Healthy Research Rewards
ResearchHub is incentivizing healthy research behavior. At this time, first authors of open access papers are eligible for rewards. Visit the publications tab to view your eligible publications.
Got it
LB
Lauren Byers
Author with expertise in Small Cell Lung Cancer
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
36
(81% Open Access)
Cited by:
9,087
h-index:
68
/
i10-index:
163
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

An Epithelial–Mesenchymal Transition Gene Signature Predicts Resistance to EGFR and PI3K Inhibitors and Identifies Axl as a Therapeutic Target for Overcoming EGFR Inhibitor Resistance

Lauren Byers et al.Oct 24, 2012
Epithelial-mesenchymal transition (EMT) has been associated with metastatic spread and EGF receptor (EGFR) inhibitor resistance. We developed and validated a robust 76-gene EMT signature using gene expression profiles from four platforms using non-small cell lung carcinoma (NSCLC) cell lines and patients treated in the Biomarker-Integrated Approaches of Targeted Therapy for Lung Cancer Elimination (BATTLE) study.We conducted an integrated gene expression, proteomic, and drug response analysis using cell lines and tumors from patients with NSCLC. A 76-gene EMT signature was developed and validated using gene expression profiles from four microarray platforms of NSCLC cell lines and patients treated in the BATTLE study, and potential therapeutic targets associated with EMT were identified.Compared with epithelial cells, mesenchymal cells showed significantly greater resistance to EGFR and PI3K/Akt pathway inhibitors, independent of EGFR mutation status, but more sensitivity to certain chemotherapies. Mesenchymal cells also expressed increased levels of the receptor tyrosine kinase Axl and showed a trend toward greater sensitivity to the Axl inhibitor SGI-7079, whereas the combination of SGI-7079 with erlotinib reversed erlotinib resistance in mesenchymal lines expressing Axl and in a xenograft model of mesenchymal NSCLC. In patients with NSCLC, the EMT signature predicted 8-week disease control in patients receiving erlotinib but not other therapies.We have developed a robust EMT signature that predicts resistance to EGFR and PI3K/Akt inhibitors, highlights different patterns of drug responsiveness for epithelial and mesenchymal cells, and identifies Axl as a potential therapeutic target for overcoming EGFR inhibitor resistance associated with the mesenchymal phenotype.
0

Co-occurring Genomic Alterations Define Major Subsets of KRAS-Mutant Lung Adenocarcinoma with Distinct Biology, Immune Profiles, and Therapeutic Vulnerabilities

Ferdinandos Skoulidis et al.Jun 12, 2015
The molecular underpinnings that drive the heterogeneity of KRAS-mutant lung adenocarcinoma are poorly characterized. We performed an integrative analysis of genomic, transcriptomic, and proteomic data from early-stage and chemorefractory lung adenocarcinoma and identified three robust subsets of KRAS-mutant lung adenocarcinoma dominated, respectively, by co-occurring genetic events in STK11/LKB1 (the KL subgroup), TP53 (KP), and CDKN2A/B inactivation coupled with low expression of the NKX2-1 (TTF1) transcription factor (KC). We further revealed biologically and therapeutically relevant differences between the subgroups. KC tumors frequently exhibited mucinous histology and suppressed mTORC1 signaling. KL tumors had high rates of KEAP1 mutational inactivation and expressed lower levels of immune markers, including PD-L1. KP tumors demonstrated higher levels of somatic mutations, inflammatory markers, immune checkpoint effector molecules, and improved relapse-free survival. Differences in drug sensitivity patterns were also observed; notably, KL cells showed increased vulnerability to HSP90-inhibitor therapy. This work provides evidence that co-occurring genomic alterations identify subgroups of KRAS-mutant lung adenocarcinoma with distinct biology and therapeutic vulnerabilities.Co-occurring genetic alterations in STK11/LKB1, TP53, and CDKN2A/B-the latter coupled with low TTF1 expression-define three major subgroups of KRAS-mutant lung adenocarcinoma with distinct biology, patterns of immune-system engagement, and therapeutic vulnerabilities.
0
Citation770
0
Save
0

Proteomic Profiling Identifies Dysregulated Pathways in Small Cell Lung Cancer and Novel Therapeutic Targets Including PARP1

Lauren Byers et al.Sep 1, 2012
Abstract Small cell lung cancer (SCLC) is an aggressive malignancy distinct from non–small cell lung cancer (NSCLC) in its metastatic potential and treatment response. Using an integrative proteomic and transcriptomic analysis, we investigated molecular differences contributing to the distinct clinical behavior of SCLCs and NSCLCs. SCLCs showed lower levels of several receptor tyrosine kinases and decreased activation of phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and Ras/mitogen-activated protein (MAP)/extracellular signal–regulated kinase (ERK) kinase (MEK) pathways but significantly increased levels of E2F1-regulated factors including enhancer of zeste homolog 2 (EZH2), thymidylate synthase, apoptosis mediators, and DNA repair proteins. In addition, PARP1, a DNA repair protein and E2F1 co-activator, was highly expressed at the mRNA and protein levels in SCLCs. SCLC growth was inhibited by PARP1 and EZH2 knockdown. Furthermore, SCLC was significantly more sensitive to PARP inhibitors than were NSCLCs, and PARP inhibition downregulated key components of the DNA repair machinery and enhanced the efficacy of chemotherapy. Significance: SCLC is a highly lethal cancer with a 5-year survival rate of less than 10%. To date, no molecularly targeted agents have prolonged survival in patients with SCLCs. As a step toward identifying new targets, we systematically profiled SCLCs with a focus on therapeutically relevant signaling pathways. Our data reveal fundamental differences in the patterns of pathway activation in SCLCs and NSCLCs and identify several potential therapeutic targets for SCLCs, including PARP1 and EZH2. On the basis of these results, clinical studies evaluating PARP and EZH2 inhibition, together with chemotherapy or other agents, warrant further investigation. Cancer Discov; 2(9); 798–811. ©2012 AACR. Read the Commentary on this article by Rosell and Wannesson, p. 769. This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 753.
0
Citation467
0
Save
0

Rovalpituzumab tesirine, a DLL3-targeted antibody-drug conjugate, in recurrent small-cell lung cancer: a first-in-human, first-in-class, open-label, phase 1 study

Charles Rudin et al.Dec 5, 2016
Background Rovalpituzumab tesirine is a first-in-class antibody-drug conjugate directed against delta-like protein 3 (DLL3), a novel target identified in tumour-initiating cells and expressed in more than 80% of patients with small-cell lung cancer. We aimed to assess the safety and activity of rovalpituzumab tesirine in patients who progressed after one or more previous regimen. Methods We conducted a phase 1 open-label study at ten cancer centres in the USA. Eligible patients were aged 18 years or older and had histologically or cytologically confirmed small-cell lung cancer or large-cell neuroendocrine tumours with progressive measurable disease (according to Response Evaluation Criteria in Solid Tumors [RECIST], version 1.1) previously treated with one or two chemotherapeutic regimens, including a platinum-based regimen. We assigned patients to dose-escalation or expansion cohorts, ranging from 0·05 mg/kg to 0·8 mg/kg rovalpituzumab tesirine intravenously every 3 weeks or every 6 weeks, followed by investigation of the dose schedules 0·3 mg/kg and 0·4 mg/kg every 6 weeks and 0·2 mg/kg every 3 weeks. Primary objectives were to assess the safety of rovalpituzumab tesirine, including the maximum tolerated dose and dose-limiting toxic effects. The primary activity endpoint was objective response by intention-to-treat analysis. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01901653. The study is closed to enrolment; this report focuses on the cohort with small-cell lung cancer. Findings Between July 22, 2013, and Aug 10, 2015, 82 patients were enrolled, including 74 patients with small-cell lung cancer and eight with large-cell neuroendocrine carcinoma, all of whom received at least one dose of rovalpituzumab tesirine. Dose-limiting toxic effects of rovalpituzumab tesirine occurred at a dose of 0·8 mg/kg every 3 weeks, including grade 4 thrombocytopenia (in two of two patients at that dose level) and grade 4 liver function test abnormalities (in one patient). The most frequent grade 3 or worse treatment-related adverse events in 74 patients with small-cell lung cancer were thrombocytopenia (eight [11%]), pleural effusion (six [8%]), and increased lipase (five [7%]). Drug-related serious adverse events occurred in 28 (38%) of 74 patients. The maximum tolerated dose of rovalpituzumab tesirine was 0·4 mg/kg every 3 weeks; the recommended phase 2 dose and schedule is 0·3 mg/kg every 6 weeks. At active doses of rovalpituzumab tesirine (0·2 mg/kg or 0·4 mg/kg every 3 weeks or 0·3 mg/kg or 0·4 mg/kg every 6 weeks), 11 (18%) of 60 assessable patients had a confirmed objective response. 11 (18%) of 60 assessable patients had a confirmed objective response, including ten (38%) of 26 patients confirmed to have high DLL3 expression (expression in 50% or more of tumour cells). Interpretation Rovalpituzumab tesirine shows encouraging single-agent antitumour activity with a manageable safety profile. Further development of rovalpituzumab tesirine in DLL3-expressing malignant diseases is warranted. Funding Stemcentrx Inc.
0
Citation450
0
Save
0

Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 randomized NEOSTAR trial

Tina Cascone et al.Feb 18, 2021
Ipilimumab improves clinical outcomes when combined with nivolumab in metastatic non-small cell lung cancer (NSCLC), but its efficacy and impact on the immune microenvironment in operable NSCLC remain unclear. We report the results of the phase 2 randomized NEOSTAR trial (NCT03158129) of neoadjuvant nivolumab or nivolumab + ipilimumab followed by surgery in 44 patients with operable NSCLC, using major pathologic response (MPR) as the primary endpoint. The MPR rate for each treatment arm was tested against historical controls of neoadjuvant chemotherapy. The nivolumab + ipilimumab arm met the prespecified primary endpoint threshold of 6 MPRs in 21 patients, achieving a 38% MPR rate (8/21). We observed a 22% MPR rate (5/23) in the nivolumab arm. In 37 patients resected on trial, nivolumab and nivolumab + ipilimumab produced MPR rates of 24% (5/21) and 50% (8/16), respectively. Compared with nivolumab, nivolumab + ipilimumab resulted in higher pathologic complete response rates (10% versus 38%), less viable tumor (median 50% versus 9%), and greater frequencies of effector, tissue-resident memory and effector memory T cells. Increased abundance of gut Ruminococcus and Akkermansia spp. was associated with MPR to dual therapy. Our data indicate that neoadjuvant nivolumab + ipilimumab-based therapy enhances pathologic responses, tumor immune infiltrates and immunologic memory, and merits further investigation in operable NSCLC. Neoadjuvant treatment with nivolumab plus ipilimumab is well tolerated and demonstrates clinical efficacy in patients with early stage lung cancer.
0
Citation434
0
Save
0

A Patient-Derived, Pan-Cancer EMT Signature Identifies Global Molecular Alterations and Immune Target Enrichment Following Epithelial-to-Mesenchymal Transition

Milena Mak et al.Sep 30, 2015
We previously demonstrated the association between epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and drug response in lung cancer using an EMT signature derived in cancer cell lines. Given the contribution of tumor microenvironments to EMT, we extended our investigation of EMT to patient tumors from 11 cancer types to develop a pan-cancer EMT signature.Using the pan-cancer EMT signature, we conducted an integrated, global analysis of genomic and proteomic profiles associated with EMT across 1,934 tumors including breast, lung, colon, ovarian, and bladder cancers. Differences in outcome and in vitro drug response corresponding to expression of the pan-cancer EMT signature were also investigated.Compared with the lung cancer EMT signature, the patient-derived, pan-cancer EMT signature encompasses a set of core EMT genes that correlate even more strongly with known EMT markers across diverse tumor types and identifies differences in drug sensitivity and global molecular alterations at the DNA, RNA, and protein levels. Among those changes associated with EMT, pathway analysis revealed a strong correlation between EMT and immune activation. Further supervised analysis demonstrated high expression of immune checkpoints and other druggable immune targets, such as PD1, PD-L1, CTLA4, OX40L, and PD-L2, in tumors with the most mesenchymal EMT scores. Elevated PD-L1 protein expression in mesenchymal tumors was confirmed by IHC in an independent lung cancer cohort.This new signature provides a novel, patient-based, histology-independent tool for the investigation of EMT and offers insights into potential novel therapeutic targets for mesenchymal tumors, independent of cancer type, including immune checkpoints.
0
Citation422
0
Save
Load More