Abstract Background Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the virus responsible for the COVID-19 pandemic, is capable of infecting a variety of wildlife species. Wildlife living in close contact with humans are at an increased risk of SARS-CoV-2 exposure and if infected have the potential to become a reservoir for the pathogen, making control and management more difficult. Objective To conduct SARS-CoV-2 surveillance in urban wildlife from Ontario and Québec, Canada, increasing our knowledge of the epidemiology of the virus and our chances of detecting spillover from humans into wildlife. Methods Using a One Health approach, we leveraged activities of existing research, surveillance, and rehabilitation programs among multiple agencies to collect samples from 776 animals from 17 different wildlife species between June 2020 and May 2021. Samples from all animals were tested for the presence of SARS-CoV-2 viral RNA, and a subset of samples from 219 animals across 3 species (raccoons, Procyon lotor ; striped skunks, Mephitis mephitis ; and mink, Neovison vison ) were also tested for the presence of neutralizing antibodies. Results No evidence of SARS-CoV-2 viral RNA or neutralizing antibodies was detected in any of the tested samples. Conclusion Although we were unable to identify positive SARS-CoV-2 cases in wildlife, continued research and surveillance activities are critical to better understand the rapidly changing landscape of susceptible animal species. Collaboration between academic, public and animal health sectors should include experts from relevant fields to build coordinated surveillance and response capacity.

Abstract In 2022, a severe outbreak of clade 2.3.4.4b Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 virus resulted in unprecedented mortality among wild birds in eastern Canada. Tens of thousands of birds were reported sick or dead, prompting a comprehensive assessment of mortality spanning the breeding season between April 1 and September 30, 2022. Mortality reports were collated from federal, Indigenous, provincial, and municipal agencies, the Canadian Wildlife Health Cooperative, non-governmental organizations, universities, and citizen science platforms. A scenario analysis was conducted to refine mortality estimates, accounting for potential double counts from multiple sources under a range of spatial and temporal overlap. Correcting for double counting, an estimated 40,966 wild birds were reported sick or dead in eastern Canada during the spring and summer of 2022. Seabirds and sea ducks, long-lived species that are slow to recover from perturbations, accounted for 98.7% of reported mortalities. Mortalities were greatest among Northern Gannets (Morus bassanus ; 26,193), Common Murres ( Uria aalge ; 8,133), and American Common Eiders ( Somateria mollissima dresseri; 1,945), however, these figures underestimate total mortality as they exclude unreported deaths on land and at sea. In addition to presenting mortality estimates, we compare mortalities with known population sizes and trends and make an initial assessment of whether population-level impacts are possible for the Northern Gannet, a species that has suffered significant global mortality, and two harvested species, Common Murre and American Common Eider, to support management decisions. We hypothesize that population-level impacts in eastern Canada are possible for Northern Gannets and American Common Eiders but are unlikely for Common Murres. This study underscores the urgent need for further research to understand the broader ecological ramifications of the HPAI outbreak on wild bird populations.

Abstract During 2021-22 High Pathogenicity Avian Influenza (HPAI) killed thousands of wild birds across Europe and North America, suggesting a change in infection dynamics and a shift to new hosts, including seabirds. Northern Gannets ( Morus bassanus ) appeared especially severely impacted, but limited understanding of how the virus spread across the metapopulation, or the demographic consequences of mass mortality limit our understanding of its severity. Accordingly, we collate information on HPAIV outbreaks across most North Atlantic gannet colonies and for the largest colony (Bass Rock, UK), provide impacts on population size, breeding success, adult survival, and preliminary results on serology. Unusually high numbers of dead gannets were first noted in Iceland during April 2022. Outbreaks in May occurred in many Scottish colonies, followed by colonies in Canada, Germany and Norway. By the end of June, outbreaks had occurred in five Canadian colonies and in the Channel Islands. Outbreaks in 12 UK and Ireland colonies appeared to follow a clockwise pattern with the last infected colonies recorded in late August/September. Unusually high mortality was recorded at 40 colonies (75% of global total colonies). Dead birds testing positive for HPAIV H5N1 were associated with 58% of these colonies. At Bass Rock, the number of occupied sites decreased by at least 71%, breeding success declined by ∼66% compared to the long-term UK mean and adult survival between 2021 and 2022 was 42% lower than the preceding 10-year average. Serological investigation detected antibodies specific to H5 in apparently healthy birds indicating that some gannets recover from HPAIV infection. Further, most of these recovered birds had black irises, suggestive of a phenotypic indicator of previous infection. Untangling the impacts of HPAIV infection from other key pressures faced by seabirds is key to establishing effective conservation strategies for threatened seabird populations, HPAIV being a novel and pandemic threat.

Following detection of novel highly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) H5N1 clade 2.3.4.4b in Newfoundland, Canada in late 2021, avian influenza surveillance in wild birds was scaled-up across Canada. Herein, we present results of Canada9s Interagency Surveillance Program for Avian Influenza in wild birds during the first year (November 2021 - November 2022) following the incursions of HPAIV from Eurasia. Key objectives of the surveillance program were to (i) detect the presence, distribution and spread of HPAIV and other avian influenza viruses (AIVs), (ii) detect wild bird morbidity and mortality associated with HPAIV, (iii) identify the range of wild bird species infected by HPAIV, and (iv) characterize detected AIV. A total of 6,246 sick and dead wild birds were tested, of which 27.4% were HPAIV positive across 12 taxonomic orders and 80 species. Geographically, HPAIV detections occurred in all Canadian provinces and territories, with the highest numbers in the Atlantic and Central flyways. Temporally, peak detections differed across flyways, though the national peak occurred in April 2022. In an additional 11,295 asymptomatic harvested or live captured wild birds, 5.2% were HPAIV positive across 3 taxonomic orders and 19 species. Whole genome sequencing identified HPAIV of Eurasian origin as most prevalent in the Atlantic flyway, along with multiple reassortants of mixed Eurasian and North American origins distributed across Canada, with moderate structuring at the flyway scale. Wild birds were victims and reservoirs of HPAIV H5N1 2.3.4.4b, underscoring the importance of surveillance encompassing samples from sick and dead, as well as live and harvested birds to provide insights into the dynamics and potential impacts of the HPAIV H5N1 outbreak. This dramatic shift in presence and distribution of HPAIV in wild birds in Canada highlights a need for sustained investment in wild bird surveillance and collaboration across One Health partners.

We describe an unusual mortality event caused by a highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) H5N1 clade 2.3.4.4b involving harbor (Phoca vitulina) and grey (Halichoerus grypus) seals in the St. Lawrence Estuary, Quebec, Canada. Fifteen (56%) of the seals submitted for necropsy were considered to be fatally infected by H5N1 containing fully Eurasian (EA) or Eurasian/North American genome constellation.

H5N1 clade 2.3.4.4b viruses have caused significant mortality events in various wild bird species across Europe, North America, South America, and Africa. In North America, the largest impacts on wild birds have been in eastern Canada, where over 40,391 wild birds were reported to have died from highly pathogenic avian influenza (HPAI) between April and September 2022. In the year following, we applied previously established methods to quantify total reported mortality in eastern Canada for a full year October 2022, to September 2023. In this study, we (i) document the spatial, temporal and taxonomic patterns of wild bird mortality in the 12 months that followed the mass mortality event in the summer of 2022 and (ii) quantify the observed differences in mortality across the breeding season (April to September) of 2022 and 2023. In eastern Canada, there was high uncertainty about whether 2023 would bring another year of devastating HPAI-linked mortalities. Mortalities in the breeding season were 93% lower in 2023 compared to 2022 but encompassed a more taxonomically diverse array of species. We found that mortalities in the fall and winter (non-breeding season) were dominated by waterfowl, while mortalities during the spring and summer (breeding season) were dominated by seabirds. Due to a low prevalence of HPAI among the subset of tested birds, we refrained from broadly attributing reported mortalities in 2023 to HPAI. However, our analysis did identify three notable mortality events linked to HPAI, involving at least 1,646 Greater Snow Geese, 232 Canada Geese, and 212 Northern Gannets. This study emphasizes the ongoing need for H5NX surveillance and mortality assessments as the patterns of mortality in wild populations continue to change.

Of the 202 species of Chamaeleonidae, 38.6% are globally threatened. Currently, nearly a thousand individual chameleons from 36 different species are kept in zoological institutions worldwide. The objectives of this study were to assess the main mortality causes of chameleons in zoological institutions, the prevalence of renal lesions at necropsy, and the environmental factors associated with renal lesions. An online survey was sent to 245 zoological institutions worldwide to collect information about species and sex distribution, necropsy results, and husbandry parameters. Necropsy reports of the last 10 yr were requested from participating institutions (n = 65) when available. Mortality causes were classified into three categories (open diagnosis, infectious, and noninfectious), and noninfectious causes were further subdivided into seven categories (renal, reproductive, myoarthroskeletal, digestive, ophthalmologic, denutrition/multisystemic, and neoplastic). The prevalence of renal lesions was recorded. Multiple linear regression models were used with the prevalence of renal diseases as the dependent variable, and exhibit minimum and maximum hygrometry; exhibit highest and coolest temperature; as well as minimum, mean, and maximum hygrometry of the geographical area as independent variables, combining all chameleon species with similar environmental requirements. Results were obtained for 14 species (n = 412 individuals). The main mortality causes were infectious (46.8%), noninfectious renal (11.4%), and noninfectious reproductive (10.7%) diseases, with all cases of fatal reproductive diseases reported in females. Of the individuals that underwent renal histopathology, 41.7% displayed renal lesions. There was a tendency towards higher renal lesion prevalence in zoos located in areas with lower mean hygrometry (P = 0.05). Further research studies about infectious, renal, and reproductive diseases of Chamaeleonidae are warranted.

Carcasses of endangered beluga whales Delphinapterus leucas from the St. Lawrence Estuary, Canada, have been examined consistently since 1983 to determine causes of death. The objective of this study is to compare the nutritional condition of belugas that died of different causes. Previously published categories of death were refined to discriminate acute from chronic pathological processes. Bayesian linear models were used to predict cause of death from the scaled mass index (SMI). Causes of death were as follows: ‘bacterial diseases’, ‘verminous pneumonia’, ‘toxoplasmosis’, ‘other parasitic diseases’, ‘other infectious diseases’, ‘trauma—entrapment’, ‘other noninfectious diseases’, ‘dystocia—postpartum complications’, ‘neonatal mortality’, ‘cancer’, ‘primary starvation’ and ‘undetermined’. The models predicted a lower nutritional condition for the ‘neonatal mortality’ in belugas <290 cm in length and for ‘primary starvation’ and ‘verminous pneumonia’ categories for belugas ≥290 cm. Belugas that died from ‘dystocia—postpartum complications’ or from ‘undetermined causes’ had a higher-than-average SMI. Animals in the ‘trauma—entrapment’ category did not exhibit the highest nutritional condition, which was unexpected since individuals that died from trauma or entrapment are often used as references for optimal nutritional condition in other cetacean populations. Females that died from dystocia and postpartum complications were in similar nutritional condition as females dead from other causes during, or shortly after, pregnancy. This suggests that these females are not obese, ruling out a possible cause of dystocia. Although studying dead animals biases results toward low nutritional condition, our findings support the link between chronic pathological processes and poorer nutritional condition in belugas.