Harmful cyanobacterial blooms, which frequently contain toxic secondary metabolites, are reported in aquatic environments around the world. More than two thousand cyanobacterial secondary metabolites have been reported from diverse sources over the past fifty years. A comprehensive, publically-accessible database detailing these secondary metabolites would facilitate research into their occurrence, functions and toxicological risks. To address this need we created CyanoMetDB, a highly curated, flat-file, openly-accessible database of cyanobacterial secondary metabolites collated from 850 peer-reviewed articles published between 1967 and 2020. CyanoMetDB contains 2010 cyanobacterial metabolites and 99 structurally related compounds. This has nearly doubled the number of entries with complete literature metadata and structural composition information compared to previously available open access databases. The dataset includes microcytsins, cyanopeptolins, other depsipeptides, anabaenopeptins, microginins, aeruginosins, cyclamides, cryptophycins, saxitoxins, spumigins, microviridins, and anatoxins among other metabolite classes. A comprehensive database dedicated to cyanobacterial secondary metabolites facilitates: (1) the detection and dereplication of known cyanobacterial toxins and secondary metabolites; (2) the identification of novel natural products from cyanobacteria; (3) research on biosynthesis of cyanobacterial secondary metabolites, including substructure searches; and (4) the investigation of their abundance, persistence, and toxicity in natural environments.

Cyanobacteria form harmful mass blooms in freshwater and marine environments around the world. A range of secondary metabolites has been identified from cultures of cyanobacteria and biomass collected from cyanobacterial bloom events. A comprehensive database is necessary to correctly identify cyanobacterial metabolites and advance research on their abundance, persistence and toxicity in natural environments. We consolidated open access databases and manually curated missing information from the literature published between 1970 and March 2020. The result is the database CyanoMetDB, which includes more than 2000 entries based on more than 750 literature references. This effort has more than doubled the total number of entries with complete literature metadata and structural composition (SMILES codes) compared to publicly available databases to this date. Over the past decade, more than one hundred additional secondary metabolites have been identified yearly. We organized all entries into structural classes and conducted substructure searches of the provided SMILES codes. This approach demonstrated, for example, that 65% of the compounds carry at least one peptide bond, 57% are cyclic compounds, and 30% carry at least one halogen atom. This database facilitates rapid identification of cyanobacterial metabolites from toxic blooms, research on the biosynthesis of cyanobacterial natural product biosynthesis, and the identification of novel natural products from cyanobacteria. Structural searches by SMILES code can be further specified to identify structural motifs that are relevant for analytical approaches, research on biosynthetic pathways, bioactivity-guided analysis, or to facilitate predictive science and modeling efforts on cyanobacterial metabolites.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.