Abstract Horseshoe bats are the natural hosts of the Sarbecovirus subgenus that includes SARS-CoV-1 and 2. Despite the devastating impacts of the COVID-19 pandemic, there is still little known about the underlying epidemiology and virology of sarbecoviruses in their natural hosts, leaving large gaps in our pandemic preparedness. Here we describe the results of PCR testing for sarbecoviruses in the two horseshoe bat species ( Rhinolophus hipposideros and R. ferrumequinum ) present in Great Britain, collected in 2021-22 during the peak of COVID-19 pandemic. One hundred and ninety seven R. hipposideros samples from 33 roost sites and 277 R. ferremequinum samples from 20 roost sites were tested. No coronaviruses were detected in any samples from R. ferrumequinum whereas 44% and 56% of individual and pooled (respectively) faecal samples from R. hipposideros across multiple roost sites tested positive in a sarbecovirus-specific qPCR. Full genome sequences were generated from three of the positive samples (and partial genomes from two more) using Illumina RNAseq on unenriched samples. Phylogenetic analyses showed that the obtained sequences belong to the same monophyletic clade, with >95% similarity, as previously reported European isolates from R. hipposideros . The sequences differed in the presence or absence of accessory genes ORF 7b, 9b and 10. All lacked the furin cleavage site of SARS-CoV-2 spike gene and are therefore unlikely to be infective for humans. These results demonstrate a lack, or at least low incidence, of SARS-CoV-2 spill over from humans to susceptible GB bats, and confirm that sarbecovirus infection is widespread in R. hipposideros . Despite frequently sharing roost sites with R. ferrumequinum , no evidence of cross-species transmission was found.

Repeat spill over of SARS-CoV-2 into new hosts has highlighted the critical role of cross species transmission of coronaviruses and establishment of new reservoirs of virus in pandemic and epizootic spread of coronaviruses. Species particularly susceptible to SARS-CoV-2 spill-over include Mustelidae (mink, ferrets and related animals) and cricetid rodents (hamsters and related animals). These predispositions led us to screen British wildlife with sarbecovirus specific qPCR and pan coronavirus PCR assays for SARS-CoV-2 using samples collected during the human pandemic to establish if widespread spill-over was occurring. Fourteen wildlife species (n=402) were tested, including : 2 Red Foxes (Vulpes vulpes), 101 Badgers (Meles meles), 2 wild American Mink (Neovison vison), 41 Pine Marten (Martes martes), 2 Weasels (Mustela nivalis), 7 Stoats (Mustela erminea), 108 Water Voles (Arvicola amphibius), 39 Bank voles (Myodes glareolous), 10 Field Voles ( Microtus agrestis), 15 Wood Mice (Apodemus sylvaticus), 1 Common Shrew (Sorex aranaeus), 2 Pygmy Shrews (Sorex minutus), 2 Hedgehogs (Erinaceus europaeus) and 75 Eurasian Otters (Lutra lutra). No cases of SARS-CoV-2 were detected in any animals, however a novel minacovirus related to mink and ferret alphacoronaviruses was detected in stoats recently introduced to the Orkney Islands. This group of viruses is of interest due to pathogenicity in ferrets. The impact of this virus on the health of stoat populations remains to be established.

Abstract The positive relationship between biodiversity and beaver‐modified habitats such as ponds, dams, and canals has been demonstrated; however, the association between biodiversity and beaver lodges is rarely investigated. Due to increasing habitat fragmentation, there is a growing need to identify local biodiversity hotspots. This systematic review assessed current scientific knowledge concerning the association between beaver lodges and biodiversity. Specifically, the study aimed to 1) investigate the evidence for beaver lodges being local biodiversity hotspots; 2) identify areas of future research centred around the relationship between biodiversity and beaver lodges; and 3) provide recommendations on how to monitor the relationship between biodiversity and beaver lodges within the UK. Through a stepwise process of database searching and literature sorting, a final dataset of 35 articles emerged, with each article including at least one species, besides beavers, interacting with beaver lodges. Analysis of the final dataset of articles showed beaver lodges offer multiple uses and fitness benefits for several species in highly seasonal environments, with daily and seasonal visitor variation influenced by intraspecific and interspecific interactions. Beaver lodges were shown to have higher species richness and diversity compared to microhabitats in the surrounding areas, supporting the concept of beaver lodges being local biodiversity hotspots. We recommend that future studies use videographic methodology to monitor beaver lodges and other treatment groups in the surrounding area. Using the described methodology, beaver management plans should monitor beaver lodges across the northern hemisphere, helping to further understand these important local biodiversity hotspots.