Withdrawal Statement The authors have withdrawn their manuscript owing to potential issues with the qRT-PCR data and issues with accessing some of the raw data from one of the authors (FAIR principle requirements). Therefore, the authors do not wish this work to be cited as reference for the project. If you have any questions, please contact the corresponding author.

Summary Rice yellow mottle virus (RYMV) causes one of the most devastating rice diseases in Africa. Management of RYMV is challenging. Genetic resistance provides the most effective and environment-friendly control. The recessive resistance locus rymv2 ( OsCPR5 . 1 ) had been identified in African rice ( O. glaberrima ), however, introgression into O. sativa ssp. japonica and indica remains challenging due to crossing barriers. Here, we evaluated whether CRISPR/Cas9 genome editing of the two rice nucleoporin paralogs OsCPR5 . 1 ( RYMV2 ) and OsCPR5 . 2 can be used to introduce RYMV resistance into the japonica variety Kitaake. Both paralogs had been shown to complement the defects of the Arabidopsis atcpr5 mutant, indicating partial redundancy. Despite striking sequence and structural similarities between the two paralogs, only o scpr5 . 1 loss-of-function mutants were fully resistant, while loss-of-function oscpr5 . 2 mutants remained susceptible, intimating that OsCPR5 . 1 plays a specific role in RYMV susceptibility. Notably, edited lines with short in-frame deletions or replacements in the N-terminal domain (predicted to be unstructured) of OsCPR5 . 1 were hypersusceptible to RYMV. In contrast to mutations in the single Arabidopsis AtCPR5 gene, which caused severely dwarfed plants, oscpr5 . 1 and oscpr5 . 2 single knockout mutants show neither substantial growth defects nor symptoms indicative of programmed cell death, possibly reflecting functional redundancy of the isoforms regarding other important functions. The specific editing of OsCPR5 . 1 , while maintaining OsCPR5 . 2 activity, provides a promising strategy for generating RYMV-resistance in elite Oryza sativa lines as well as for effective stacking with other RYMV resistance genes or other traits.

Abstract Bacterial leaf blight (BB) of rice, caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae ( Xoo ), threatens global food security and the livelihood of small-scale rice producers. Analyses of Xoo collections from Asia, Africa and the Americas demonstrated surprising continental segregation, despite robust global rice trade. Here, we report unprecedented BB outbreaks in Tanzania. The causative strains, unlike endemic Xoo , carry Asian-type TAL effectors targeting the sucrose transporter SWEET11a and suppressing Xa1 . Phylogenomics clustered these strains with Xoo strains from China. African rice varieties do not carry suitable resistance genes. To protect African rice production against this emerging threat, we developed a hybrid CRISPR-Cas9/Cpf1 system to edit six TALe-binding elements in three SWEET promoters of the East African elite variety Komboka. The edited lines show broad-spectrum resistance against Asian and African strains of Xoo , including strains recently discovered in Tanzania. This strategy could help to protect global rice crops from BB pandemics.