Abstract Given the ongoing SARS-CoV-2 pandemic, identification of immunogenic targets against the coronavirus spike glycoprotein will provide crucial advances towards the development of sensitive diagnostic tools and potential vaccine candidate targets. In this study, using pools of overlapping linear B-cell peptides, we report two IgG immunodominant regions on SARS-CoV-2 spike glycoprotein that are recognised by sera from COVID-19 convalescent patients. Notably, one is specific to SARS-CoV-2, which is located in close proximity to the receptor binding domain. The other region, which is localised at the fusion peptide, could potentially function as a pan-SARS target. Functionally, antibody depletion assays demonstrate that antibodies targeting these immunodominant regions significantly alter virus neutralisation capacities. Taken together, identification and validation of these neutralising B-cell epitopes will provide insights towards the design of diagnostics and vaccine candidates against this high priority coronavirus.

Abstract The ongoing SARS-CoV-2 pandemic demands rapid identification of immunogenic targets for the design of efficient vaccines and serological detection tools. In this report, using pools of overlapping linear peptides and functional assays, we present two immunodominant regions on the spike glycoprotein that were highly recognized by neutralizing antibodies in the sera of COVID-19 convalescent patients. One is highly specific to SARS-CoV-2, and the other is a potential pan-coronavirus target.

ABSTRACT The emergence of a SARS-CoV-2 variant with a point mutation in the spike (S) protein, D614G, has taken precedence over the original Wuhan isolate by May 2020. With an increased infection and transmission rate, it is imperative to determine whether antibodies induced against the D614 isolate may cross-neutralize against the G614 variant. In this report, profiling of the anti-SARS-CoV-2 humoral immunity reveals similar neutralization profiles against both S protein variants, albeit waning neutralizing antibody capacity at the later phase of infection. These findings provide further insights towards the validity of current immune-based interventions. IMPORTANCE Random mutations in the viral genome is a naturally occurring event that may lead to enhanced viral fitness and immunological resistance, while heavily impacting the validity of licensed therapeutics. A single point mutation from aspartic acid (D) to glycine (G) at position 614 of the SARS-CoV-2 spike (S) protein, termed D614G, has garnered global attention due to the observed increase in transmissibility and infection rate. Given that a majority of the developing antibody-mediated therapies and serological assays are based on the S antigen of the original Wuhan reference sequence, it is crucial to determine if humoral immunity acquired from the original SARS-CoV-2 isolate is able to induce cross-detection and cross-protection against the novel prevailing D614G variant.

Abstract SARS-CoV-2 is the novel coronavirus responsible for the current COVID-19 pandemic. Severe complications are observed only in a small proportion of infected patients but the cellular mechanisms underlying this progression are still unknown. Comprehensive flow cytometry of whole blood samples from 54 COVID-19 patients revealed a dramatic increase in the number of immature neutrophils. This increase strongly correlated with disease severity and was associated with elevated IL-6 and IP-10 levels, two key players in the cytokine storm. The most pronounced decrease in cell counts was observed for CD8 T-cells and VD2 γδ T-cells, which both exhibited increased differentiation and activation. ROC analysis revealed that the count ratio of immature neutrophils to CD8 or VD2 T-cells predicts pneumonia onset (0.9071) as well as hypoxia onset (0.8908) with high sensitivity and specificity. It would thus be a useful prognostic marker for preventive patient management and improved healthcare resource management.

Background: Mosquitoes are colonized by a large but mostly uncharacterized natural virome of RNA viruses. Anopheles mosquitoes are efficient vectors of human malaria, and the composition and distribution of the natural RNA virome may influence the biology and immunity of Anopheles malaria vector populations. Results: Anopheles vectors of human malaria were sampled in forest village sites in Senegal and Cambodia, including Anopheles funestus, Anopheles gambiae group sp., and Anopheles coustani in Senegal, and Anopheles hyrcanus group sp., Anopheles maculatus group sp., and Anopheles dirus in Cambodia. Small and long RNA sequences were depleted of mosquito host and de novo assembled to yield non-redundant contigs longer than 500 nucleotides. Analysis of the assemblies by sequence similarity to known virus families yielded 125 novel virus sequences, 39 from Senegal Anopheles and 86 from Cambodia. Important monophyletic virus clades in the Bunyavirales and Mononegavirales orders are found in these Anopheles from Africa and Asia. Small RNA size and abundance profiles were used to cluster non-host RNA assemblies that were unclassified by sequence similarity. 39 unclassified non-redundant contigs >500 nucleotides strongly matched a pattern of classic RNAi processing of viral replication intermediates, and 1566 unclassified contigs strongly matched a pattern consistent with piRNAs. Analysis of piRNA expression in Anopheles coluzzii after infection with O'nyong nyong virus (family Togaviridae) suggests that virus infection can specifically alter abundance of some piRNAs. Conclusions: RNA viruses ubiquitously colonize Anopheles vectors of human malaria worldwide. At least some members of the mosquito virome are monophyletic with other arthropod viruses. However, high levels of collinearity and similarity of Anopheles viruses at the peptide level is not necessarily matched by similarity at the nucleotide level, indicating that Anopheles from Africa and Asia are colonized by closely related but clearly diverged virome members. The interplay between small RNA pathways and the virome may represent an important part of the homeostatic mechanism maintaining virome members in a commensal or nonpathogenic state, and host-virome interactions could influence variation in malaria vector competence.

Abstract Key immune signatures of SARS-CoV-2 infection may associate with either adverse immune reactions (severity) or simply an ongoing anti-viral response (temporality); how immune signatures contribute to severe manifestations and/or temporal progression of disease and whether longer disease duration correlates with severity remain unknown. Patient blood was comprehensively immunophenotyped via mass cytometry and multiplex cytokine arrays, leading to the identification of 327 basic subsets that were further stratified into more than 5000 immunotypes and correlated with 28 plasma cytokines. Low-density neutrophil abundance was closely correlated with hepatocyte growth factor levels, which in turn correlated with disease severity. Deep analysis also revealed additional players, namely conventional type 2 dendritic cells, natural killer T cells, plasmablasts and CD16 + monocytes, that can influence COVID-19 severity independent of temporal progression. Herein, we provide interactive network analysis and data visualization tools to facilitate data mining and hypothesis generation for elucidating COVID-19 pathogenesis.

We present user-friendly and adaptable software to provide biologists, clinical researchers and possibly diagnostic clinicians with the ability to robustly detect and reconstruct viral genomes from complex deep sequence datasets. A set of modular bioinformatic tools and workflows was implemented as the Metavisitor package in the Galaxy framework. Using the graphical Galaxy workflow editor, users with minimal computational skills can use existing Metavisitor workflows or adapt them to suit specific needs by adding or modifying analysis modules. Metavisitor can be used on our Mississippi server, or can be installed on any Galaxy server instance and a pre-configured Metavisitor server image is provided. Metavisitor works with DNA, RNA or small RNA sequencing data over a range of read lengths and can use a combination of de novo and guided approaches to assemble genomes from sequencing reads. We show that the software has the potential for quick diagnosis as well as discovery of viruses from a vast array of organisms. Importantly, we provide here executable Metavisitor use cases, which increase the accessibility and transparency of the software, ultimately enabling biologists or clinicians to focus on biological or medical questions.

O'nyong-nyong virus (ONNV) is a neglected mosquito-borne alphavirus belonging to the