Hepatitis C virus (HCV) infection is the most common blood-borne infection in the United States, leading in many cases to chronic liver disease. Here the authors show that an SNP recently identified to associate with response to HCV drug treatment also associates with viral clearance. This study identifies the strongest and most significant genetic effect associated with natural clearance of HCV, implicating a primary role for IL28B in this process. There are approximately 170 million people infected with hepatitis C virus (HCV) worldwide. About 30% of individuals with persistent HCV infection develop chronic liver disease, with various epidemiological, viral and host factors having been implicated in the differences in HCV clearance or persistence. Here, a single nucleotide polymorphism recently shown to be strongly associated with a difference in response to HCV drug treatment is also shown to be associated with viral clearance. Hepatitis C virus (HCV) infection is the most common blood-borne infection in the United States, with estimates of 4 million HCV-infected individuals in the United States and 170 million worldwide1. Most (70–80%) HCV infections persist and about 30% of individuals with persistent infection develop chronic liver disease, including cirrhosis and hepatocellular carcinoma2. Epidemiological, viral and host factors have been associated with the differences in HCV clearance or persistence, and studies have demonstrated that a strong host immune response against HCV favours viral clearance3,4. Thus, variation in genes involved in the immune response may contribute to the ability to clear the virus. In a recent genome-wide association study, a single nucleotide polymorphism (rs12979860) 3 kilobases upstream of the IL28B gene, which encodes the type III interferon IFN-λ3, was shown to associate strongly with more than a twofold difference in response to HCV drug treatment5. To determine the potential effect of rs12979860 variation on outcome to HCV infection in a natural history setting, we genotyped this variant in HCV cohorts comprised of individuals who spontaneously cleared the virus (n = 388) or had persistent infection (n = 620). We show that the C/C genotype strongly enhances resolution of HCV infection among individuals of both European and African ancestry. To our knowledge, this is the strongest and most significant genetic effect associated with natural clearance of HCV, and these results implicate a primary role for IL28B in resolution of HCV infection.

Journal Article A study of the interactions of some polypyridylruthenium(II) complexes with DNA using fluorescence spectroscopy, topoisomerisation and thermal denaturation Get access John M. Kelly, John M. Kelly Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Alessandro B. Tossi, Alessandro B. Tossi Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar David J. McConnell, David J. McConnell 1Departments of Genetics, University of Dublin, Trinity CollegeDublin 2, Ireland Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Colm OhUigin Colm OhUigin 1Departments of Genetics, University of Dublin, Trinity CollegeDublin 2, Ireland Search for other works by this author on: Oxford Academic PubMed Google Scholar Nucleic Acids Research, Volume 13, Issue 17, 11 September 1985, Pages 6017–6034, https://doi.org/10.1093/nar/13.17.6017 Published: 11 September 1985 Article history Received: 25 July 1985 Accepted: 08 August 1985 Published: 11 September 1985

Signaling through the adaptor protein myeloid differentiation factor 88 (MyD88) promotes carcinogenesis in several cancer models. In contrast, MyD88 signaling has a protective role in the development of azoxymethane (AOM)/dextran sodium sulfate (DSS) colitis-associated cancer (CAC). The inability of Myd88−/− mice to heal ulcers generated upon injury creates an altered inflammatory environment that induces early alterations in expression of genes encoding proinflammatory factors, as well as pathways regulating cell proliferation, apoptosis, and DNA repair, resulting in a dramatic increase in adenoma formation and progression to infiltrating adenocarcinomas with frequent clonal mutations in the β-catenin gene. Others have reported that toll-like receptor (Tlr) 4–deficient mice have a similar susceptibility to colitis to Myd88-deficient mice but, unlike the latter, are resistant to CAC. We have observed that mice deficient for Tlr2 or Il1r do not show a differential susceptibility to colitis or CAC. However, upon AOM/DSS treatment Il18−/− and Il18r1−/− mice were more susceptible to colitis and polyp formation than wild-type mice, suggesting that the phenotype of Myd88−/− mice is, in part, a result of their inability to signal through the IL-18 receptor. This study revealed a previously unknown level of complexity surrounding MyD88 activities downstream of different receptors that impact tissue homeostasis and carcinogenesis.

Abstract Shotgun microbiome sequencing analysis presents several challenges to accurately and consistently depict sample composition and functional potential. Here we present a two-part framework – JAMS (Just a Microbiology System) – whereby with raw fastq files and metadata as input, meaningful analysis within a sample and between a sample can be performed with ease for either shotgun or 16S sequences. JAMS is the first package to provide seamless deconvolution of functions into their taxonomic contributors. We validated our JAMS framework on two human gut shotgun metagenome test datasets against the popular tool MetaPhlAn 4. We further demonstrate the application of the JAMS package, particularly the plotting functions, on a mouse shotgun dataset.