Response TeamMonkeypox is a rare, sometimes life-threatening zoonotic infection that occurs in west and central Africa.It is caused by Monkeypox virus, an orthopoxvirus similar to Variola virus (the causative agent of smallpox) and Vaccinia virus (the live virus component of orthopoxvirus vaccines) and can spread to humans.After 39 years without detection of human disease in Nigeria, an outbreak involving 118 confirmed cases was identified during 2017-2018 (1); sporadic cases continue to occur.During September 2018-May 2021, six unrelated persons traveling from Nigeria received diagnoses of monkeypox in non-African countries: four in the United Kingdom and one each in Israel and Singapore.In July 2021, a man who traveled from Lagos, Nigeria, to Dallas, Texas, became the seventh traveler to a non-African country with diagnosed monkeypox.Among 194 monitored contacts, 144 (74%) were flight contacts.The patient received tecovirimat, an antiviral for treatment of orthopoxvirus infections, and his home required large-scale decontamination.Whole genome sequencing showed that the virus was consistent with a strain of Monkeypox virus known to circulate in Nigeria, but the specific source of the patient's infection was not identified.No epidemiologically linked cases were reported in Nigeria; no contact received postexposure prophylaxis (PEP) with the orthopoxvirus vaccine ACAM2000.† https://wwwnc.cdc.gov/travel/destinations/traveler/none/nigeria?s_cid%20 =%20ncezid-dgmq-travel-single-001

Genomic surveillance of monkeypox virus (MPXV) during the 2022 outbreak has been mainly focused on single nucleotide polymorphism (SNP) changes. DNA viruses, including MPXV, have a lower SNP mutation rate than RNA viruses due to higher fidelity replication machinery. We identified a large genomic rearrangement in a MPXV sequence from a 2022 case in the state of Minnesota (MN), USA, from an abnormal, uneven MPXV read mapping coverage profile in whole-genome sequencing (WGS) data. We further screened WGS data of 206 U.S. MPXV samples and found seven (3.4 percent) sequenced genomes contained similar abnormal read coverage profiles that suggested putative large deletions or genomic rearrangements. Here, we present three MPXV genomes containing deletions ranging from 2.3 to 15 kb and four genomes containing more complex rearrangements. Five genomic changes were each only seen in one sample, but two sequences from linked cases shared an identical 2.3 kb deletion in the 3’ terminal region. All samples were positive using VAC1 and Clade II (formerly West African)-specific MPXV diagnostic tests; however, large deletions and genomic rearrangements like the ones reported here have the potential to result in viruses in which the target of a PCR diagnostic test is deleted. The emergence of genomic rearrangements during the outbreak may have public health implications and highlight the importance of continued genomic surveillance.