XZ
Xudong Zou
Author with expertise in Comprehensive Integration of Single-Cell Transcriptomic Data
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
11
(55% Open Access)
Cited by:
548
h-index:
22
/
i10-index:
42
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
47

Spatially-resolved transcriptomics analyses of invasive fronts in solid tumors

Rongkui Luo et al.Oct 22, 2021
Abstract Solid tumors are complex ecosystems, and heterogeneity is the major challenge for overcoming tumor relapse and metastasis. Uncovering the spatial heterogeneity of cell types and functional states in tumors is essential for developing effective treatment, especially in invasive fronts of tumor, the most active region for tumor cells infiltration and invasion. We firstly used SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing (Stereo-seq) with a nanoscale resolution to characterize the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC). Enrichment of distinctive immune cells, suppressive immune microenvironment and metabolic reprogramming of tumor cells were identified in the 500µm-wide zone centered bilaterally on the tumor boundary, namely invasive fronts of tumor. Furthermore, we found the damaged states of hepatocytes with overexpression of Serum Amyloid A (SAA) in invasive fronts, recruiting macrophages for facilitating further tumor invasion, and thus resulting in a worse prognosis. We also confirmed these findings in hepatocellular carcinoma and other liver metastatic cancers. Our work highlights the remarkable potential of high-resolution-spatially resolved transcriptomic approaches to provide meaningful biological insights for comprehensively dissecting the tumor ecosystem and guiding the development of novel therapeutic strategies for solid tumors.
47
Citation18
0
Save
1

Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis

Xunan Shen et al.Sep 5, 2023
Abstract The integration of cell transcriptomics and spatial coordinates to organize differentiation trajectories remains a challenge. Here we introduce spaTrack, a trajectory inference method using optimal transport to incorporate both transcriptomics and distance of spatial transcriptomics sequencing data into transition costs. spaTrack could construct fine spatial trajectories reflecting the true differentiation topology, as well as trace cell dynamics across multiple samples with temporal intervals. To capture the dynamic drivers, spaTrack models the cell fate as a function of expression profile along temporal intervals driven by transcription factors. Applying spaTrack, we successfully disentangle spatiotemporal trajectories of axolotl telencephalon regeneration and mouse midbrain development. Furthermore, we uncover diverse malignant lineages expanding in a primary tumor. One of the lineages with upregulated extracellular matrix organization implants to the metastatic site and subsequently colonizes to a secondary tumor. Overall, spaTrack greatly facilitates trajectory inference from spatial transcriptomics, providing insights in cell differentiation of broad areas.
1
Citation3
0
Save
0

MEMS reservoir computing system with stiffness modulation for multi-scene data processing at the edge

Xiaowei Guo et al.Jun 24, 2024
Abstract Reservoir computing (RC) is a bio-inspired neural network structure which can be implemented in hardware with ease. It has been applied across various fields such as memristors, and electrochemical reactions, among which the micro-electro-mechanical systems (MEMS) is supposed to be the closest to sensing and computing integration. While previous MEMS RCs have demonstrated their potential as reservoirs, the amplitude modulation mode was found to be inadequate for computing directly upon sensing. To achieve this objective, this paper introduces a novel MEMS reservoir computing system based on stiffness modulation, where natural signals directly influence the system stiffness as input. Under this innovative concept, information can be processed locally without the need for advanced data collection and pre-processing. We present an integrated RC system characterized by small volume and low power consumption, eliminating complicated setups in traditional MEMS RC for data discretization and transduction. Both simulation and experiment were conducted on our accelerometer. We performed nonlinearity tuning for the resonator and optimized the post-processing algorithm by introducing a digital mask operator. Consequently, our MEMS RC is capable of both classification and forecasting, surpassing the capabilities of our previous non-delay-based architecture. Our method successfully processed word classification, with a 99.8% accuracy, and chaos forecasting, with a 0.0305 normalized mean square error (NMSE), demonstrating its adaptability for multi-scene data processing. This work is essential as it presents a novel MEMS RC with stiffness modulation, offering a simplified, efficient approach to integrate sensing and computing. Our approach has initiated edge computing, enabling emergent applications in MEMS for local computations.
Load More