LF
Lev Fedorov
Author with expertise in Functions and Regulation of RNA Editing by ADARs
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(60% Open Access)
Cited by:
705
h-index:
12
/
i10-index:
15
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
30

TAD Evolutionary and functional characterization reveals diversity in mammalian TAD boundary properties and function

Mariam Okhovat et al.Mar 7, 2023
ABSTRACT Topological associating domains (TADs) are self-interacting genomic units crucial for shaping gene regulation patterns. Despite their importance, the extent of their evolutionary conservation and its functional implications remain largely unknown. In this study, we generate Hi-C and ChIP-seq data and compare TAD organization across four primate and four rodent species, and characterize the genetic and epigenetic properties of TAD boundaries in correspondence to their evolutionary conservation. We find that only 14% of all human TAD boundaries are shared among all eight species (ultraconserved), while 15% are human-specific. Ultraconserved TAD boundaries have stronger insulation strength, CTCF binding, and enrichment of older retrotransposons, compared to species-specific boundaries. CRISPR-Cas9 knockouts of two ultraconserved boundaries in mouse models leads to tissue-specific gene expression changes and morphological phenotypes. Deletion of a human-specific boundary near the autism-related AUTS2 gene results in upregulation of this gene in neurons. Overall, our study provides pertinent TAD boundary evolutionary conservation annotations, and showcase the functional importance of TAD evolution.
30
Citation6
0
Save
0

Distinct roles for the Charcot-Marie-Tooth disease-causing endosomal regulators Mtmr5 and Mtmr13 in axon radial sorting and Schwann cell myelination

Anna Mammel et al.Nov 15, 2019
The form of Charcot-Marie-Tooth type 4B (CMT4B) disease caused by mutations in myotubularin-related 5 (MTMR5; also called SET Binding Factor 1; SBF1) shows a spectrum of axonal and demyelinating nerve phenotypes. This contrasts with the CMT4B subtypes caused by MTMR2 or MTMR13 (SBF2) mutations, which are characterized by myelin outfoldings and classic demyelination. Thus, it is unclear whether MTMR5 plays an analogous or distinct role from that of its homolog, MTMR13, in the peripheral nervous system (PNS). MTMR5 and MTMR13 are pseudophosphatases predicted to regulate endosomal trafficking by activating Rab GTPases and binding to the phosphoinositide 3-phosphatase MTMR2. In the mouse PNS, Mtmr2 was required to maintain wild type levels of Mtmr5 and Mtmr13, suggesting that these factors function in discrete protein complexes. Genetic elimination of both Mtmr5 and Mtmr13 in mice led to perinatal lethality, indicating that the two proteins have partially redundant functions during embryogenesis. Loss of Mtmr5 in mice did not cause CMT4B-like myelin outfoldings. However, adult Mtmr5-/- mouse nerves contained fewer myelinated axons than control nerves, likely as a result of axon radial sorting defects. Mtmr5 levels were highest during axon radial sorting, whereas Mtmr13 levels rose as myelin formed, and remained high through adulthood. Our findings suggest that Mtmr5 and Mtmr13 ensure proper axon radial sorting and Schwann cell myelination, respectively, perhaps through their direct interactions with Mtmr2. This study enhances our understanding of the non-redundant roles of the endosomal regulators MTMR5 and MTMR13 during normal peripheral nerve development and disease.
3

Gait Abnormalities and Aberrant D2 Receptor Expression and Signaling in a Mouse Model of the Human Pathogenic Mutation DRD2I212F

Dayana Rodriguez‐Contreras et al.Jun 11, 2022
Abstract A dopamine D2 receptor mutation was recently identified in a family with a novel hyperkinetic movement disorder (Mov Disord 36 : 729-739, 2021). That allelic variant D2-I 212 F is a constitutively active and G protein-biased receptor. We now describe mice engineered to carry the D2-I 212 F variant, Drd2 I212F . The mice exhibited gait abnormalities resembling those in other mouse models of chorea and/or dystonia, and had decreased striatal D2 receptor expression. Electrically evoked IPSCs in midbrain dopamine neurons and striatum from Drd2 I212F mice exhibited slow onset and decay compared to wild type mice. In the presence of dopamine, current decay initiated by photolytic release of sulpiride from CyHQ-sulpiride was slower in midbrain slices from Drd2 I212F mice than Drd2 +/+ mice. Furthermore, in contrast to wild type mice in which dopamine is more potent at neurons in the nucleus accumbens than in the dorsal striatum, reflecting activation of Gα o vs. Gα i1 , dopamine had similar potencies in those two brain regions of Drd2 I212F mice. Repeated cocaine treatment, which decreases dopamine potency in the nucleus accumbens of wild type mice, had no effect on dopamine potency in Drd2 I212F mice. The results demonstrate the utility of this mouse model for investigating the role of pathogenic DRD2 variants in early-onset hyperkinetic movement disorders.