Abstract We report a retrospectively identified fatal case of severe fever with thrombocytopenia syndrome (SFTS) in South Korea from 2012. SFTS virus was isolated from the stored blood of the patient. Phylogenetic analysis revealed this isolate was closely related to SFTS virus strains from China and Japan.

BackgroundThe Global Point Prevalence Survey (Global-PPS) established an international network of hospitals to measure antimicrobial prescribing and resistance worldwide. We aimed to assess antimicrobial prescribing and resistance in hospital inpatients.MethodsWe used a standardised surveillance method to collect detailed data about antimicrobial prescribing and resistance from hospitals worldwide, which were grouped by UN region. The internet-based survey included all inpatients (adults, children, and neonates) receiving an antimicrobial who were on the ward at 0800 h on one specific day between January and September, 2015. Hospitals were classified as primary, secondary, tertiary (including infectious diseases hospitals), and paediatric hospitals. Five main ward types were defined: medical wards, surgical wards, intensive-care units, haematology oncology wards, and medical transplantation (bone marrow or solid transplants) wards. Data recorded included patient characteristics, antimicrobials received, diagnosis, therapeutic indication according to predefined lists, and markers of prescribing quality (eg, whether a stop or review date were recorded, and whether local prescribing guidelines existed and were adhered to). We report findings for adult inpatients.FindingsThe Global-PPS for 2015 included adult data from 303 hospitals in 53 countries, including eight lower-middle-income and 17 upper-middle-income countries. 86 776 inpatients were admitted to 3315 adult wards, of whom 29 891 (34·4%) received at least one antimicrobial. 41 213 antimicrobial prescriptions were issued, of which 36 792 (89·3%) were antibacterial agents for systemic use. The top three antibiotics prescribed worldwide were penicillins with β-lactamase inhibitors, third-generation cephalosporins, and fluoroquinolones. Carbapenems were most frequently prescribed in Latin America and west and central Asia. Of patients who received at least one antimicrobial, 5926 (19·8%) received a targeted antibacterial treatment for systemic use, and 1769 (5·9%) received a treatment targeting at least one multidrug-resistant organism. The frequency of health-care-associated infections was highest in Latin America (1518 [11·9%]) and east and south Asia (5363 [10·1%]). Overall, the reason for treatment was recorded in 31 694 (76·9%) of antimicrobial prescriptions, and a stop or review date in 15 778 (38·3%). Local antibiotic guidelines were missing for 7050 (19·2%) of the 36 792 antibiotic prescriptions, and guideline compliance was 77·4%.InterpretationThe Global-PPS showed that worldwide surveillance can be accomplished with voluntary participation. It provided quantifiable measures to assess and compare the quantity and quality of antibiotic prescribing and resistance in hospital patients worldwide. These data will help to improve the quality of antibiotic prescribing through education and practice changes, particularly in low-income and middle-income countries that have no tools to monitor antibiotic prescribing in hospitals.FundingbioMérieux.

Background. Blood levels of voriconazole, a first line therapy for invasive aspergillosis, may correlate with adverse events and treatment response. However, no randomized controlled studies have been conducted to evaluate the clinical utility of routine therapeutic drug monitoring (TDM) of voriconazole. This study aimed to determine whether routine TDM of voriconazole reduces drug adverse events or improves treatment response in invasive fungal infections. Methods. This was a randomized, assessor-blinded, controlled, single center trial. One hundred ten adult patients were randomly assigned to TDM or non-TDM groups. In the TDM group, voriconazole dosage was adjusted (target range, 1.0–5.5 mg/L) according to the serum trough level measured on the fourth day after initiation of voriconazole. The non-TDM group received a fixed, standard dosage. Voriconazole-related adverse events were monitored, and treatment response was assessed three months after the initiation of therapy. Results. Baseline characteristics including the CYP2C19 genotype were comparable between the two groups. While the incidence of adverse events was not different between the TDM group and the non-TDM group (both 42%; P = .97), the proportion of voriconazole discontinuation due to adverse events was significantly lower in the TDM group than in the non-TDM group (4% vs 17%; P = .02). A complete or partial response was observed in 81% (30 of 37) of patients in the TDM group compared to 57% (20 of 34) in the non-TDM group (P = .04). Conclusions. Routine TDM of voriconazole may reduce drug discontinuation due to adverse events and improve the treatment response in invasive fungal infections. Clinical Trial Registration. NCT00890708.

Background: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-infected pneumonia emerged in Wuhan, China in December 2019.In this retrospective multicenter study, we investigated the clinical course and outcomes of novel coronavirus disease 2019 (COVID-19) from early cases in Republic of Korea.Methods: All of the cases confirmed by real time polymerase chain reaction were enrolled from the 1st to the 28th patient nationwide.Clinical data were collected and analyzed for changes in clinical severity including laboratory, radiological, and virologic dynamics during the progression of illness.Results: The median age was 40 years (range, 20-73 years) and 15 (53.6%) patients were male.The most common symptoms were cough (28.6%) and sore throat (28.6%), followed by fever (25.0%).Diarrhea was not common (10.7%).Two patients had no symptoms.Initial chest X-ray (CXR) showed infiltration in 46.4% of the patients, but computed tomography scan confirmed pneumonia in 88.9% (16/18) of the patients.Six patients (21.4%) required

Abstract We investigated the kinetics of the Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) neutralizing and spike protein antibody titers over the course of 1 year in 11 patients who were confirmed by reverse transcription PCR to have been infected during the outbreak in South Korea in 2015. Robust antibody responses were detected in all survivors who had severe disease; responses remained detectable, albeit with some waning, for <1 year. The duration of viral RNA detection (but not viral load) in sputum significantly correlated with the antibody response magnitude. The MERS S1 ELISA antibody titers correlated well with the neutralizing antibody response. Antibody titers in 4 of 6 patients who had mild illness were undetectable even though most had evidence of pneumonia. This finding implies that MERS-CoV seroepidemiologic studies markedly underestimate the extent of mild and asymptomatic infection. Obtaining convalescent-phase plasma with high antibody titers to treat MERS will be challenging.

Novel coronavirus (SARS-CoV-2) is found to cause a large outbreak started from Wuhan since December 2019 in China and SARS-CoV-2 infections have been reported with epidemiological linkage to China in 25 countries until now.We isolated SARS-CoV-2 from the oropharyngeal sample obtained from the patient with the first laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection in Korea.Cytopathic effects of SARS-CoV-2 in the Vero cell cultures were confluent 3 days after the first blind passage of the sample.Coronavirus was confirmed with spherical particle having a fringe reminiscent of crown on transmission electron microscopy.Phylogenetic analyses of whole genome sequences showed that it clustered with other SARS-CoV-2 reported from Wuhan.

Clinical Progression and Cytokine Profiles of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus InfectionClinical progression over time and cytokine profiles have not been well defined in patients with Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) infection.We included 17 patients with laboratory-confirmed MERS-CoV during the 2015 outbreak in Korea.Clinical and laboratory parameters were collected prospectively.Serum cytokine and chemokine levels in serial serum samples were measured using enzyme-linked immunosorbent assay.All patients presented with fever.The median time to defervescence was 18 days.Nine patients required oxygen supplementation and classified into severe group.In the severe group, chest infiltrates suddenly began to worsen around day 7 of illness, and dyspnea developed at the end of the first week and became apparent in the second week.Median time from symptom onset to oxygen supplementation was 8 days.The severe group had higher neutrophil counts during week 1 than the mild group (4,500 vs. 2,200/µL, P = 0.026).In the second week of illness, the severe group had higher serum levels of IL-6 (54 vs. 4 pg/mL, P = 0.006) and CXCL-10 (2,642 vs. 382 pg/mL, P < 0.001).IFN-α response was not observed in mild cases.Our data shows that clinical condition may suddenly deteriorate around 7 days of illness and the serum levels of IL-6 and CXCL-10 was significantly elevated in MERS-CoV patients who developed severe diseases.

ABSTRACT Acquired somatic mutations in hematopoietic stem and progenitor cells (clonal hematopoiesis or CH) are associated with advanced age, increased risk of cardiovascular and malignant diseases, and decreased overall survival. 1–4 These adverse sequelae may be mediated by altered inflammatory profiles observed in patients with CH. 2,5,6 A pro-inflammatory immunologic profile is also associated with worse outcomes of certain infections, including SARS-CoV-2 and its associated disease Covid-19. 7,8 Whether CH predisposes to severe Covid-19 or other infections is unknown. Among 515 individuals with Covid-19 from Memorial Sloan Kettering (MSK) and the Korean Clonal Hematopoiesis (KoCH) consortia, we found that CH was associated with severe Covid-19 outcomes (OR=1.9, 95%=1.2-2.9, p=0.01). We further explored the relationship between CH and risk of other infections in 14,211 solid tumor patients at MSK. CH was significantly associated with risk of Clostridium Difficile (HR=2.0, 95% CI: 1.2-3.3, p=6×10 −3 ) and Streptococcus/Enterococcus infections (HR=1.5, 95% CI=1.1-2.1, p=5×10 −3 ). These findings suggest a relationship between CH and risk of severe infections that warrants further investigation.

Abstract In six of seven severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) patients, V H clonotypes, encoded by either immunoglobin heavy variable (IGHV)3-53 or IGHV3-66 and immunoglobin heavy joining (IGHJ)6, were identified in IgG 1 , IgA 1 , and IgA 2 subtypes, with minimal mutations, and could be paired with diverse light chains, resulting in binding to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). Because most human antibodies against the RBD neutralized the virus by inhibiting host cell entry, we selected one of these clonotypes and demonstrated that it could potently inhibit viral replication. Interestingly, these V H clonotypes pre-existed in six of 10 healthy individuals, predominantly as IgM isotypes, which could explain the expeditious and stereotypic development of these clonotypes among SARS-CoV-2 patients.

Middle East Respiratory Syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a coronavirus that infects both humans and dromedary camels and is responsible for an ongoing outbreak of severe respiratory illness in humans in the Middle East. While some mutations found in camel-derived MERS-CoV strains have been characterized, the majority of natural variation found across MERS-CoV isolates remains unstudied. Here we report on the environmental stability, replication kinetics and pathogenicity of several diverse isolates of MERS-CoV as well as SARS-CoV-2 to serve as a basis of comparison with other stability studies. While most of the MERS-CoV isolates exhibited similar stability and pathogenicity in our experiments, the camel derived isolate, C/KSA/13, exhibited reduced surface stability while another camel isolate, C/BF/15, had reduced pathogenicity in a small animal model. These results suggest that while betacoronaviruses may have similar environmental stability profiles, individual variation can influence this phenotype, underscoring the importance of continual, global viral surveillance.