ObjectivesBecause the detection of SARS-CoV-2 RNA in aerosols but failure to isolate viable (infectious) virus are commonly reported, there is substantial controversy whether severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can be transmitted through aerosols. This conundrum occurs because common air samplers can inactivate virions through their harsh collection processes. We sought to resolve the question whether viable SARS-CoV-2 can occur in aerosols using VIVAS air samplers that operate on a gentle water vapor condensation principle.MethodsAir samples collected in the hospital room of two coronavirus disease-2019 (COVID-19) patients, one ready for discharge and the other newly admitted, were subjected to RT-qPCR and virus culture. The genomes of the SARS-CoV-2 collected from the air and isolated in cell culture were sequenced.ResultsViable SARS-CoV-2 was isolated from air samples collected 2 to 4.8 m away from the patients. The genome sequence of the SARS-CoV-2 strain isolated from the material collected by the air samplers was identical to that isolated from the newly admitted patient. Estimates of viable viral concentrations ranged from 6 to 74 TCID50 units/L of air.ConclusionsPatients with respiratory manifestations of COVID-19 produce aerosols in the absence of aerosol-generating procedures that contain viable SARS-CoV-2, and these aerosols may serve as a source of transmission of the virus.

The Iridoviridae is a family of large, icosahedral viruses with double-stranded DNA genomes ranging in size from 103 to 220 kbp. Members of the subfamily Alphairidovirinae infect ectothermic vertebrates (bony fish, amphibians and reptiles), whereas members of the subfamily Betairidovirinae mainly infect insects and crustaceans. Infections can be either covert or patent, and in vertebrates they can lead to high levels of mortality among commercially and ecologically important fish and amphibians. This is a summary of the current International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) Report on the taxonomy of the Iridoviridae, which is available at www.ictv.global/report/iridoviridae .

Abstract Chuviruses (family Chuviridae ), which are in the recently discovered order Jingchuvirales , were first identified in arthropods in 2015 and have been detected through metagenomics in numerous invertebrates, but only a few vertebrates. With only few metagenomically based detections in vertebrates, their replication competency in vertebrates remained questioned, let alone their pathological significance. This study identified three novel chuviruses as the etiology of lymphocytic meningoencephalomyelitis in three wild aquatic turtles: an alligator snapping turtle ( Macrochelys sp.), a Kemp’s ridley turtle ( Lepidochelys kempii ), and a loggerhead turtle ( Caretta caretta ). The application of random, deep sequencing successfully assembled the complete snapping turtle chuvirus-1 [STCV-1], Kemp’s ridley turtle chuvirus-1 [KTCV-1] genome, and loggerhead turtle chuvirus-1 [LTCV-1]) genome. The STCV-1 and KTCV-1 sequences were used to create custom RNAscope ™ probes for in situ hybridization, which confirmed STCV-1, KTCV-1, and LTCV-1 (cross reactivity to the KTCV-1 probe) RNA within the inflamed region of the brain and spinal cord. STCV-1 and KTCV-1 were isolated on several turtle-origin cell lines. Phylogenetic analysis illustrated that all three viruses clustered with other vertebrate chuviruses, all within the genus Piscichuvirus . With more than 91% pairwise amino acid identity of the polymerase proteins, STCV-1, KTCV-1, and LTCV-1 belong to the same novel species, putatively named Piscichuvirus testudinae. This study demonstrates the first in situ evidence of chuviral pathogenicity in animals and only the second instance of jingchuviral isolation. The association of these chuviruses in three different chelonians with neurologic disease suggests the possibility that chuviruses are a significant, previously unrecognized cause of lymphocytic meningoencephalomyelitis in freshwater and marine turtles. Additional studies of these viruses are needed to elucidate their role in chelonians and the possibility of related viruses in other related hosts. Importance Chuviruses have been identified in multiple animal species, including humans. However, most were identified metagenomically, and detection was not strongly associated with disease. This study provides the first evidence of chuviral disease in animals in diseased tissue: mononuclear meningoencephalomyelitis in three chelonians from three different genera, two distinct families. These pathogenic turtle chuviruses belong to the genus Piscichuvirus containing other non-mammalian vertebrate chuviruses and were classified together within a novel chuviral species. This study supports the need for further investigations into chuviruses to understand their biology, pathogenic potential, and their association with central nervous system inflammation in chelonians, other reptiles, and other vertebrates.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has been detected in multiple animal species, including white-tailed deer (WTD), raising concerns about zoonotic transmission, particularly in environments with frequent human interactions. To understand how human exposure influences SARS-CoV-2 infection in WTD, we compared infection and exposure prevalence between farmed and free-ranging deer populations in Florida. We also examined the timing and viral variants in WTD relative to those in Florida’s human population. Between 2020 and 2022, we collected respiratory swabs (N = 366), lung tissue (N = 245), retropharyngeal lymph nodes (N = 491), and serum specimens (N = 381) from 410 farmed and 524 free-ranging WTD. Specimens were analyzed using RT-qPCR for infection and serological assays for exposure. SARS-CoV-2 infection was detected in less than 1% of both northern Florida farmed (0.85%) and free-ranging (0.76%) WTD. No farmed deer possessed virus-neutralizing antibodies, while one free-ranging WTD tested positive for SARS-CoV-2 antibodies (3.45%). Viral sequences in infected WTD matched peaks in human cases and circulating variants, indicating human-to-deer spillover but at a lower frequency than reported elsewhere. Our findings suggest a reduced risk of SARS-CoV-2 spillover to WTD in northern Florida compared to other regions, highlighting the need for further research on transmission dynamics across North America.

ABSTRACT Ranavirus disease, caused by viruses within the genus Ranavirus (family Iridoviridae ), is considered a globally emerging infectious disease linked to mass mortality events in both wild and cultured ectothermic vertebrates. Surveillance work is however limited in Asia hence prevalence and the dynamics of the disease remains poorly understood. To understand disease burden and the potential biotic and abiotic drivers in southern China region, we conducted a systematic surveillance of the ranavirus across Guangxi Zhuang Autonomous region (GAR). For this, we used a multifaceted approach involving screening of amphibians and other potential reservoirs, diagnostic tests, phylogenetic analyses, prevalence estimation, co-infection assessments, and climatic niche analyses. Over one thousand individuals were sampled across 25 sampling sites. We found ninety-two individuals from 18 species of ectothermic vertebrates to be infected with ranavirus. Two lineages were responsible – Rana nigromaculata ranavirus and Tiger frog virus were identified using phylogenetic analysis based on the major capsid protein (MCP) gene fragment. We also found evidence of a co-infection with ranavirus and Bd that can be highly detrimental to host populations; possibly the first such documentation in Asia. Our niche modelling analysis suggests that precipitation and seasonality play an important role in ranavirus prevalence in Guangxi region – southwestern, southeastern, central and northeastern regions of GAR can be considered to be optimum habitats for ranaviruses. Infection rates in wild frog species have reached 100% in some areas, even in nature reserves. Our research also indicates that culture facilities and pet farms are frequently infected, serving as likely vectors for the regional and global spread of ranaviruses. The knowledge generated suggests the need for systematic surveillance, stringent biosecurity measures, and control of international animal trade to prevent further transmission and protection of biodiversity and aquaculture industries across Asia.

The American alligator ( Alligator mississippiensis) is a keystone species of the southeastern United States. In December of 2022, a free-ranging American alligator was found stuporous and tetraparetic. On postmortem evaluation, lesions were limited to the central nervous system, consisting of prominent perivascular cuffs of lymphocytes and histiocytes that extended into the surrounding neuroparenchyma along with gliosis. Next-generation sequencing of the affected brain identified the presence of a piscichuvirus closely related to the freshwater turtle neurovirus 1 (FTuNV-1) recently reported in an alligator snapping turtle with similar microscopic lesions. In situ hybridization using zz-probes that recognize FTuNV-1 identified widespread hybridization signal in neurons and glial cells in the alligator’s brain and spinal cord. This case represents only the second association of piscichuviruses with vertebrate disease. Moreover, it highlights the potential for disease transmission between different orders (Crocodylia and Testudines) of free-ranging aquatic reptiles that share similar habitats in the United States.

Adenoviruses, papillomaviruses, and polyomaviruses are collectively known as small DNA tumor viruses. Although it has long been recognized that small DNA tumor virus oncoproteins and capsid proteins show a variety of structural and functional similarities, it is unclear whether these similarities reflect descent from a common ancestor, convergent evolution, horizontal gene transfer among virus lineages, or acquisition of genes from host cells. Here, we report the discovery of a dozen new members of an emerging virus family, the Adomaviridae , that unite a papillomavirus/polyomavirus-like replicase gene with an adenovirus-like virion maturational protease. Adomaviruses were initially discovered in a lethal disease outbreak among endangered Japanese eels. New adomavirus genomes were found in additional commercially important fish species, such as tilapia, as well as in reptiles. The search for adomavirus sequences also revealed an additional candidate virus family, which we refer to as xenomaviruses, in mollusk datasets. Analysis of native adomavirus virions and expression of recombinant proteins showed that the virion structural proteins of adomaviruses are homologous to those of both adenoviruses and another emerging animal virus family called adintoviruses. The results pave the way toward development of vaccines against adomaviruses and suggest a framework that ties small DNA tumor viruses into a shared evolutionary history.Author Summary In contrast to cellular organisms, viruses do not encode any universally conserved genes. Even within a given family of viruses, the amino acid sequences encoded by homologous genes can diverge to the point of unrecognizability. Although members of an emerging virus family, the Adomaviridae , encode replicative DNA helicase proteins that are recognizably similar to those of polyomaviruses and papillomaviruses, the functions of other adomavirus genes have been difficult to identify. Using a combination of laboratory and bioinformatic approaches, we identify the adomavirus virion structural proteins. The results link adomavirus virion protein operons to those of other midsize non-enveloped DNA viruses, including adenoviruses and adintoviruses.

A novel jeilongvirus was identified through next-generation sequencing in cell cultures inoculated with spleen and kidney extracts. The spleen and kidney were obtained from a Peromyscus gossypinus rodent (cotton mouse) found dead in the city of Gainesville, in North-Central Florida, USA. Jeilongviruses are paramyxoviruses of the subfamily Orthoparamyxovirinae that have been found in bats, cats, and rodents. We designated the virus we discovered as Gainesville rodent jeilong virus 1 (GRJV1). Preliminary results indicate that GRJV1 can complete its life cycle in various human, non-human primate, and rodent cell lines, suggesting that the virus has a generalist nature with the potential for a spillover event. The early detection of endemic viruses circulating within hosts in North-Central Florida can significantly enhance surveillance efforts, thereby bolstering our ability to monitor and respond to potential outbreaks effectively.