PR
Paula Rezende‐Teixeira
Author with expertise in Advances in Metabolomics Research
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(100% Open Access)
Cited by:
1
h-index:
12
/
i10-index:
17
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Uncovering Metabolic Alterations in HCT-116 Colon Cancer Cells upon Exposure to Bamboo Leaf Extract obtained from Guadua incana Londoño

Luis Chitiva et al.Jun 23, 2024
+8
P
M
L
Metabolic alterations are increasingly recognized as important aspects of colorectal cancer (CRC), offering potential avenues for identifying therapeutic targets. Previous studies have demonstrated the cytotoxic potential of bamboo leaf extract obtained from
0
Citation1
0
Save
1

A Taxonomically-informed Mass Spectrometry Search Tool for Microbial Metabolomics Data

Simone Zuffa et al.Jul 20, 2023
+106
C
N
S
Abstract MicrobeMASST, a taxonomically-informed mass spectrometry (MS) search tool, tackles limited microbial metabolite annotation in untargeted metabolomics experiments. Leveraging a curated database of >60,000 microbial monocultures, users can search known and unknown MS/MS spectra and link them to their respective microbial producers via MS/MS fragmentation patterns. Identification of microbial-derived metabolites and relative producers, without a priori knowledge, will vastly enhance the understanding of microorganisms’ role in ecology and human health.
0

Optimizing the detection of biological signals through a semi-automated feature selection tool

Gabriel Arini et al.Aug 9, 2024
+9
R
L
G
Abstract Untargeted metabolomics is often used in studies that aim to trace the metabolic profile in a broad context, with the data-dependent acquisition (DDA) mode being the most commonly used method. However, this approach has the limitation that not all detected ions are fragmented in the data acquisition process, in addition to the lack of specificity regarding the process of fragmentation of biological signals. The present work aims to extend the detection of biological signals and contribute to overcoming the fragmentation limits of the DDA mode with a dynamic procedure that combines experimental and in silico approaches. Metabolomic analysis was performed on three different species of actinomycetes using liquid chromatography coupled to mass spectrometry. The data obtained were preprocessed by the MZmine software and processed by the custom package, RegFilter. RegFilter allowed the coverage of the entire chromatographic run and the selection of precursor ions for fragmentation that were previously missed in DDA mode. Most of the ions selected by the tool could be annotated through three levels of annotation, presenting biological relevant candidates. In addition, the tool offers the possibility of creating local spectral libraries curated according to the user’s interests. Thus, the adoption of a dynamic analysis flow using RegFilter allowed for detection optimization of biological signals, previously absent in the DDA mode. In addition, this workflow enables the creation and search of in-house tailored custom libraries.
0

Characterization of a marine bacteria through a novel metabologenomics approach

Gabriel Arini et al.Aug 11, 2024
+17
E
T
G
Abstract Exploiting microbial natural products is a key pursuit of the bioactive compound discovery field. Recent advances in modern analytical techniques have increased the volume of microbial genomes and their encoded biosynthetic products measured by mass spectrometry-based metabolomics. However, connecting multi-omics data to uncover metabolic processes of interest is still challenging. This results in a large portion of genes and metabolites remaining unannotated. Further exacerbating the annotation challenge, databases and tools for annotation and omics integration are scattered, requiring complex computations to annotate and integrate omics datasets. Here we performed a two-way integrative analysis combining genomics and metabolomics data to describe a new approach to characterize the marine bacterial isolate BRA006 and to explore its biosynthetic gene cluster (BGC) content as well as the bioactive compounds detected by metabolomics. We described BRA006 genomic content and structure by comparing Illumina and Oxford Nanopore MinION sequencing approaches. Digital DNA:DNA hybridization (dDDH) taxonomically assigned BRA006 as a potential new species of the Micromonospora genus. Starting from LC-ESI(+)-HRMS/MS data, and mapping the annotated enzymes and metabolites belonging to the same pathways, our integrative analysis allowed us to correlate the compound Brevianamide F to a new BGC, previously assigned to other function.