Superspreading events shaped the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, and their rapid identification and containment are essential for disease control. Here, we provide a national-scale analysis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) superspreading during the first wave of infections in Austria, a country that played a major role in initial virus transmissions in Europe. Capitalizing on Austria's well-developed epidemiological surveillance system, we identified major SARS-CoV-2 clusters during the first wave of infections and performed deep whole-genome sequencing of more than 500 virus samples. Phylogenetic-epidemiological analysis enabled the reconstruction of superspreading events and charts a map of tourism-related viral spread originating from Austria in spring 2020. Moreover, we exploited epidemiologically well-defined clusters to quantify SARS-CoV-2 mutational dynamics, including the observation of low-frequency mutations that progressed to fixation within the infection chain. Time-resolved virus sequencing unveiled viral mutation dynamics within individuals with COVID-19, and epidemiologically validated infector-infectee pairs enabled us to determine an average transmission bottleneck size of 103 SARS-CoV-2 particles. In conclusion, this study illustrates the power of combining epidemiological analysis with deep viral genome sequencing to unravel the spread of SARS-CoV-2 and to gain fundamental insights into mutational dynamics and transmission properties.

Abstract Superspreading events shape the COVID-19 pandemic. Here we provide a national-scale analysis of SARS-CoV-2 outbreaks in Austria, a country that played a major role for virus transmission across Europe and beyond. Capitalizing on a national epidemiological surveillance system, we performed deep whole-genome sequencing of virus isolates from 576 samples to cover major Austrian SARS-CoV-2 clusters. Our data chart a map of early viral spreading in Europe, including the path from low-frequency mutations to fixation. Detailed epidemiological surveys enabled us to calculate the effective SARS-CoV-2 population bottlenecks during transmission and unveil time-resolved intra-patient viral quasispecies dynamics. This study demonstrates the power of integrating deep viral genome sequencing and epidemiological data to better understand how SARS-CoV-2 spreads through populations. Graphical Abstract

Abstract In 2022, Austria experienced a severe respiratory syncytial virus (RSV) epidemic with an earlier-than-usual start and increased numbers of paediatric patients in emergency departments. Nationwide multiyear genomic surveillance revealed that the surge was driven by RSV-B, however genotypes consisted of multiple lineages that were circulating prior to the pandemic.

By March, 2023, 54 countries, areas, and territories (hereafter CAT) in the WHO European Region had reported more than 2·2 million COVID-19-related deaths to the WHO Regional Office for Europe. Here, we estimated how many lives were directly saved by vaccinating adults in the WHO European Region from December, 2020, to March, 2023.

Zusammenfassung Seit dem Jahr 2023 ist der langwirksame monoklonale RSV(Respiratory Syncytial Virus)-Antikörper Nirsevimab in der EU zugelassen, der eine 75–80 %ige Effektivität zur Reduktion schwerer RSV-Infektionen mit oder ohne Hospitalisierung bewiesen hat. Ein österreichischer Expertinnenkreis diskutierte zu fünft und anschließend in mehreren Delphi-Runden diese signifikante Verbesserung der RSV-Prophylaxe (Palivizumab fünf Injektionen monatlich über die Saison nur für Risikokinder verglichen mit Einmalgabe von Nirsevimab). Es bestand Konsens, dass alle Kinder diesen Schutz ab Oktober/November vor Beginn oder während der Saison bis März des Folgejahres erhalten sollen. Die ÖGKJ fordert aufgrund des derzeitigen Wissensstandes, dass alle Neugeborenen und Säuglinge vor einer schweren RSV-Infektion in der ersten Saison geschützt werden, Risikokinder in Einzelfällen auch über eine 2. Saison, und empfiehlt zur Prophylaxe von RSV-Infektionen die Gabe von Nirsevimab, sofern die Kindesmutter keinen RSV-Impfstoff während der Schwangerschaft erhalten hat. Diese Empfehlungen können sich ändern, wenn mehr Daten zur Effektivität bei Risikokindern vorliegen.

Highlights•Whether combined administration of vaccines can significantly impact immunogenicity and reactogenicity is still debated.•Immunogenicity after co-administration of NVX-CoV2601 with PCV20 was non-inferior to NVX-CoV2601 alone.•Safety and reactogenicity was similar between the NVX-CoV2601-alone group and the combination group.•Our findings suggest that combined vaccination is a viable strategy.AbstractObjectivesThere is conflicting evidence as to whether the combined administration of two vaccines can lead to poorer immunogenicity and reactogenicity. The co-administration of the Omicron-adapted COVID-19 vaccine from Novavax (NVX-CoV2601) and a 20-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV20) has not been previously investigated.MethodsIn this randomised, double-blind, placebo-controlled, non-inferiority trial, immunocompetent participants aged ≥60 years were randomised in a 1:1:1:1 ratio to four groups: NVX-CoV2601 plus PCV20 (combination group); NVX-CoV2601 plus placebo (NVX-only group); PCV20 plus placebo (PCV20-only group); or placebo plus placebo (placebo group). The primary outcome was Omicron-specific anti-spike protein IgG ELISA units at day 28 in the combination group compared with the NVX-only group. Non-inferiority was established if the lower limit of the two-sided 95% CI of the geometric mean titre ratio was above the non-inferiority margin of 0.67. Secondary outcomes included anti-pneumococcal capsular polysaccharide (PCP) IgG ELISA units. Solicited local and systemic adverse events were collected for 7 days after vaccination. This study was registered with ClinicalTrials.gov, number NCT05767606, and the EU Clinical Trials Register, EudraCT number 2022-004118-12.ResultsAll 256 randomised participants completed the study. The baseline characteristics were similar in the four groups. Overall, the median age was 64 (IQR 61 to 69) and 105 (41%) of 256 were male. At day 28, the geometric mean anti-spike protein IgG ELISA units were 534U/mL (95% CI 432-660) in the combination group and 556U/mL (95% CI 460-672) in the NVX-only group, resulting in a geometric mean titre ratio of 0.96 (95% CI 0.73-1.27), thereby meeting the criteria for non-inferiority.Anti-PCP IgG ELISA units at day 28 were 507U/mL (95% CI 416-619) in the combination group and 592U/mL (95% CI 485-723) in the PCV20-only group. Local and systemic reactogenicity was similar in the three active treatment groups. No safety concerns or serious adverse events were observed.ConclusionsImmunogenicity following co-administration of NVX-CoV2601 with PCV20 was non-inferior to administration of NVX-CoV2601 alone. Given the similar safety and reactogenicity profile, our findings may help to overcome concerns about concomitant vaccination and pave the way for combination vaccines.FundingNovavax.Graphical abstract