Genomic surveillance of monkeypox virus (MPXV) during the 2022 outbreak has been mainly focused on single nucleotide polymorphism (SNP) changes. DNA viruses, including MPXV, have a lower SNP mutation rate than RNA viruses due to higher fidelity replication machinery. We identified a large genomic rearrangement in a MPXV sequence from a 2022 case in the state of Minnesota (MN), USA, from an abnormal, uneven MPXV read mapping coverage profile in whole-genome sequencing (WGS) data. We further screened WGS data of 206 U.S. MPXV samples and found seven (3.4 percent) sequenced genomes contained similar abnormal read coverage profiles that suggested putative large deletions or genomic rearrangements. Here, we present three MPXV genomes containing deletions ranging from 2.3 to 15 kb and four genomes containing more complex rearrangements. Five genomic changes were each only seen in one sample, but two sequences from linked cases shared an identical 2.3 kb deletion in the 3’ terminal region. All samples were positive using VAC1 and Clade II (formerly West African)-specific MPXV diagnostic tests; however, large deletions and genomic rearrangements like the ones reported here have the potential to result in viruses in which the target of a PCR diagnostic test is deleted. The emergence of genomic rearrangements during the outbreak may have public health implications and highlight the importance of continued genomic surveillance.

Bacterial genetic diversity is often described using solely base pair changes despite a wide variety of other mutation types likely being major contributors. Tandem duplications of genomic loci are thought to be widespread among bacteria but due to their often intractable size and instability, comprehensive studies of the range and genome dynamics of these mutations are rare. We define a methodology to investigate duplications in bacterial genomes based on read depth of genome sequence data as a proxy for copy number. We demonstrate the approach with Bordetella pertussis, whose insertion sequence element-rich genome provides extensive scope for duplications to occur. Analysis of genome sequence data for 2430 B. pertussis isolates identified 272 putative duplications, of which 94% were located at 11 hotspot loci. We demonstrate limited phylogenetic connection for the occurrence of duplications, suggesting unstable and sporadic characteristics. Genome instability was further described in-vitro using long read sequencing via the Nanopore platform. Clonally derived laboratory cultures produced heterogenous populations containing multiple structural variants. Short read data was used to predict 272 duplications, whilst long reads generated on the Nanopore platform enabled the in-depth study of the genome dynamics of tandem duplications in B. pertussis. Our work reveals the unrecognised and dynamic genetic diversity of B. pertussis and, as the complexity of the B. pertussis genome is not unique, highlights the need for a holistic and fundamental understanding of bacterial genetics.

Whole-genome sequencing (WGS) of microbial pathogens recovered from patients with infectious disease facilitates high-resolution strain characterization and molecular epidemiology. However, increasing reliance on culture-independent methods to diagnose infectious diseases has resulted in few isolates available for WGS. Here we report a novel culture-independent approach to genome characterization of Bordetella pertussis, the causative agent of pertussis and a paradigm for insufficient genomic surveillance due to limited culture of clinical isolates. Sequencing libraries constructed directly from residual pertussis-positive diagnostic nasopharyngeal specimens were hybridized with biotinylated RNA “baits” targeting B. pertussis fragments within complex mixtures that contained high concentrations of host and microbial background DNA. Recovery of B. pertussis genome sequence data was evaluated with mock and pooled negative clinical specimens spiked with reducing concentrations of either purified DNA or inactivated cells. Targeted enrichment increased yield of B. pertussis sequencing reads up to 90% while simultaneously decreasing host reads to less than 10%. Filtered sequencing reads provided sufficient genome coverage to perform characterization via whole-genome single nucleotide polymorphisms (wgSNP) and whole-genome multilocus sequencing typing (wgMLST). Moreover, these data were concordant with sequenced isolates recovered from the same specimens such that phylogenetic reconstructions from either consistently clustered the same putatively linked cases. The optimized protocol is suitable for nasopharyngeal specimens with IS481 Ct < 35 and > 10 ng DNA. Routine implementation of these methods could strengthen surveillance and study of pertussis resurgence by capturing additional cases with genomic characterization.

Pathogens adapting to the human host and to vaccination-induced immunity may follow parallel evolutionary paths. Bordetella parapertussis (Bpp) contributes significantly to the burden of whooping cough (pertussis), shares vaccine antigens with Bordetella pertussis (Bp), and both pathogens are phylogenetically related and ecological competitors. Bp vaccine antigen-coding genes have accumulated variation, including pertactin disruptions, after introduction of acellular vaccines in the 1990s. We aimed to evaluate evolutionary parallelisms in Bpp, even though pertussis vaccines were designed against Bp. We investigated the temporal evolution of Bpp sublineages, by sequencing 242 Bpp isolates collected in France, the USA and Spain between 1937 and 2019, spanning pre-vaccine and two vaccines eras. We estimated the evolutionary rate of Bpp at 2.12×10 −7 substitutions per site·year -1 , with a most recent common ancestor of all sequenced isolates around year 1877, and found that pertactin deficiency in Bpp was driven by 18 disruptive mutations, including deletion prn:ΔG-1895 estimated to have occurred around 1998 and observed in 73.8% (149/202) of post-2007 isolates. In addition, we detected two mutations in the bvgA-fhaB intergenic region (controlling expression of the master transcriptional regulator BvgA and the filamentous hemagglutinin), that became fixed in the early 1900s. Our findings suggest early adaptation of Bpp to humans through modulation of the bvgAS regulon, and a rapid adaptation through the loss of pertactin expression, representing a late evolutionary parallelism concomitant with acellular vaccination against whooping cough.

ABSTRACT Multi-Locus Sequence Typing (MLST) provides allele-based characterization of bacterial pathogens in a standardized framework. However, current MLST schemes for Bordetella pertussis , the causative agent of whooping cough, seldom reveal diversity among the small number of gene targets and thereby fail to delineate population structure. To improve discriminatory power of allele-based molecular typing of B. pertussis , we have developed a whole-genome MLST (wgMLST) scheme from 214 reference-quality genome assemblies. Iterative refinement and allele curation resulted in a scheme of 3,506 coding sequences and covering 81.4% of the B. pertussis genome. This wgMLST scheme was further evaluated with data from a convenience sample of 2,389 B. pertussis isolates sequenced on Illumina instruments, including isolates from known outbreaks and epidemics previously characterized by existing molecular assays, as well as replicates collected from individual patients. wgMLST demonstrated concordance with whole-genome single nucleotide polymorphisms (SNP) profiles, accurately resolved outbreak and sporadic cases in a retrospective comparison, and clustered replicate isolates collected from individual patients during diagnostic confirmation. Additionally, a re-analysis of isolates from two statewide epidemics using wgMLST reconstructed the population structures of circulating strains with increased resolution, revealing new clusters of related cases. Comparison with an existing core-genome (cgMLST) scheme highlights the genomic stability of this bacterium and forms the initial foundation for necessary standardization. These results demonstrate the utility of wgMLST for improving B. pertussis characterization and genomic surveillance during the current pertussis disease resurgence.