Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
TV
Tenaya Vallery
Author with expertise in Role of Long Noncoding RNAs in Cancer and Development
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(100% Open Access)
Cited by:
4
h-index:
6
/
i10-index:
4
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
20

The temporal dynamics of lncRNAFirre-mediated epigenetic and transcriptional regulation

Christian Much et al.May 15, 2022
Abstract Numerous studies have now demonstrated that lncRNAs can influence gene expression programs leading to cell and organismal phenotypes. Typically, lncRNA perturbations and concomitant changes in gene expression are measured on the timescale of many hours to days. Thus, we currently lack a temporally grounded understanding of the primary, secondary, and tertiary relationships of lncRNA-mediated transcriptional and epigenetic regulation – despite being a prerequisite to elucidating lncRNA mechanisms. To begin to address when and where a lncRNA regulates gene expression, we genetically engineered cell lines to temporally induce the lncRNA Firre . Using this approach, we were able to monitor lncRNA transcriptional regulatory events from 15 min to four days. We observed that upon induction, Firre RNA regulates epigenetic and transcriptional states, in trans , within 30 min. These early regulatory events result in much larger transcriptional changes after twelve hours, well before current studies monitor lncRNA regulation. Moreover, Firre -mediated gene expression changes are epigenetically remembered for days. Overall, this study suggests that lncRNAs can rapidly regulate gene expression by establishing persistent epigenetic and transcriptional states.
20
Citation3
0
Save
0

The temporal dynamics of lncRNA Firre-mediated epigenetic and transcriptional regulation

Christian Much et al.Aug 9, 2024
Numerous studies have now demonstrated that lncRNAs can influence gene expression programs leading to cell and organismal phenotypes. Typically, lncRNA perturbations and concomitant changes in gene expression are measured on the timescale of many hours to days. Thus, we currently lack a temporally grounded understanding of the primary, secondary, and tertiary relationships of lncRNA-mediated transcriptional and epigenetic regulation-a prerequisite to elucidating lncRNA mechanisms. To begin to address when and where a lncRNA regulates gene expression, we genetically engineer cell lines to temporally induce the lncRNA Firre. Using this approach, we are able to monitor lncRNA transcriptional regulatory events from 15 min to four days. We observe that upon induction, Firre RNA regulates epigenetic and transcriptional states in trans within 30 min. These early regulatory events result in much larger transcriptional changes after 12 h, well before current studies monitor lncRNA regulation. Moreover, Firre-mediated gene expression changes are epigenetically remembered for days. Overall, this study suggests that lncRNAs can rapidly regulate gene expression by establishing persistent epigenetic and transcriptional states.
0
Citation1
0
Save
1

Evaluation of the RNA-dependence of PRC2 binding to chromatin in human pluripotent stem cells

Yicheng Long et al.Aug 18, 2023
Abstract Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2), an important histone modifier and epigenetic repressor, has been known to interact with RNA for almost two decades. In our previous publication (Long, Hwang et al. 2020), we presented data supporting the functional importance of RNA interaction in maintaining PRC2 occupancy on chromatin, using comprehensive approaches including an RNA-binding mutant of PRC2 and an rChIP-seq assay. Recently, concerns have been expressed regarding whether the RNA-binding mutant has impaired histone methyltransferase activity and whether the rChIP-seq assay can potentially generate artifacts. Here we provide new data that support a number of our original findings. First, we found the RNA-binding mutant to be fully capable of maintaining H3K27me3 levels in human induced pluripotent stem cells. The mutant had reduced methyltransferase activity in vitro, but only on some substrates at early time points. Second, we found that our rChIP-seq method gave consistent data across antibodies and cell lines. Third, we further optimized rChIP-seq by using lower concentrations of RNase A and incorporating a catalytically inactive mutant RNase A as a control, as well as using an alternative RNase (RNase T1). The EZH2 rChIP-seq results using the optimized protocols supported our original finding that RNA interaction contributes to the chromatin occupancy of PRC2.