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Nathan Peiffer‐Smadja
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Type 1 interferons as a potential treatment against COVID-19

Erwan Sallard et al.Apr 7, 2020
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Type 1 interferons have a broad antiviral activity in vitro and are currently evaluated in a clinical trial to treat MERS-CoV. In this review, we discuss preliminary data concerning the potential activity of type 1 interferons on SARS-CoV-2, and the relevance of evaluating these molecules in clinical trials for the treatment of COVID-19.
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Open science saves lives: lessons from the COVID-19 pandemic

Lonni Besançon et al.Jun 5, 2021
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In the last decade Open Science principles have been successfully advocated for and are being slowly adopted in different research communities. In response to the COVID-19 pandemic many publishers and researchers have sped up their adoption of Open Science practices, sometimes embracing them fully and sometimes partially or in a sub-optimal manner. In this article, we express concerns about the violation of some of the Open Science principles and its potential impact on the quality of research output. We provide evidence of the misuses of these principles at different stages of the scientific process. We call for a wider adoption of Open Science practices in the hope that this work will encourage a broader endorsement of Open Science principles and serve as a reminder that science should always be a rigorous process, reliable and transparent, especially in the context of a pandemic where research findings are being translated into practice even more rapidly. We provide all data and scripts at https://osf.io/renxy/ .
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European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) guidelines for Antimicrobial Stewardship in Emergency Departments (endorsed by European Association of Hospital Pharmacists)

Teske Schoffelen et al.Jul 1, 2024
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ScopeThis ESCMID guideline provides evidence-based recommendations to support a selection of appropriate antibiotic use practices for patients seen in the emergency department (ED) and guidance for their implementation.The topics addressed in this guideline are: 1) Do biomarkers or rapid pathogen tests improve antibiotic prescribing and/or clinical outcomes? 2) Does taking blood cultures in common infectious syndromes improve antibiotic prescribing and/or clinical outcomes? 3) Does watchful waiting without antibacterial therapy or with delayed antibiotic prescribing reduce antibiotic prescribing without worsening clinical outcomes in patients with specific infectious syndromes? 4) Do structured culture follow-up programs in patients discharged from the ED with cultures pending improve antibiotic prescribing?MethodsAn expert panel was convened by ESCMID and the guideline chair. The panel selected in consensus the four most relevant AMS topics according to pre-defined relevance criteria. For each main question for the four topics, a systematic review was performed, including randomized controlled trials and observational studies. Both clinical outcomes as well as stewardship process outcomes related to antibiotic use were deemed relevant. The literature searches were conducted between May 2021 and March 2022. In April 2022, the panel members were formally asked to suggest additional studies that were not identified in the initial searches. Data were summarized in a meta-analysis if possible or otherwise summarized narratively. The certainty of the evidence was classified according to the Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation (GRADE) criteria. The guideline panel reviewed the evidence per topic critically appraising the evidence and formulated recommendations through a consensus-based process. The strength of the recommendations was classified as strong or weak. To substantiate the implementation process, implementation trials or observational studies describing facilitators/barriers for implementation were identified from the same searches and were summarized narratively.RecommendationsThe recommendations on the use of biomarkers and rapid pathogen diagnostic tests focus on the initiation of antibiotics in patients admitted through the ED. Their effect on the discontinuation or de-escalation of antibiotics during hospital stay was not reported, neither was their effect on hospital infection prevention and control practices. The recommendations on watchful waiting (i.e., withholding antibiotics with some form of follow-up) focus on specific infectious syndromes for which the primary care literature was also included. The recommendations on blood cultures focus on the indication in three common infectious syndromes in the ED explicitly excluding patients with sepsis or septic shock.Most recommendations are based on very-low- and low-certainty of evidence, leading to weak recommendations or, when no evidence was available, to best practice statements. Implementation of these recommendations needs to be adapted to the specific settings and circumstances of the ED. The scarcity of high-quality studies in the area of antimicrobial stewardship in the ED highlights the need for future research in this field.
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Antibiothérapie chez les patients atteints d'une crise palustre grave : trop graves pour épargner ?

Ana Mainar et al.May 28, 2024
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Les formes graves représentent environ 15% des cas de paludisme en France et conduisent souvent à associer un traitement antibactérien à l'artésunate dans la crainte d'une co-infection bactérienne, présente jusque dans 13% des cas. L'objectif de ce travail est de décrire les traitements probabilistes initiés et les co-infections bactériennes documentées. Nous avons inclus tous les patients admis consécutivement en médecine intensive-réanimation (MIR) au sein d'un CHU entre janvier 2014 et juin 2023 pour paludisme grave, tel que défini dans les recommandations. La présence d'une co-infection bactérienne était définie par l'association d'une documentation microbiologique et/ou de données d'imagerie à une symptomatologie clinique compatible. Au total, 118 patients ont été inclus, avec un âge médian de 48 ans [IQR 37-57], dont 48% (n=56) de femmes, et un score de Charlson médian à 1 [0-3]. La crise palustre grave était due à Plasmodium falciparum dans 95% des cas, avec une parasitémie médiane à 5% [2-8]. La CRP était à 150mg/L [121-201] et la PCT à 14µg/L [5-34]. Une antibiothérapie était débutée dans les 48h chez 40% (n=47) des patients, majoritairement par une céphalosporine de 3e génération (90% ; n=42), chez des patients plus graves à l'admission avec un score SOFA et un IGS II plus élevés (respectivement 30 [18-40] vs. 18 [13-31], p=0.03, et 7 [4-8] vs. 5 [4-7], p=0.04), et plus de critères de gravité (3 [2-5] vs. 2 [1-3] ; p=0.001), notamment plus de défaillance circulatoire (62% (n=29) vs. 24% (n=27) ; p<0.001), respiratoire (15% (n=7) vs. 3% (n=2) ; p<0.001), et rénale (36% (n=17) vs. 13% (n=9) ; p=0.003). Une co-infection bactérienne était documentée chez 11% des patients (5 d'origine urinaire, 5 respiratoire et 3 digestive), sans bactériémie, ni méningite. Elle n'était pas associée à une différence de mortalité, mais conduisait à des durées d'hospitalisation plus longues que ce soit en réanimation (2j [1-5] vs. 1j [1-2]) ou en médecine (21j [8-25] vs. 4j [3-7]) et à une durée d'antibiothérapie également plus longue (6j [4-7] vs. 3 [2-4]). Seuls les signes clinico-radiologiques de pneumonie étaient associées à une documentation (31% (n=4) vs. 3% (n=3) ; p=0.003). En revanche, ni l'immunodépression, ni les comorbidités, ni les taux de CRP et PCT, n'étaient associés à une documentation bactérienne. Au total, 72% (n=34) des antibiothérapies initiées en probabiliste n'étaient pas associées à une co-infection documentée. Un traitement antibactérien est initié chez 4 patients sur 10 hospitalisés en MIR pour paludisme grave pour une co-infection bactérienne documentée dans 1 cas sur 10. La gravité de la crise palustre rend difficile l'épargne des antibactériens à la prise en charge initiale. Aucun lien d'intérêt
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Sensibilisation, implication et formation du personnel infirmier à la recherche clinique dans un service de maladies infectieuses et tropicales hospitalo-universitaire.

D. Larkeche et al.May 28, 2024
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L'investissement du personnel infirmier dans la Recherche Clinique (RC) est un sujet d'importance en médecine et notamment en maladies infectieuses. Lors du COVID-19, l'implication des Infirmiers Diplômés d'Etats (IDE) a été particulièrement importante. Cette implication nous semble essentielle au bon respect des procédures des protocoles d'Essais Cliniques (EC) tout en assurant une prise en charge optimale des patients (pts). Notre objectif était de partager une expérience locale d'implication des IDE dans la RC. Au sein du Service de Maladies Infectieuses et Tropicales du CHU nord parisien, nous avons fait l'inventaire des différentes initiatives mises en place lors de la pandémie COVID-19 et dans les années suivantes afin de favoriser l'implication des IDE dans la RC. Dès 2020, des classeurs de recherche, fournissant des informations essentielles sur les études en cours (objectif, principaux critères d'inclusion, design de l'essai) ont été fournis aux IDE impliqués dans les EC, en hospitalisation et en ambulatoire. Pour renforcer la coordination et la communication entre les IDE et l'équipe de la RC, deux IDE en ambulatoire et une IDE en hospitalisation ont été nommé(e)s référent(e)s RC. Elles sont régulièrement conviées aux réunions de mise en place des EC et aux réunions mensuelles de recherche du service. En 2022, une stratégie a été adoptée consistant à former les étudiants en soins infirmiers à la RC au début de leur stage. Un module de formation a ainsi été créé par le personnel de RC (coordinatrice du COREVIH, Techniciennes d'Etudes Cliniques (TEC), data manager) afin de présenter en une journée les fondements de la RC, les différents essais thérapeutiques, cohortes et enquêtes épidémiologiques réalisés dans le service, et le dossier médical informatisé patient NADIS®. Au cours de cette journée, les étudiants IDE ont reçu une formation aux Bonnes Pratiques Cliniques (BPC), à l'issue de laquelle ils ont passé un test de connaissance comprenant une vingtaine de questions. Un score minimum de 80% de bonnes réponses est nécessaire pour l'obtention d'un certificat de BPC exigé par les promoteurs qui peut être valorisé sur un curriculum vitæ. La coordination IDE – personnel de RC a permis la rédaction collaborative de 2 protocoles de RC entre une TEC et une IDE référente en ambulatoire. Entre décembre 2022 et décembre 2023, 33 étudiants IDE ont été accueillis à différents stades de leur formation (1ére, 2ème et 3ème année) dans le service et 100% ont obtenu le certificat de BPC à l'issue de la journée de formation. En 2022, 57 EC ont été conduits dans le service, incluant 1115 pts à comparer à 52 EC avec 719 pts inclus en 2018. Cette étude permet de partager une expérience locale sur les actions possibles concernant l'implication des IDE dans la RC. Par la suite, d'autres actions sont envisagées comme un module de RC qui pourrait être développé et proposé à l'Institut de Formation en Soins Infirmiers (IFSI). Aucun lien d'intérêt
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Co-construction d'un outil pédagogique imagé facilitant l'équilibre alimentaire des patients VIH sub-sahariens.

N. Schoch et al.May 28, 2024
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Les patients vivant avec une maladie infectieuse chronique, dont le VIH, présentent souvent des comorbidités cardio-néphro-métaboliques. Une grande partie d'entre eux ont des polymédications à risque d'interactions. Par ailleurs, leur origine ethnique multiple est source de diversités dans leurs habitudes et régimes alimentaires. C'est pourquoi nous avons développé un outil imagé d'éducation thérapeutique ayant pour objectif de promouvoir un équilibre diététique en respectant le contexte culturel, le niveau de littératie et la compatibilité avec les traitements. Un groupe pluridisciplinaire (diététicienne, infectiologues, infirmières, aides-soignants, pharmacien) associé à une cheffe béninoise et une infographiste (financée par la bourse projet innovant RéJIF / SPILF) s'est réuni pendant 6 mois afin de créer un livre de recettes africaines, associées à des principes diététiques et des conseils de bon usage des médicaments fréquemment utilisés. Par ses illustrations, il vise particulièrement les personnes de faible littératie. Le document final a été relu et validé au sein d'une association de patients subsahariens La version finale du document « Les saveurs africaines, manger équilibré pour ma santé » (50 pages colorées et imagées) comporte une première partie de conseils diététiques, notamment en cas de diabète et de grossesse ainsi qu'un tableau sur les interactions entre aliments et médicaments, puis 13 recettes culinaires illustrées dont les quantités de matières grasses ont été réadaptées par une diététicienne, fournies par des soignants majoritairement d'origine subsaharienne et une cheffe béninoise. Cet outil, destiné aux diététiciens, éducateurs thérapeutiques (ETP), associations et patients, vise à augmenter l'adhésion, la qualité de vie et le plaisir des patients au plus proche de leurs habitudes; des copies pourront être remises aux patients. La 1° édition, de 200 exemplaires, a déjà permis sa diffusion à 41 services de maladies infectieuses en France métropolitaine, 1 en Guyane française, 3 en Afrique (Sénégal, Bénin, République Centrafricaine) en réponse à leur sollicitation. La version numérique a aussi été partagée et a permis aux hôpitaux leurs propres impressions. Il a enfin déjà fait l'objet de communications affichées. Fruit d'un travail pluridisciplinaire, cet outil d'éducation thérapeutique est utilisable pour des patients vivant avec des pathologies chroniques souvent multiples, issus de cultures subsahariennes, dans un service de maladies infectieuses. Une évaluation de la satisfaction des patients a débuté. Ultérieurement, une adaptation pour des patients d'autres origines ethniques sera envisagée. Aucun lien d'intérêt
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Monkeypox Clade II en France en 2023 : une situation endémique ?

Mayda Rahi et al.May 28, 2024
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L'OMS a déclaré la fin de l'épidémie liée au virus Monkeypox (MPV) Clade II le 11 mai 2023. Depuis, peu de cas ont été signalés en Europe. Cependant, le manque de données sur l'efficacité vaccinale au long cours chez les personnes à risque suscite des inquiétudes quant à une circulation persistante du MPV. Ce travail a pour objectif d'analyser des cas de MPV diagnostiqués en France depuis août 2023. Les caractéristiques démographiques, cliniques et virologiques de nouveaux cas de MPV Clade II diagnostiqués par PCR depuis août 2023 ont été collectées à partir d'un appel à observation national diffusé via infectioflash. Entre août 2023 et janvier 2024, 18 patients atteints de MPV clade II dans 9 hôpitaux universitaires et CeGIDD ont été identifiés en France métropolitaine dont 15 à Paris, avec un âge médian [IQR] de 37 ans [29-40]. Seize patients (88%) étaient des hommes dont 14 (87 %) étaient des HSH. Les patients ont eu en moyenne 5 partenaires sexuels au cours du mois précédant l'infection et 6 patients étaient sous PrEP. Trois patients vivaient avec le VIH, bien contrôlés sous traitement antirétroviral, et 2 ont été diagnostiqués d'un VIH-1 stade A2 simultanément du MPV. Aucun patient n'était immunodéprimé. Huit patients (44%) avaient eu au moins une dose de vaccin variole 3ème génération : 4 (dont 3 PVVIH) avaient reçu 2 doses au moins 4 mois avant le diagnostic de MPV, 3 avaient reçu une dose pendant leur enfance sans rappel récent et 1 avait reçu une dose 2 mois avant le diagnostic et une deuxième en prophylaxie post-exposition, mais a développé des symptômes 15 jours plus tard. Cinq patients avaient une histoire de voyage dont 4 uniquement en Europe et 1 en Amérique du Sud au cours du mois précédant le diagnostic avec des rapports sexuels pendant leurs séjours. Un seul patient a signalé un rapport sexuel avec un partenaire symptomatique confirmé. Treize patients (72%) présentaient des lésions génitales typiques associées à des lésions faciales (n = 7), des membres (n = 5), du tronc (n = 3) et 5 n'avaient que des lésions génitales ou anales isolées. La PCR MPV Clade II était positive sur les lésions chez les 18 patients avec une médiane de Ct à 24,3. Aucun patient n'a été hospitalisé ni présentait des signes de gravité. Cette étude est en faveur d'une endémie à bas bruit du MPV Clade II en France, intéressant essentiellement les HSH, y compris des patients doublement vaccinés et sans notion de voyage récent. Une circulation du virus chez des porteurs asymptomatiques pourrait contribuer à cette transmission de même que le probable non-recours aux soins d'un certain nombre de cas. Seulement 44% des cas de cette série avaient reçu au moins une dose de vaccin anti-variolique dans leur vie ce qui renforce l'importance de poursuivre les efforts concernant la prévention vaccinale. Aucun lien d'intérêt
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Measuring and correcting staff variability in large-scale OSCEs

Skerdi Haviari et al.Jul 29, 2024
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Objective Structured Clinical Examinations (OSCEs) are an increasingly popular evaluation modality for medical students. While the face-to-face interaction allows for more in-depth assessment, it may cause standardization problems. Methods to quantify, limit or adjust for examiner effects are needed. Data originated from 3 OSCEs undergone by 900-student classes of 5th- and 6th-year medical students at Université Paris Cité in the 2022-2023 academic year. Sessions had five stations each, and one of the three sessions was scored by consensus by two raters (rather than one). We report OSCEs' longitudinal consistency for one of the classes and staff-related and student variability by session. We also propose a statistical method to adjust for inter-rater variability by deriving a statistical random student effect that accounts for staff-related and station random effects. From the four sessions, a total of 16,910 station scores were collected from 2615 student sessions, with two of the sessions undergone by the same students, and 36, 36, 35 and 20 distinct staff teams in each station for each session. Scores had staff-related heterogeneity (p<10-15), with staff-level standard errors approximately doubled compared to chance. With mixed models, staff-related heterogeneity explained respectively 11.4%, 11.6%, and 4.7% of station score variance (95% confidence intervals, 9.5-13.8, 9.7-14.1, and 3.9-5.8, respectively) with 1, 1 and 2 raters, suggesting a moderating effect of consensus grading. Student random effects explained a small proportion of variance, respectively 8.8%, 11.3%, and 9.6% (8.0-9.7, 10.3-12.4, and 8.7-10.5), and this low amount of signal resulted in student rankings being no more consistent over time with this metric, rather than with average scores (p=0.45). Staff variability impacts OSCE scores as much as student variability, and the former can be reduced with dual assessment or adjusted for with mixed models. Both are small compared to unmeasured sources of variability, making them difficult to capture consistently.