FC
Frédérique Cerqueira
Author with expertise in DNA Barcoding for Food Authentication and Fraud Detection
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(50% Open Access)
Cited by:
411
h-index:
11
/
i10-index:
12
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

“Divergence and gene flow history at two large chromosomal inversions involved in long-snouted seahorse ecotype formation”

Laura Meyer et al.Jul 4, 2023
Abstract Chromosomal inversions can play an important role in divergence and reproductive isolation by building and maintaining distinct allelic combinations between evolutionary lineages. Alternatively, they can take the form of balanced polymorphisms that segregate within populations over time until one arrangement becomes fixed. Many questions remain about how these different inversion polymorphisms arise, how the mechanisms responsible for their long-term maintenance interact, and ultimately how they contribute to speciation. The long-snouted seahorse ( Hippocampus guttulatus ) is known to be subdivided into partially isolated lineages and marine-lagoon ecotypes differentiated by structural variation. Here, we aim to characterise these differences along the entire genome, and to reconstruct their history and role in ecotype formation. We generated a near chromosome-level reference genome assembly and described genome-wide patterns of diversity and divergence through the analysis of 112 whole-genome sequences from Atlantic, Mediterranean, and Black Sea populations. Combined with linked-read sequencing data, we found evidence for two megabase-scale chromosomal inversions showing contrasted allele frequency patterns across the species range. We reveal that these inversions represent ancient intraspecific polymorphisms, one being likely maintained by divergent selection, and the other by associative overdominance. Haplotype combinations characterising Mediterranean ecotypes also suggest the existence of potential interactions between the two inversions, possibly driven by environment-dependent fitness effects. Lastly, we detected gene flux eroding divergence between inverted alleles at varying levels between the two inversions, with a likely impact on their long-term dynamics.
1
Citation2
0
Save
0

Falling shoulders ahead: adaptive alien genes are maintained amid vanishing introgression footprint in sea squirts

Fanny Touchard et al.Jan 1, 2023
Human transport of species across oceans disrupts natural dispersal barriers and facilitates hybridisation between previously allopatric species. The recent introduction of the North Pacific sea squirt, Ciona robusta, into the native range of the North Atlantic sea squirt, C. intestinalis, is a good example of this outcome. Recent studies have revealed an adaptive introgression, in a single chromosomal region, from the introduced into the native species. Here, we monitored this adaptive introgression over time, examining both the frequency of adaptive alien genes at the core and the hitchhiking footprint in the shoulders of the introgression island, by studying a thousand Ciona spp. individuals collected in 22 ports of the contact zone, 14 of which were sampled 20 generations apart. For that purpose, we developed a KASP multiplex genotyping approach, which proved effective in identifying native, non-indigenous and hybrid individuals and in detecting introgressed haplotypes. Adaptive alien genes were detected where they had been found 20 generations ago, as well as in some newly sampled ports. The core region of the introgression, where the frequency of C. robusta alleles is the highest and locally adaptive genes must be, remains stable in both space and time. In contrast, we observed an erosion of C. robusta ancestry tracts in flanking chromosomal shoulders on the edges of the core, consistent with the second phase of a local sweep and a purge of incompatible introgressed alleles. Our study reveals how the shoulders of an adaptive introgression island fall over time after the initial sweep.
17

Marine transmissible cancer navigates urbanised waters, threatening to spillover

M. Hammel et al.Apr 16, 2023
Abstract Transmissible cancer, a unique form of microparasites that spreads through direct transmission of living cancer cells, is increasingly reported in marine bivalves. In this study, we sought to understand the ecology of the propagation of Mytilus trossulus Bivalve Transmissible Neoplasia 2 (MtrBTN2), a transmissible cancer affecting four Mytilus mussel species worldwide. We investigated the prevalence of MtrBTN2 in the mosaic hybrid zone of M. edulis and M. galloprovincialis along the French Atlantic coast, sampling contrasting natural and anthropogenic habitats. We observed a similar prevalence in both species, likely due to the proximity of the two species in this region. Our results showed that ports had higher prevalence of MtrBTN2, with a hotspot observed at a shuttle landing dock. No cancer was found in natural beds except for two sites around the hotspot, suggesting spillover. Ports may provide favourable conditions for the transmission of MtrBTN2, such as high mussel density, confined sheltered shores, or buffered temperatures. Ships may also spread the disease through biofouling, with maritime traffic being the best predictor of MtrBTN2 prevalence. Our results suggest ports may serve as epidemiological hubs, with maritime routes providing artificial gateways for MtrBTN2 propagation. This highlights the importance of preventing biofouling on docks and ships’ hulls to limit the spread of marine pathogens.