AT
Akira Tomioka
Author with expertise in Mass Spectrometry Techniques with Proteins
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
2
(50% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
3
/
i10-index:
1
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

One thousand samples per day capillary-flow LC/MS/MS for high-speed, high-sensitivity and in-depth proteomics

Ayana Tomioka et al.Jun 7, 2023
+8
K
A
A
Abstract We developed a capillary-flow LC/MS/MS system with ultrahigh speed, enabling a throughput of 1,000 samples per day while maintaining high sensitivity and depth of analysis. In targeted LC/MS mode, 36 endogenous phosphopeptides in HeLa cells, including EphA2- derived phosphopeptide isomers, were successfully quantified with high selectivity and linearity by combining ion mobility separation. When 500 ng of HeLa cell digest was measured 100 times repeatedly in data-dependent acquisition mode, the coefficient of variation of retention time, peak intensity and number of identified peptides were on average 3.4%, 19.8%, and 6.0%, respectively. In data-independent acquisition mode, this system achieved the identification and quantification of 3,139 protein groups from a 100 ng HeLa cell digest and 2,145 protein groups from a sample of only 10 ng. The coefficient of variation of protein commonly quantified in the triplicate analysis ranged from 12 to 24% for HeLa digest samples ranging from 10 to 1000 ng. Finally, we applied this high-speed system to the spatial proteomics of the mouse brain, and succeeded in capturing the proteome distribution along a 96-sectioned brain structure in 135 minutes. This is the first LC/MS/MS system to achieve both more than 500 samples per day and more than 3000 identified protein groups ID with less than 100 ng human cultured cells simultaneously.
0
Citation3
0
Save
0

Absence of Paneth Cell Metaplasia to Predict Clinical Relapse in Ulcerative Colitis with Endoscopically Quiescent Mucosa

Kazuki Horiuchi et al.Aug 7, 2024
+8
H
M
K