DF
Daniele Focosi
Author with expertise in Coronavirus Disease 2019 Research
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
9
(56% Open Access)
Cited by:
868
h-index:
43
/
i10-index:
128
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Progressive multifocal leukoencephalopathy after rituximab therapy in HIV-negative patients: a report of 57 cases from the Research on Adverse Drug Events and Reports project

Kenneth Carson et al.Mar 6, 2009
+21
E
A
K
Rituximab improves outcomes for persons with lymphoproliferative disorders and is increasingly used to treat immune-mediated illnesses. Recent reports describe 2 patients with systemic lupus erythematosus and 1 with rheumatoid arthritis who developed progressive multifocal leukoencephalopathy (PML) after rituximab treatment. We reviewed PML case descriptions among patients treated with rituximab from the Food and Drug Administration, the manufacturer, physicians, and a literature review from 1997 to 2008. Overall, 52 patients with lymphoproliferative disorders, 2 patients with systemic lupus erythematosus, 1 patient with rheumatoid arthritis, 1 patient with an idiopathic autoimmune pancytopenia, and 1 patient with immune thrombocytopenia developed PML after treatment with rituximab and other agents. Other treatments included hematopoietic stem cell transplantation (7 patients), purine analogs (26 patients), or alkylating agents (39 patients). One patient with an autoimmune hemolytic anemia developed PML after treatment with corticosteroids and rituximab, and 1 patient with an autoimmune pancytopenia developed PML after treatment with corticosteroids, azathioprine, and rituximab. Median time from last rituximab dose to PML diagnosis was 5.5 months. Median time to death after PML diagnosis was 2.0 months. The case-fatality rate was 90%. Awareness is needed of the potential for PML among rituximab-treated persons.
0
Citation842
0
Save
112

Plasma after both SARS-CoV-2 boosted vaccination and COVID-19 potently neutralizes BQ.1.1 and XBB.1

David Sullivan et al.Nov 28, 2022
+3
J
M
D
Recent 2022 SARS-CoV-2 Omicron variants, have acquired resistance to most neutralizing anti-Spike monoclonal antibodies authorized, and the BQ.1.* sublineages are notably resistant to all authorized monoclonal antibodies. Polyclonal antibodies from individuals both vaccinated and recently recovered from Omicron COVID-19 (VaxCCP) could retain new Omicron neutralizing activity.Here we reviewed BQ.1.* virus neutralization data from 920 individual patient samples from 43 separate cohorts defined by boosted vaccinations with or without recent Omicron COVID-19, as well as infection without vaccination.More than 90% of the plasma samples from individuals in the recently (within 6 months) boosted VaxCCP study cohorts neutralized BQ.1.1, and BF.7 with 100% neutralization of WA-1, BA.4/5, BA.4.6 and BA.2.75. The geometric mean of the geometric mean 50% neutralizing titers (GM (GMT 50 ) were 314, 78 and 204 for BQ.1.1, XBB.1 and BF.7, respectively. Compared to VaxCCP, plasma sampled from COVID-19 naïve subjects who also recently within 6 months received at least a third vaccine dose had about half of the GM (GMT 50 ) for all viral variants.Boosted VaxCCP characterized by either recent vaccine dose or infection event within 6 months represents a robust, variant-resilient, passive immunotherapy against the new Omicron BQ.1.1, XBB.1 and BF.7 variants.
112
Citation17
0
Save
1

Convergent evolution in SARS-CoV-2 Spike creates a variant soup that causes new COVID-19 waves

Daniele Focosi et al.Dec 5, 2022
+2
S
R
D
Abstract The first 2 years of the COVID-19 pandemic were mainly characterized by convergent evolution of mutations of SARS-CoV-2 Spike protein at residues K417, L452, E484, N501 and P681 across different variants of concern (Alpha, Beta, Gamma, and Delta). Since Spring 2022 and the third year of the pandemic, with the advent of Omicron and its sublineages, convergent evolution has led to the observation of different lineages acquiring an additional group of mutations at different amino acid residues, namely R346, K444, N450, N460, F486, F490, Q493, and S494. Mutations at these residues have become increasingly prevalent during Summer and Autumn 2022, with combinations showing increased fitness. The most likely reason for this convergence is the selective pressure exerted by previous infection- or vaccine-elicited immunity. Such accelerated evolution has caused failure of all anti-Spike monoclonal antibodies, including bebtelovimab and cilgavimab. While we are learning how fast coronaviruses can mutate and recombine, we should reconsider opportunities for economically sustainable escape-proof combination therapies, and refocus antibody-mediated therapeutic efforts on polyclonal preparations that are less likely to allow for viral immune escape.
1
Citation7
0
Save
0

MPXV DNA kinetics in bloodstream and other body fluids samples

Silvia Meschi et al.Jun 12, 2024
+18
F
F
S
Since spring 2022, the global epidemiology of the monkeypox virus (MPXV) has changed. The unprecedented increase of human clade II MPXV cases worldwide heightened concerns about this emerging zoonotic disease. We analysed the positivity rates, viral loads, infectiousness, and persistence of MPXV DNA for up to 4 months in several biological samples from 89 MPXV-confirmed cases. Our data showed that viral loads and positivity rates were higher during the first two weeks of symptoms for all sample types. Amongst no-skin-samples, respiratory specimens showed higher MPXV DNA levels and median time until viral clearance, suggesting their usefulness in supporting MPXV diagnosis, investigating asymptomatic patients, and monitoring viral shedding. Infectious virus was cultured from respiratory samples, semen, and stools, with high viral loads and collected within the first 10 days. Notably, only one saliva and one semen were found positive for viral DNA after 71 and 31 days from symptoms, respectively. The focus on bloodstream samples showed the best testing sensitivity in plasma, reporting the overall highest MPXV DNA detection rate and viral loads during the 3-week follow-up as compared to serum and whole-blood. The data here presented can be useful for MPXV diagnostics and a better understanding of the potential alternative routes of its onward transmission.
0
Citation1
0
Save
0

Torquetenovirus Viremia Quantification Using Real-Time PCR Developed on a Fully Automated, Random-Access Platform

Pietro Spezia et al.Jun 15, 2024
+10
F
F
P
Quantification of Torquetenovirus (TTV) viremia is becoming important for evaluating the status of the immune system in solid organ transplant recipients, monitoring the appearance of post-transplant complications, and controlling the efficacy of maintenance immunosuppressive therapy. Thus, diagnostic approaches able to scale up TTV quantification are needed. Here, we report on the development and validation of a real-time PCR assay for TTV quantification on the Hologic Panther Fusion® System by utilizing its open-access channel. The manual real-time PCR previously developed in our laboratories was optimized to detect TTV DNA on the Hologic Panther Fusion® System. The assay was validated using clinical samples. The automated TTV assay has a limit of detection of 1.6 log copies per ml of serum. Using 112 samples previously tested via manual real-time PCR, the concordance in TTV detection was 93% between the assays. When the TTV levels were compared, the overall agreement between the methods, as assessed using Passing–Bablok linear regression and Bland–Altman analyses, was excellent. In summary, we validated a highly sensitive and accurate method for the diagnostic use of TTV quantification on a fully automated Hologic Panther Fusion® System. This will greatly improve the turnaround time for TTV testing and better support the laboratory diagnosis of this new viral biomarker.
0
Citation1
0
Save
0

Single monoclonal antibodies should not be used for COVID-19 therapy: a call for antiviral stewardship

Arturo Casadevall et al.Aug 8, 2024
S
L
D
A
Abstract The COVID-19 pandemic saw the largest deployment of monoclonal antibodies (mAbs) for an infectious disease in history. mAbs to SARS-CoV-2 spike protein proved safe and were initially effective for COVID-19 therapy, but each was defeated by continued SARS-CoV-2 evolution, leading to their withdrawal. This was a setback for people with impaired immunity who cannot mount an effective antibody response to SARS-CoV-2 and often cannot clear the virus. New mAbs have now been developed for pre-exposure prophylaxis (PreEP) in immunosuppressed people. Here we argue that while mAb use for PreEP is justified, single mAbs should not be used for COVID-19 therapy. In contrast to PreEP where the viral inoculum is small, immunosuppressed people with COVID-19 have large viral burden that can harbor mAb-escape variants that single-agent mAb treatments can rapidly select for resistance. Selection of mAb-escape variants has potential risks for patients, society and the feasibility of mAb therapy itself.
0
0
Save
0

Controversies in COVID-19 pandemic: the case of convalescent plasma

Massimo Franchini et al.Jun 5, 2024
D
M
The SARS-CoV-2 pandemic has caused an unprecedented health and social crisis worldwide. In this paper we summarized the different therapeutic actions planned from the two sides of the Atlantic Ocean (USA and Europe) to fight the initial phase of COVID-19 pandemic, with an emphasis on passive immunotherapies such as convalescent plasma and anti-Spike monoclonal antibodies. The lessons derived from the critical analysis of that period could drive our treatment decisions for the next pandemics.
0

Reaction Times in Modern Virology: “This is not a Drill”

Daniele Focosi et al.Jan 1, 2024
F
D
The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variant of interest BA.2.87.1 has not driven any Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic wave. Nevertheless, it has served to test the reaction times of modern virology laboratories. In this commentary, we highlight how fast the reaction has been at characterizing this sublineage, leading at an unprecedented pace to almost as many papers as the number of viral sequences.
0

Monoclonal Antibodies and Hyperimmune Immunoglobulins in the Next Pandemic

Massimo Franchini et al.Jan 1, 2024
D
M
Pandemics are highly unpredictable events that are generally caused by novel viruses. There is a high likelihood that such novel pathogens belong to entirely novel viral families for which no targeted small-molecule antivirals exist. In addition, small-molecule antivirals often have pharmacokinetic properties that make them contraindicated for the frail patients who are often the most susceptible to a novel virus. Passive immunotherapies-available from the first convalescent patients-can then play a key role in controlling pandemics. Convalescent plasma is immediately available, but if manufacturers have fast platforms to generate marketable drugs, other forms of passive antibody treatment can be produced. In this chapter, we will review the technological platforms for generating monoclonal antibodies and hyperimmune immunoglobulins, the current experience on their use for treatment of COVID-19, and the pipeline for pandemic candidates.