The estimation of risk of recurrence for patients with colon carcinoma must be improved. A robust immune score quantification is needed to introduce immune parameters into cancer classification. The aim of the study was to assess the prognostic value of total tumour-infiltrating T-cell counts and cytotoxic tumour-infiltrating T-cells counts with the consensus Immunoscore assay in patients with stage I-III colon cancer.An international consortium of 14 centres in 13 countries, led by the Society for Immunotherapy of Cancer, assessed the Immunoscore assay in patients with TNM stage I-III colon cancer. Patients were randomly assigned to a training set, an internal validation set, or an external validation set. Paraffin sections of the colon tumour and invasive margin from each patient were processed by immunohistochemistry, and the densities of CD3+ and cytotoxic CD8+ T cells in the tumour and in the invasive margin were quantified by digital pathology. An Immunoscore for each patient was derived from the mean of four density percentiles. The primary endpoint was to evaluate the prognostic value of the Immunoscore for time to recurrence, defined as time from surgery to disease recurrence. Stratified multivariable Cox models were used to assess the associations between Immunoscore and outcomes, adjusting for potential confounders. Harrell's C-statistics was used to assess model performance.Tissue samples from 3539 patients were processed, and samples from 2681 patients were included in the analyses after quality controls (700 patients in the training set, 636 patients in the internal validation set, and 1345 patients in the external validation set). The Immunoscore assay showed a high level of reproducibility between observers and centres (r=0·97 for colon tumour; r=0·97 for invasive margin; p<0·0001). In the training set, patients with a high Immunoscore had the lowest risk of recurrence at 5 years (14 [8%] patients with a high Immunoscore vs 65 (19%) patients with an intermediate Immunoscore vs 51 (32%) patients with a low Immunoscore; hazard ratio [HR] for high vs low Immunoscore 0·20, 95% CI 0·10-0·38; p<0·0001). The findings were confirmed in the two validation sets (n=1981). In the stratified Cox multivariable analysis, the Immunoscore association with time to recurrence was independent of patient age, sex, T stage, N stage, microsatellite instability, and existing prognostic factors (p<0·0001). Of 1434 patients with stage II cancer, the difference in risk of recurrence at 5 years was significant (HR for high vs low Immunoscore 0·33, 95% CI 0·21-0·52; p<0·0001), including in Cox multivariable analysis (p<0·0001). Immunoscore had the highest relative contribution to the risk of all clinical parameters, including the American Joint Committee on Cancer and Union for International Cancer Control TNM classification system.The Immunoscore provides a reliable estimate of the risk of recurrence in patients with colon cancer. These results support the implementation of the consensus Immunoscore as a new component of a TNM-Immune classification of cancer.French National Institute of Health and Medical Research, the LabEx Immuno-oncology, the Transcan ERAnet Immunoscore European project, Association pour la Recherche contre le Cancer, CARPEM, AP-HP, Institut National du Cancer, Italian Association for Cancer Research, national grants and the Society for Immunotherapy of Cancer.

Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

Abstract Enzymatic and non‐enzymatic treatments for antigen unmasking on formalin‐fixed, paraffin‐embedded, dewaxed sections were optimized and compared by the use of a panel of antibodies of diagnostic relevance (anti‐cytokeratins, vimentin. S‐100. T‐ and B‐cell receptors, Ki‐67/MIB 1, muscle actin). Non‐enzymatic unmasking was obtained by boiling the slides in a microwave oven in 0.01 M salt solution (pH 6) or in 6 M urea. Trypsin or pronase digestion was used for comparison and found to be necessary for some of the reagents. The investigation was then extended to 256 antibodies; the epitopic amino acid sequence was known for 48 of them. We found that enzymatic and non‐enzymatic antigen unmasking are not dependent on the epitope sequence, but some antigens benefit selectively from one treatment but not from the other. Denaturation of proteins is the likely mechanism which leads to immunodetection on microwave oven‐boiled slides; this suggestion is supported by the use of denaturating solutions and by the observation that endogenous enzymes were inactivated and a few antigens were no longer immunodetectable after boiling. Non‐enzymatic methods for antigen unmasking are a powerful new tool for broadening the use of antibodies for immunostaining formalin‐fixed, paraffin‐embedded sections and should be used in parallel with the traditional enzymatic methods.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

Head and neck cancers, including those of the lip and oral cavity, nasal cavity, paranasal sinuses, oropharynx, larynx and nasopharynx represent nearly 700,000 new cases and 380,000 deaths worldwide per annum, and account for over 10,000 annual deaths in the United States alone. Improvement in outcomes are needed for patients with recurrent and or metastatic squamous cell carcinoma of the head and neck (HNSCC). In 2016, the US Food and Drug Administration (FDA) granted the first immunotherapeutic approvals - the anti-PD-1 immune checkpoint inhibitors nivolumab and pembrolizumab - for the treatment of patients with recurrent squamous cell carcinoma of the head and neck (HNSCC) that is refractory to platinum-based regimens. The European Commission followed in 2017 with approval of nivolumab for treatment of the same patient population, and shortly thereafter with approval of pembrolizumab monotherapy for the treatment of recurrent or metastatic HNSCC in adults whose tumors express PD-L1 with a ≥ 50% tumor proportion score and have progressed on or after platinum-containing chemotherapy. Then in 2019, the FDA granted approval for PD-1 inhibition as first-line treatment for patients with metastatic or unresectable, recurrent HNSCC, approving pembrolizumab in combination with platinum and fluorouracil for all patients with HNSCC and pembrolizumab as a single agent for patients with HNSCC whose tumors express a PD-L1 combined positive score ≥ 1. These approvals marked the first new therapies for these patients since 2006, as well as the first immunotherapeutic approvals in this disease. In light of the introduction of these novel therapies for the treatment of patients with head and neck cancer, The Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) formed an expert committee tasked with generating consensus recommendations for emerging immunotherapies, including appropriate patient selection, therapy sequence, response monitoring, adverse event management, and biomarker testing. These consensus guidelines serve as a foundation to assist clinicians' understanding of the role of immunotherapies in this disease setting, and to standardize utilization across the field for patient benefit. Due to country-specific variances in approvals, availability and regulations regarding the discussed agents, this panel focused solely on FDA-approved drugs for the treatment of patients in the U.S.

Abstract. Drought is a natural hazard that can cause a wide range of impacts affecting the environment, society, and the economy. Providing an impact assessment and reducing vulnerability to these impacts for regions beyond the local scale, spanning political and sectoral boundaries, requires systematic and detailed data regarding impacts. This study presents an assessment of the diversity of drought impacts across Europe based on the European Drought Impact report Inventory (EDII), a unique research database that has collected close to 5000 impact reports from 33 European countries. The reported drought impacts were classified into major impact categories, each of which had a number of subtypes. The distribution of these categories and types was then analyzed over time, by country, across Europe and for particular drought events. The results show that impacts on agriculture and public water supply dominate the collection of drought impact reports for most countries and for all major drought events since the 1970s, while the number and relative fractions of reported impacts in other sectors can vary regionally and from event to event. The analysis also shows that reported impacts have increased over time as more media and website information has become available and environmental awareness has increased. Even though the distribution of impact categories is relatively consistent across Europe, the details of the reports show some differences. They confirm severe impacts in southern regions (particularly on agriculture and public water supply) and sector-specific impacts in central and northern regions (e.g., on forestry or energy production). The protocol developed thus enabled a new and more comprehensive view on drought impacts across Europe. Related studies have already developed statistical techniques to evaluate the link between drought indices and the categorized impacts using EDII data. The EDII is a living database and is a promising source for further research on drought impacts, vulnerabilities, and risks across Europe. A key result is the extensive variety of impacts found across Europe and its documentation. This insight can therefore inform drought policy planning at national to international levels.

Highlights•SCCs show chromosome or methylation alterations affecting multiple related genes•These regulate squamous stemness, differentiation, growth, survival, and inflammation•Copy-quiet SCCs have hypermethylated (FANCF, TET1) or mutated (CASP8, MAPK-RAS) genes•Potential targets include ΔNp63, WEE1, IAPs, PI3K-mTOR/MAPK, and immune responsesSummaryThis integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.Graphical abstract

Despite pre-clinical murine data supporting T regulatory (Treg) cell depletion as a major mechanism by which anti-CTLA-4 antibodies function in vivo, the two main antibodies tested in patients (ipilimumab and tremelimumab) have failed to demonstrate similar effects. We report analogous findings in an immunocompetent murine model humanized for CTLA-4 and Fcy receptors (hCTLA-4/hFcyR mice), where both ipilimumab and tremelimumab fail to show appreciable Treg depletion. Immune profiling of the tumor microenvironment (TME) in both mice and human samples revealed upregulation of the inhibitory Fcy receptor, FcyRIIB, which limits the ability of the antibody Fc fragment of human anti-CTLA-4 antibodies to induce effective antibody dependent cellular cytotoxicty/phagocytosis (ADCC/ADCP). Blocking FcyRIIB in humanized mice rescues Treg depleting capacity and anti-tumor activity of ipilimumab. For another target, CC motif chemokine receptor 8 (CCR8), which is selectively expressed on tumor infiltrating Tregs, we show that Fc engineering to enhance binding to activating Fc receptors, while limiting binding to the inhibitory Fc receptor, leads to consistent Treg depletion and single-agent activity across multiple tumor models, including B16, MC38 and MB49. These data reveal the importance of reducing engagement to the inhibitory Fc receptor to optimize Treg depletion by TME targeting antibodies. Our results define the inhibitory FcyRIIB receptor as a novel immune checkpoint limiting antibody-mediated Treg depletion in tumors, and demonstrate Fc variant engineering as a means to overcome this limitation and augment efficacy for a repertoire of antibodies currently in use or under clinical evaluation in oncology.