Abstract The extent of the devastation of the Black Death pandemic (1346-53) on European populations is known from documentary sources and its bacterial source illuminated by studies of ancient pathogen DNA. What has remained less understood is the effect of the pandemic on human mobility and genetic diversity at local scale in the context of the social stratification of medieval communities. Here we study 275 newly reported ancient genomes from later medieval and post-medieval Cambridgeshire, from individuals buried before, during, and after the Black Death. The majority of individuals examined had local genetic ancestries. Consistent with the function of the institutions, we found a lack of close relatives among the friars and the inmates of the hospital in contrast to their abundance in general urban and rural parish communities. Accounting for the genetic component for height accentuates the disparities between social groups in stature estimated from long bones, as a proxy for health and the quality of life. While we detect long-term shifts in local genetic ancestry in Cambridgeshire that either pre- or postdate the Black Death, we find no evidence of major changes in genetic ancestry nor, in contrast to recent claims, higher differentiation of immune loci between cohorts living before and after the Black Death.

Summary Human herpes simplex virus 1 (HSV-1), a life-long infection spread by oral contact, today infects a majority of adults globally 1 , yet no ancient HSV-1 genomes have yet been published. Phylogeographic clustering of sampled diversity into European, pan-Eurasian, and African groups 2, 3 has suggested that the virus co-diverged with anatomically modern humans migrating out of Africa 4 , although a much younger origin has also been proposed 5 . The lack of ancient HSV-1 genomes, high rates of recombination, and high mobility of humans in the modern era have impeded the understanding of HSV-1’s evolutionary history. Here we present three full ancient European HSV-1 genomes and one partial genome, dating to between the 3rd and 17th century CE, sequenced to up to 9.5× with paired human genomes up to 10.16×. These HSV-1 strains fall within modern Eurasian diversity. We estimate a mean mutation rate of 7.6 × 10 - 7 - 1.13 × 10 - 6 for non-African diversity leading to an estimated age of sampled modern Eurasian diversity to 4.68 (3.87 - 5.65) kya. Extrapolation of these rates indicate the age of sampled HSV-1 to 5.29 (4.60-6.12 kya, suggesting lineage replacement coinciding with late Neolithisation and implicating Bronze Age migrations 6 in the distribution of HSV-1 through Eurasia.

Abstract Health inequality is not only a major problem today; it left its mark upon past societies too. For much of the past, health inequality has been poorly studied, mostly because bioarchaeologists have concentrated upon single sites rather than a broader social landscape. This article compares 476 adults in multiple locations of medieval Cambridge (UK). Samples include ordinary townspeople (All Saints), people living in a charitable institution (the Hospital of St. John), and members of a religious order (the Augustinian Friary). These groups shared many conditions of life, such as a similar range of diseases, risk of injury, and vertebral disk degeneration. However, people living on charity had more indicators of poor childhood health and diet, lower adult stature, and a younger age at death, reflecting the health effects of poverty. In contrast, the Augustinian friars were members of a prosperous, well‐endowed religious house. Compared with other groups, they were taller (perhaps a result of a richer diet during their adolescent growth period); their adult carbon and nitrogen isotope values are higher, suggesting a diet higher in terrestrial and/or marine animal protein; and they had the highest prevalence of foot problems related to fashionable late medieval footwear. As this illustrates, health inequality will take particular forms depending upon the specificities of a social landscape; except in unusual circumstances where a site and its skeletal samples represent a real cross‐section of society, inequality is best investigated by comparison across sites.

Abstract The Roman period saw the empire expand across Europe and the Mediterranean, including much of what is today the United Kingdom. While there is written evidence of high mobility into and out of Britain for administrators, traders and the military, the impact of imperialism on local population structure is invisible in the textual record. The extent of genetic change that occurred in Britain before the Early Medieval Period and how closely linked by genetic kinship the local populations were, remains underexplored. Here, using genome-wide data from 52 ancient individuals from Cambridgeshire, we show low levels of genetic ancestry differentiation between Romano-British sites and lower levels of runs of homozygosity over 4 centimorgans (cM than in the Bronze Age and Neolithic. We find fourteen cases of genetic relatedness within and one between sites without evidence of patrilineal dominance and one case of temporary mobility within a family unit during the Late Romano-British period. We also show that the modern patterns of genetic ancestry composition in Modern Britain emerged after the Roman period.