A genomic database of all Earth's eukaryotic species could contribute to many scientific discoveries; however, only a tiny fraction of species have genomic information available. In 2018, scientists across the world united under the Earth BioGenome Project (EBP), aiming to produce a database of high-quality reference genomes containing all ~1.5 million recognized eukaryotic species. As the European node of the EBP, the European Reference Genome Atlas (ERGA) sought to implement a new decentralised, equitable and inclusive model for producing reference genomes. For this, ERGA launched a Pilot Project establishing the first distributed reference genome production infrastructure and testing it on 98 eukaryotic species from 33 European countries. Here we outline the infrastructure and explore its effectiveness for scaling high-quality reference genome production, whilst considering equity and inclusion. The outcomes and lessons learned provide a solid foundation for ERGA while offering key learnings to other transnational, national genomic resource projects and the EBP.

Animals and their associated microbiomes share a long evolutionary history, influenced by a complex interplay between extrinsic environmental and intrinsic host factors. However, we know little about microbiome responses to long-lasting environmental and host-centred processes, which require studying microbiome changes through time. Here, we apply a temporal metagenomics approach to dental calculus, the calcified oral microbial biofilm. We establish dental calculus as a valuable tool for the study of host microbiome evolution by characterising the taxonomic and functional composition of the oral microbiome in a variety of wild mammals. We detect oral pathogens in individuals with evidence of oral disease, assemble near-complete bacterial genomes from historical specimens, characterise antibiotic resistance genes even before the advent of industrial antibiotic production, reconstruct components of the host diet and recover host genetic profiles. Our work demonstrates how dental calculus can be used in the future to study the evolution of oral microbiomes and pathogens, and the impact of anthropogenic changes on wildlife and the environment.

Abstract Following the advent of industrial-scale antibiotics production in the 1940s, antimicrobial resistance (AMR) has been on the rise and now poses a major global health threat. Because AMR can be exchanged between humans, livestock and wildlife, evaluating the potential of wild animals to act as AMR reservoirs is essential. We used shotgun metagenomics sequencing of dental calculus, the calcified form of the oral microbial biofilm, to determine the abundance and repertoire of AMR genes in the oral microbiome of Swedish brown bears from museum specimens collected over the last 200 years. Our temporal metagenomics approach allowed us to establish a baseline of natural AMR in the pre-antibiotics era and to quantify a significant increase in total AMR load and diversity of AMR genes that is correlated with human antibiotics use. We also demonstrated that Swedish public health policies were effective in limiting AMR spillover into wildlife.