Recently, many e-commerce websites have encouraged their users to rate shopping items and write review texts. This review information has been very useful for understanding user preferences and item properties, as well as enhancing the capability to make personalized recommendations of these websites. In this paper, we propose to model user preferences and item properties using convolutional neural networks (CNNs) with dual local and global attention, motivated by the superiority of CNNs to extract complex features. By using aggregated review texts from a user and aggregated review text for an item, our model can learn the unique features (embedding) of each user and each item. These features are then used to predict ratings. We train these user and item networks jointly which enable the interaction between users and items in a similar way as matrix factorization. The local attention provides us insight on a user's preferences or an item's properties. The global attention helps CNNs focus on the semantic meaning of the whole review text. Thus, the combined local and global attentions enable an interpretable and better-learned representation of users and items. We validate the proposed models by testing on popular review datasets in Yelp and Amazon and compare the results with matrix factorization (MF), the hidden factor and topical (HFT) model, and the recently proposed convolutional matrix factorization (ConvMF+). Our proposed CNNs with dual attention model outperforms HFT and ConvMF+ in terms of mean square errors (MSE). In addition, we compare the user/item embeddings learned from these models for classification and recommendation. These results also confirm the superior quality of user/item embeddings learned from our model.

ABSTRACT The densely glycosylated spike (S) proteins that are highly exposed on the surface of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) facilitate viral attachment, entry, and membrane fusion. We have previously reported all the 22 N -glycosites and site-specific N -glycans in the S protein protomer. Herein, we report the comprehensive and precise site-specific O-glycosylation landscapes of SARS-CoV-2 S proteins, which were characterized using high-resolution mass spectrometry. Following digestion using trypsin and trypsin/Glu-C, and de-N-glycosylation using PNGase F, we determined the mucin-type (GalNAc-type) O-glycosylation pattern of S proteins, including unambiguous O -glycosites and the 6 most common O -glycans occupying them, via Byonic identification and manual validation. Finally, 43 O -glycosites were identified in the insect cell-expressed S protein. Most glycosites were modified by non-sialylated O -glycans such as HexNAc(1) and HexNAc(1)Hex(1). In contrast, 30 O -glycosites were identified in the human cell-expressed S protein S1 subunit. Most glycosites were modified by sialylated O -glycans such as HexNAc(1)Hex(1)NeuAc(1) and HexNAc(1)Hex(1)NeuAc(2). Our results are the first to reveal that the SARS-CoV-2 S protein is a mucin-type glycoprotein; clustered O -glycans often occur in the N- and the C-termini of the S protein, and the O -glycosite and O -glycan compositions vary with the host cell type. These site-specific O-glycosylation landscapes of the SARS-CoV-2 S protein are expected to provide novel insights into the viral binding mechanism and present a strategy for the development of vaccines and targeted drugs.

In recent years, the consumption of liquid eggs has failed to meet the expectations of the public due to growing concerns regarding food safety and health. It is well known that there are interactions between the components in liquid eggs, and the interaction effect on the structure and functional properties of the proteins and antigenicity remains unclear. To investigate egg component interactions, we focused on four major egg lipids, namely phosphatidylcholine, palmitic acid, oleic acid, and linoleic acid, as well as four major egg proteins, including ovalbumin, ovotransferrin, ovomucoid, and lysozyme. The protein structural changes were analyzed using polypropylene gel electrophoresis, circular dichroism, ultraviolet absorption spectra, and exogenous fluorescence spectra, and the functional properties were assessed through solubility measurements and particle size analysis, while protein antigenicity was evaluated using an enzyme-linked immunosorbent assay. All the results revealed that oleic acid had the most significant effect on proteins’ secondary and tertiary structures, particularly affecting ovalbumin and ovotransferrin. Linoleic acid substantially increased the solubility of ovalbumin and ovomucoid, while palmitic acid significantly influenced the particle size of ovalbumin and lysozyme. Thus, we found that different lipids exhibit distinct effects on egg protein properties during pasteurization conditions, with oleic acid showing the most substantial impact on protein structure and antigenicity.

The emergence of SARS-CoV-2 variants with defined mutations that enhance pathogenicity or facilitate immune evasion has resulted in a continual decline in the protective efficacy of existing vaccines. Therefore, there is a pressing need for a vaccine capable of combating future variants. In this study, we designed new mRNA vaccines, BSCoV05 and BSCoV06, and generated point mutations in the receptor-binding domain (RBD) of the original Wuhan strain to increase their broad-spectrum antiviral activity. Additionally, we used the BA.1 RBD as a control. Both vaccines elicited a robust immune response in BALB/c and K18-hACE2 mice, generating high levels of specific binding antibodies against the BA.2 RBD. Moreover, all three vaccines induced neutralizing antibodies against the prototype viral strain and relevant variants, including the Alpha and Beta strains and the Omicron variants BA.1, BA.2, BA.5, XBB.1.5, XBB.1.16, EG.5.1, and EG.5.1.1, with BSCoV06 demonstrating broader neutralizing antibody activity. Both BSCoV05 and BSCoV06 also elicited a cellular immune response. After the challenge, both BSCoV05 and BSCOV06 provided protection against the EG.5.1 strain in both mouse strains. Therefore, these two vaccines merit further evaluation in nonhuman primates, and this vaccine design strategy should be explored for its potential application in combating future SARS-CoV-2 variants, offering valuable insights into broad-spectrum vaccine development.

Abstract Oxidative stress plays a crucial role in organ aging and related diseases, yet the endogenous regulators involved remain largely unknown. This work highlights the importance of metabolic homeostasis in protecting against oxidative stress in the large intestine. By developing a low-input and user-friendly pipeline for the simultaneous profiling of five distinct cysteine (Cys) states, including free SH, total Cys oxidation (Sto), sulfenic acid (SOH), S -nitrosylation (SNO), and S -glutathionylation (SSG), we shed light on Cys redox modification stoichiometries and signaling with regional resolution in the aging gut of monkeys. Notably, the proteins modified by SOH and SSG were associated primarily with cell adhesion. In contrast, SNO-modified proteins were involved in immunity. Interestingly, we observed that the Sto levels ranged from 0.97% to 99.88%, exhibiting two distinct peaks and increasing with age. Crosstalk analysis revealed numerous age-related metabolites potentially involved in modulating oxidative stress and Cys modifications. Notably, we elucidated the role of fumarate in alleviating intestinal oxidative stress in a dextran sulfate sodium (DSS)-induced colitis mouse model. Our findings showed that fumarate treatment promotes the recovery of several cell types, signaling pathways, and genes involved in oxidative stress regulation. Calorie restriction (CR) is a known strategy for alleviating oxidative stress. Two-month CR intervention led to the recovery of many antioxidative metabolites and reshaped the Cys redoxome. This work decodes the complexities of redoxomics during the gut aging of non-human primates and identifies key metabolic regulators of oxidative stress and redox signaling.

The glycoprotein spike (S) on the surface of SARS-CoV-2 is a determinant for viral invasion and host immune response. Herein, we characterized the site-specific N-glycosylation of S protein at the level of intact glycopeptides. All 22 potential N-glycosites were identified in the S-protein protomer and were found to be preserved among the 753 SARS-CoV-2 genome sequences. The glycosite occupancy by different glycoforms exhibited remarkable heterogeneity in human cell-expressed protein subunits, including up to 157 N-glycans, mainly of the complex type. In contrast, the insect cell-expressed S protein contained 38 N-glycans, primarily of the high-mannose type. Our results revealed that the glycan types were highly determined by the differential processing of N-glycans among human and insect cells. This N-glycosylation landscape and the differential N-glycan patterns among distinct host cells are expected to shed light on the infection mechanism and present a positive view for the development of vaccines and targeted drugs.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.