BackgroundHealth care for people living with HIV has improved substantially in the past two decades. Robust estimates of how these improvements have affected prognosis and life expectancy are of utmost importance to patients, clinicians, and health-care planners. We examined changes in 3 year survival and life expectancy of patients starting combination antiretroviral therapy (ART) between 1996 and 2013.MethodsWe analysed data from 18 European and North American HIV-1 cohorts. Patients (aged ≥16 years) were eligible for this analysis if they had started ART with three or more drugs between 1996 and 2010 and had at least 3 years of potential follow-up. We estimated adjusted (for age, sex, AIDS, risk group, CD4 cell count, and HIV-1 RNA at start of ART) all-cause and cause-specific mortality hazard ratios (HRs) for the first year after ART initiation and the second and third years after ART initiation in four calendar periods (1996–99, 2000–03 [comparator], 2004–07, 2008–10). We estimated life expectancy by calendar period of initiation of ART.Findings88 504 patients were included in our analyses, of whom 2106 died during the first year of ART and 2302 died during the second or third year of ART. Patients starting ART in 2008–10 had lower all-cause mortality in the first year after ART initiation than did patients starting ART in 2000–03 (adjusted HR 0·71, 95% CI 0·61–0·83). All-cause mortality in the second and third years after initiation of ART was also lower in patients who started ART in 2008–10 than in those who started in 2000–03 (0·57, 0·49–0·67); this decrease was not fully explained by viral load and CD4 cell count at 1 year. Rates of non-AIDS deaths were lower in patients who started ART in 2008–10 (vs 2000–03) in the first year (0·48, 0·34–0·67) and second and third years (0·29, 0·21–0·40) after initiation of ART. Between 1996 and 2010, life expectancy in 20-year-old patients starting ART increased by about 9 years in women and 10 years in men.InterpretationEven in the late ART era, survival during the first 3 years of ART continues to improve, which probably reflects transition to less toxic antiretroviral drugs, improved adherence, prophylactic measures, and management of comorbidity. Prognostic models and life expectancy estimates should be updated to account for these improvements.FundingUK Medical Research Council, UK Department for International Development, EU EDCTP2 programme.

Objective: To determine the prevalence of cognitive complaints and HIV-associated neurocognitive disorders (HANDs) in a cohort of aviremic HIV-positive patients. To evaluate the relevance of the HIV dementia scale to detect HANDs. Design: Assessment of HANDs with neuropsychological tests. Methods: Two hundred HIV-infected patients with undetectable HIV-1 RNA concentrations in the plasma, no history of major opportunistic infection of the central nervous system in the past 3 years, no current use of intravenous drugs, and no major depression answered a questionnaire designed to elicit cognitive complaints. Cognitive functions of 50 complaining and 50 noncomplaining HIV-positive patients were assessed. Results: Patients had undetectable HIV-1 RNA concentrations for a median time of 48 months (range 3.2–136.6). The prevalence of cognitive complaints was 27%. The prevalence of HANDs was 84% among patients with cognitive complaints (asymptomatic neurocognitive impairment 24%, mild neurocognitive disorders 52%, and HIV-associated dementia 8%) and 64% among noncomplainers (asymptomatic neurocognitive impairment 60%, mild neurocognitive disorders 4%, and HIV-associated dementia 0%; P < 0.001). A score of 14 points or less on the HIV dementia scale yielded a positive predictive value of HANDs of 92% in complainers and 82% in noncomplainers. Conclusion: The prevalence of HANDs is high even in long-standing aviremic HIV-positive patients. However, HANDs without functional repercussion in daily life (asymptomatic neurocognitive impairment) is the most frequent subtype observed. In this population, the HIV dementia scale with a cutoff of 14 points or less seems to provide a useful tool to screen for the presence of HANDs.

Background. Patterns of morbidity and mortality among human immunodeficiency virus (HIV)–infected individuals taking antiretroviral therapy are changing as a result of immune reconstitution and improved survival. We studied the influence of aging on the epidemiology of non-AIDS diseases in the Swiss HIV Cohort Study.

Discriminating between active and latent infection with Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is a protracted and complicated process, which can affect the timeliness of treatment decisions. Harari et al. now report that the cytokine profiles of Mtb-specific CD4+ T cells characterized by a polychromatic flow cytometry assay can distinguish latent infection from active disease. Rapid diagnosis of active Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection remains a clinical and laboratory challenge. We have analyzed the cytokine profile (interferon-γ (IFN-γ), tumor necrosis factor-α (TNF-α) and interleukin-2 (IL-2)) of Mtb-specific T cells by polychromatic flow cytometry. We studied Mtb-specific CD4+ T cell responses in subjects with latent Mtb infection and active tuberculosis disease. The results showed substantial increase in the proportion of single-positive TNF-α Mtb-specific CD4+ T cells in subjects with active disease, and this parameter was the strongest predictor of diagnosis of active disease versus latent infection. We validated the use of this parameter in a cohort of 101 subjects with tuberculosis diagnosis unknown to the investigator. The sensitivity and specificity of the flow cytometry–based assay were 67% and 92%, respectively, the positive predictive value was 80% and the negative predictive value was 92.4%. Therefore, the proportion of single-positive TNF-α Mtb-specific CD4+ T cells is a new tool for the rapid diagnosis of active tuberculosis disease.

Abstract Background Although sex hormones are recognized to induce immune variations, the effect of hormonal therapy use on immunity is only poorly understood. Here, we quantified how hormonal therapy use affects HIV‐1 immune markers in cis women (CW) and trans women and non‐binary people (TNBP) with HIV. Methods We considered CD4, CD8 and lymphocyte measurements from cis men (CM), CW and TNBP in the Swiss HIV Cohort Study. We modelled HIV‐1 markers using linear mixed‐effects models with an interaction between ‘gender’ (CW, TNBP) and ‘hormonal therapy use’ (yes/no). Models were adjusted on age, ethnicity, education level, time since start of antiretroviral therapy and use of intravenous drugs. We assessed the inflammatory effect of hormonal therapy use in 31 TNBP using serum proteomics measurements of 92 inflammation markers. Results We included 54 083 measurements from 3092 CW and 83 TNBP, and 147 230 measurements from 8611 CM. Hormonal therapy use increased CD4 count and CD4:CD8 ratio in TNBP more than in CW ( p interaction = 0.02 and 0.007, respectively). TNBP with hormonal therapy use had significantly higher CD4 counts [median = 772 cells/μL, interquartile range (IQR): 520–1006] than without (617 cells/μL, 426–892). This was similar to the effect of CW versus CM on CD4 T cells. Hormonal therapy use did not affect serum protein concentrations in TNBP. Conclusion This study highlights the potential role of hormonal therapy use in modulating the immune system among other biological and social factors, especially in TNBP with HIV.

A recent study conducted in blood has proposed CD32 as the marker identifying the 'elusive' HIV reservoir. We have investigated the distribution of CD32+ CD4 T cells in blood and lymph nodes (LNs) of healthy HIV-1 uninfected, viremic untreated and long-term treated HIV-1 infected individuals and their relationship with PD-1+ CD4 T cells. The frequency of CD32+ CD4 T cells was increased in viremic as compared to treated individuals in LNs and a large proportion (up to 50%) of CD32+ cells co-expressed PD-1 and were enriched within T follicular helper cells (Tfh) cells. We next investigated the role of LN CD32+ CD4 T cells in the HIV reservoir. Total HIV DNA was enriched in CD32+ and PD-1+ CD4 T cells as compared to CD32- and PD-1- cells in both viremic and treated individuals but there was no difference between CD32+ and PD-1+ cells. There was not enrichment of latently infected cells with inducible HIV-1 in CD32+ versus PD-1+ cells in ART treated individuals. HIV-1 transcription was then analyzed in LN memory CD4 T cell populations sorted on the basis of CD32 and PD-1 expression. CD32+PD-1+ CD4 T cells were significantly enriched in cell associated HIV RNA as compared to CD32-PD-1- (average 5.2 fold in treated and 86.6 fold in viremics), to CD32+PD-1- (2.2 fold in treated and 4.3 fold in viremics) and to CD32-PD-1+ cell populations (2.2 fold in ART treated and 4.6 fold in viremics). Similar levels of HIV-1 transcription were found in CD32+PD-1- and CD32-PD-1+ CD4 T cells. Interestingly, the proportion of CD32+ and PD-1+ CD4 T cells negatively correlated with CD4 T cell counts and length of therapy while positively correlated with viremia. Therefore, the expression of CD32 identifies, independently of PD-1, a CD4 T cell population with persistent HIV-1 transcription and CD32 and PD-1 co-expression the CD4 T cell population with the highest levels of HIV-1 transcription in both viremic and treated individuals.

Abstract Infection with Mycobacterium tuberculosis (MTB) remains one of the most important opportunistic infections in people with HIV-1 (PWH). While active Tuberculosis (TB) leads to rapid progression of immunodeficiency in PWH, the interaction between MTB and HIV-1 during the asymptomatic phase of both infections remains poorly understood. In a cohort of individuals with HIV (PWH) with and without suppressed HIV-1 viral load, the transcriptomic profiles of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) clustered in individuals infected with Mycobacterium tuberculosis (MTB) compared to carefully matched controls. Subsequent functional annotation analysis disclosed alterations in the IL-6, TNF, and KRAS pathways. Notably, MTB-associated genes demonstrated an inverse correlation with HIV-1 viremia, evident at both on individual gene level and when employed as a gene score. In sum, our data show that MTB infection in PWH is associated with a shift in the activation state of the immune system, displaying an inverse relationship with HIV-1 viral load. These results could provide an explanation for the observed increased antiretroviral control associated with MTB infection in PWH.

People with HIV may report neurocognitive complaints, with or without associated neurocognitive impairment, varying between individuals and populations. While the HIV genome could play a major role, large systematic viral genome-wide screens to date are lacking. The Swiss HIV Cohort Study biannually enquires neurocognitive complaints. We quantified broad-sense heritability estimates using partial 'pol' sequences from the Swiss HIV Cohort Study resistance database and performed a viral near full-length genome-wide association study for the longitudinal area under the curve of neurocognitive complaints. We performed all analysis (i) restricted to HIV Subtype B and (ii) including all HIV subtypes. From 8547 people with HIV with neurocognitive complaints, we obtained 6966 partial 'pol' sequences and 2334 near full-length HIV sequences. Broad-sense heritability estimates for presence of memory loss complaints ranged between 1% and 17% (Subtype B restricted 1-22%) and increased with the stringency of the phylogenetic distance thresholds. The genome-wide association study revealed one amino acid (Env L641E), after adjusting for multiple testing, positively associated with memory loss complaints (

Pathogen strains may differ in virulence because they attain different loads in their hosts, or because they induce different disease-causing mechanisms independent of their load. In evolutionary ecology, the latter is referred to as "per-parasite pathogenicity". Using viral load and CD4+ T cell measures from 2014 HIV-1 subtype B infected individuals enrolled in the Swiss HIV Cohort Study, we investigated if virulence - measured as the rate of decline of CD4+ T cells - and per-parasite pathogenicity are heritable from donor to recipient. We estimated heritability by donor-recipient regressions applied to 196 previously identified transmission pairs, and by phylogenetic mixed models applied to a phylogenetic tree inferred from HIV pol sequences. Regressing the CD4+ T cell declines and per-parasite pathogenicities of the transmission pairs did not yield heritability estimates significantly different from zero. With the phylogenetic mixed model, however, our best estimate for the heritability of the CD4+ T cell decline is 17% (5%-30%), and that of the per-parasite pathogenicity is 17% (4%-29%). Further, we confirm that the set-point viral load is heritable, and estimate a heritability of 29% (12%-46%). Interestingly, the pattern of evolution of all these traits differs significantly from neutrality, and is most consistent with stabilizing selection for the set-point viral load, and with directional selection for the CD4+ T cell decline and the per-parasite pathogenicity. Our analysis shows that the viral genotype affects virulence mainly by modulating the per-parasite pathogenicity, while the indirect effect via the set-point viral load is minor.