Analysis of 179 new Ebola virus sequences from patient samples collected in Guinea between March 2014 and January 2015 shows how different lineages evolved and spread in West Africa. Miles Carroll and colleagues report describe the genetic evolution of Ebola virus circulating in West Africa, based on 179 new virus sequences from patient samples collected in Guinea between March 2014 and January 2015. Their analysis shows how different lineages evolved and spread in West Africa between Sierra Leone, Guinea and Liberia. West Africa is currently witnessing the most extensive Ebola virus (EBOV) outbreak so far recorded1,2,3. Until now, there have been 27,013 reported cases and 11,134 deaths. The origin of the virus is thought to have been a zoonotic transmission from a bat to a two-year-old boy in December 2013 (ref. 2). From this index case the virus was spread by human-to-human contact throughout Guinea, Sierra Leone and Liberia. However, the origin of the particular virus in each country and time of transmission is not known and currently relies on epidemiological analysis, which may be unreliable owing to the difficulties of obtaining patient information. Here we trace the genetic evolution of EBOV in the current outbreak that has resulted in multiple lineages. Deep sequencing of 179 patient samples processed by the European Mobile Laboratory, the first diagnostics unit to be deployed to the epicentre of the outbreak in Guinea, reveals an epidemiological and evolutionary history of the epidemic from March 2014 to January 2015. Analysis of EBOV genome evolution has also benefited from a similar sequencing effort of patient samples from Sierra Leone. Our results confirm that the EBOV from Guinea moved into Sierra Leone, most likely in April or early May. The viruses of the Guinea/Sierra Leone lineage mixed around June/July 2014. Viral sequences covering August, September and October 2014 indicate that this lineage evolved independently within Guinea. These data can be used in conjunction with epidemiological information to test retrospectively the effectiveness of control measures, and provides an unprecedented window into the evolution of an ongoing viral haemorrhagic fever outbreak.

A man in his early 30s reported in January 2016 a history of fever, asthenia and erythematous rash during a stay in Haiti. On his return to Italy, ZIKV RNA was detected in his urine and saliva 91 days after symptom onset, and in his semen on day 188, six months after symptom onset. Our findings support the possibility of sexual transmission of ZIKV and highlight the importance of continuing to investigate non-vector-borne ZIKV infection.

SARS-CoV-2 is associated with a 3.4% mortality rate in patients with severe disease. The pathogenesis of severe cases remains unknown. We performed an in-depth prospective analysis of immune and inflammation markers in two patients with severe COVID-19 disease from presentation to convalescence. Peripheral blood from 18 SARS-CoV-2-infected patients, 9 with severe and 9 with mild COVID-19 disease, was obtained at admission and analyzed for T-cell activation profile, myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) and cytokine profiles. MDSC functionality was tested in vitro. In four severe and in four mild patients, a longitudinal analysis was performed daily from the day of admission to the early convalescent phase. Early after admission severe patients showed neutrophilia, lymphopenia, increase in effector T cells, a persisting higher expression of CD95 on T cells, higher serum concentration of IL-6 and TGF-β, and a cytotoxic profile of NK and T cells compared with mild patients, suggesting a highly engaged immune response. Massive expansion of MDSCs was observed, up to 90% of total circulating mononuclear cells in patients with severe disease, and up to 25% in the patients with mild disease; the frequency decreasing with recovery. MDSCs suppressed T-cell functions, dampening excessive immune response. MDSCs decline at convalescent phase was associated to a reduction in TGF-β and to an increase of inflammatory cytokines in plasma samples. Substantial expansion of suppressor cells is seen in patients with severe COVID-19. Further studies are required to define their roles in reducing the excessive activation/inflammation, protection, influencing disease progression, potential to serve as biomarkers of disease severity, and new targets for immune and host-directed therapeutic approaches.

IntroductionSeveral recent case reports have described common early chest imaging findings of lung pathology caused by 2019 novel Coronavirus (SARS-COV2) which appear to be similar to those seen previously in SARS-CoV and MERS-CoV infected patients.ObjectiveWe present some remarkable imaging findings of the first two patients identified in Italy with COVID-19 infection travelling from Wuhan, China. The follow-up with chest X-Rays and CT scans was also included, showing a progressive adult respiratory distress syndrome (ARDS).ResultsModerate to severe progression of the lung infiltrates, with increasing percentage of high-density infiltrates sustained by a bilateral and multi-segmental extension of lung opacities, were seen. During the follow-up, apart from pleural effusions, a tubular and enlarged appearance of pulmonary vessels with a sudden caliber reduction was seen, mainly found in the dichotomic tracts, where the center of a new insurgent pulmonary lesion was seen. It could be an early alert radiological sign to predict initial lung deterioration. Another uncommon element was the presence of mediastinal lymphadenopathy with short-axis oval nodes.ConclusionsAlthough only two patients have been studied, these findings are consistent with the radiological pattern described in literature. Finally, the pulmonary vessels enlargement in areas where new lung infiltrates develop in the follow-up CT scan, could describe an early predictor radiological sign of lung impairment.

SUMMARY Human monoclonal antibodies are safe, preventive and therapeutic tools, that can be rapidly developed to help restore the massive health and economic disruption caused by the Covid-19 pandemic. By single cell sorting 4277 SARS-CoV-2 spike protein specific memory B cells from 14 Covid-19 survivors, 453 neutralizing antibodies were identified and 220 of them were expressed as IgG. Up to 65,9% of monoclonals neutralized the wild type virus at a concentration of >500 ng/mL, 23,6% neutralized the virus in the range of 100 - 500 ng/mL and 9,1% had a neutralization potency in the range of 10 - 100 ng/mL. Only 1,4% neutralized the authentic virus with a potency of 1-10 ng/mL. We found that the most potent neutralizing antibodies are extremely rare and recognize the RBD, followed in potency by antibodies that recognize the S1 domain, the S-protein trimeric structure and the S2 subunit. The three most potent monoclonal antibodies identified were able to neutralize the wild type and D614G mutant viruses with less than 10 ng/mL and are good candidates for the development of prophylactic and therapeutic tools against SARS-CoV-2. One Sentence Summary Extremely potent neutralizing human monoclonal antibodies isolated from Covid-19 convalescent patients for prophylactic and therapeutic interventions.

Oropouche fever is caused by Oropouche virus (OROV), transmitted primarily through the bite of infected midges, particularly of the genus Culicoides . The virus is mainly circulating in Central and South America where several countries reported an ongoing outbreak. We report here two imported cases of OROV infection identified in Italy, late May–early June 2024. These cases indicate that in the shadow of a massive dengue outbreak in the Americas, the Oropouche outbreak might be more widespread than previously estimated.

ABSTRACT The COVID-19 pandemic caused by the emergent SARS-CoV-2 coronavirus threatens global public health and there is an urgent need to develop safe and effective vaccines. Here we report the generation and the preclinical evaluation of a novel replication-defective gorilla adenovirus-vectored vaccine encoding the pre-fusion stabilized Spike (S) protein of SARS-CoV2. We show that our vaccine candidate, GRAd- COV2, is highly immunogenic both in mice and macaques, eliciting both functional antibodies which neutralize SARS-CoV-2 infection and block Spike protein binding to the ACE2 receptor, and a robust, Th1- dominated cellular response in the periphery and in the lung. We show here that the pre-fusion stabilized Spike antigen is superior to the wild type in inducing ACE2-interfering, SARS-CoV2 neutralizing antibodies. To face the unprecedented need for vaccine manufacturing at massive scale, different GRAd genome deletions were compared to select the vector backbone showing the highest productivity in stirred tank bioreactors. This preliminary dataset identified GRAd-COV2 as a potential COVID-19 vaccine candidate, supporting the translation of GRAd-COV2 vaccine in a currently ongoing Phase I clinical trial ( NCT04528641 ).

Abstract The COVID-19 pandemic caused by the β-coronavirus SARS-CoV-2 has made the development of safe and effective vaccines a critical global priority. To date, four vaccines have already been approved by European and American authorities for preventing COVID-19 but the development of additional vaccine platforms with improved supply and logistics profiles remains a pressing need. Here we report the preclinical evaluation of a novel COVID-19 vaccine candidate based on the electroporation of engineered, synthetic cDNA encoding a viral antigen in the skeletal muscle, a technology previously utilized for cancer vaccines. We constructed a set of prototype DNA vaccines expressing various forms of the SARS-CoV-2 Spike (S) protein and assessed their immunogenicity in animal models. Among them, COVID- e Vax – a DNA plasmid encoding a secreted monomeric form of SARS-CoV-2 S protein RBD – induced the most potent anti-SARS-CoV-2 neutralizing antibody responses (including against the current most common variants of concern) and a robust T cell response. Upon challenge with SARS-CoV-2, immunized K18-hACE2 transgenic mice showed reduced weight loss, improved pulmonary function and significantly lower viral replication in the lungs and brain. COVID- e Vax conferred significant protection to ferrets upon SARS-CoV-2 challenge. In summary, this study identifies COVID- e Vax as an ideal COVID-19 vaccine candidate suitable for clinical development. Accordingly, a combined phase I-II trial has recently started in Italy.

ABSTRACT Zika virus (ZIKV) is a recently re-emerged flavivirus transmitted to humans by mosquito bites but also from mother to fetus and by sexual intercourse. We here show for the first time that primary human endometrial stromal cells (HESC) are highly permissive to ZIKV infection and support its in vitro replication. ZIKV envelope expression was detected in the endoplasmic reticulum whereas double-stranded viral RNA colocalized with vimentin filaments to the perinuclear region. ZIKV productive infection also occurred in the human T-HESC cell line with the induction of interferon-β (IFN-β) and of IFN-stimulated genes. Notably, in vitro decidualization of T-HESC with cyclic AMP and progesterone upregulated the cell surface expression of the ZIKV entry co-receptor AXL and boosted ZIKV replication by ca. 100-fold. Thus, endometrial stromal cells, particularly if decidualized, likely represent a crucial cell target of sexual virus transmission and a relevant source of ZIKV spreading to placental trophoblasts during pregnancy. AUTHOR SUMMARY Infection by Zika virus (ZIKV), a flavivirus transmitted to humans by mosquito bites, has recently emerged as an important cause of neurological lesions in the fetal brain as women who become infected by ZIKV during pregnancy can transmit the virus to their fetus. In addition, routes of ZIKV transmission independent of mosquito bites have been also identified and include sexual transmission from both infected men and women to their partners, an aspect bearing great societal implications for ZIKV spread. These observations highlight the importance of the female reproductive tract in the establishment and/or spreading of the infection. In this regard, the endometrium is a highly dynamic tissue undergoing major histological changes during the menstrual cycle under the coordinated action of sexual hormones. In particular, progesterone drives the differentiation of human endometrial stromal cells towards decidualization, a process that is critical for fetal trophoblast invasion and placenta formation. We here report for the first time that both primary and immortalized human endometrial stromal cells are highly permissive to ZIKV infection and replication, particularly when in vitro decidualized by progesterone, suggesting that these cells could significantly contribute to vertical ZIKV transmission in utero during pregnancy but also to horizontal transmission by the sexual route.