Quantitative Understanding of Obstruction Impact of Aficamten in HCM). Methods and Results A total of 282 patients with obstructive hypertrophic cardiomyopathy were randomized 1:1 to daily aficamten (5–20 mg) or placebo between February 1, 2022, and May 15, 2023. Aficamten dosing targeted the lowest effective dose for achieving site‐interpreted Valsalva left ventricular outflow tract gradient <30 mm Hg with left ventricular ejection fraction (LVEF) ≥50%. End points were evaluated during titration (day 1 to week 8), maintenance (weeks 8–24), and washout (weeks 24–28), and included major adverse cardiac events, new‐onset atrial fibrillation, implantable cardioverter‐defibrillator discharges, LVEF <50%, and treatment‐emergent adverse events. At week 8, 3.6%, 12.9%, 35%, and 48.6% of patients achieved 5‐, 10‐, 15‐, and 20‐mg doses, respectively. Baseline characteristics were similar across groups. Aficamten concentration increased by dose and remained stable during maintenance. During the treatment period, LVEF decreased by −0.9% (95% CI, −1.3 to −0.6) per 100 ng/mL aficamten exposure. Seven (4.9%) patients taking aficamten underwent per‐protocol dose reduction for site‐interpreted LVEF <50%. There were no treatment interruptions or heart failure worsening for LVEF <50%. No major adverse cardiovascular events were associated with aficamten, and treatment‐emergent adverse events were similar between treatment groups, including atrial fibrillation. Conclusions A site‐based dosing algorithm targeting the lowest effective aficamten dose reduced left ventricular outflow tract gradient with a favorable safety profile throughout SEQUOIA‐HCM. Registration URL: https://www.clinicaltrials.gov ; Unique Identifier: NCT05186818.
0
Citation1
0
Save
0

Meta-analysis of 375,000 individuals identifies 38 susceptibility loci for migraine

Padhraig Gormley et al.May 6, 2020
+100
B
V
P
Migraine is a debilitating neurological disorder affecting around 1 in 7 people worldwide, but its molecular mechanisms remain poorly understood. Some debate exists over whether migraine is a disease of vascular dysfunction, or a result of neuronal dysfunction with secondary vascular changes. Genome-wide association (GWA) studies have thus far identified 13 independent loci associated with migraine. To identify new susceptibility loci, we performed the largest genetic study of migraine to date, comprising 59,674 cases and 316,078 controls from 22 GWA studies. We identified 45 independent single nucleotide polymorphisms (SNPs) significantly associated with migraine risk (P < 5 x 10-8) that map to 38 distinct genomic loci, including 28 loci not previously reported and the first locus identified on chromosome X. Furthermore, a subset analysis for migraine without aura (MO) identified seven of the same loci as from the full sample, whereas no loci reached genome-wide significance in the migraine with aura (MA) subset. In subsequent computational analyzes, the identified loci showed enrichment for genes expressed in vascular and smooth muscle tissues, consistent with a predominant theory of migraine that highlights vascular etiologies.