Progress in genome sequencing now enables the large-scale generation of reference genomes. Various international initiatives aim to generate reference genomes representing global biodiversity. These genomes provide unique insights into genomic diversity and architecture, thereby enabling comprehensive analyses of population and functional genomics, and are expected to revolutionize conservation genomics.

A genomic database of all Earth's eukaryotic species could contribute to many scientific discoveries; however, only a tiny fraction of species have genomic information available. In 2018, scientists across the world united under the Earth BioGenome Project (EBP), aiming to produce a database of high-quality reference genomes containing all ~1.5 million recognized eukaryotic species. As the European node of the EBP, the European Reference Genome Atlas (ERGA) sought to implement a new decentralised, equitable and inclusive model for producing reference genomes. For this, ERGA launched a Pilot Project establishing the first distributed reference genome production infrastructure and testing it on 98 eukaryotic species from 33 European countries. Here we outline the infrastructure and explore its effectiveness for scaling high-quality reference genome production, whilst considering equity and inclusion. The outcomes and lessons learned provide a solid foundation for ERGA while offering key learnings to other transnational, national genomic resource projects and the EBP.

Abstract Genetic monitoring of populations currently attracts interest in the context of the Convention on Biological Diversity but needs long-term planning and investments. Genetic diversity has been largely neglected in biodiversity monitoring, and when addressed is treated separately, detached from other conservation issues, such as habitat alteration due to climate change. Genetic monitoring supports the conservation and management of fisheries, game, and threatened populations. It also can contribute to the assessment of predicted and realized impacts of climate change, and their management. We report the first accounting of genetic monitoring efforts among countries in Europe (their ‘genetic monitoring capacity’, GMC) to determine where GMC suggests the combination of national infrastructure, political support and resources for continued and expanded monitoring. Overlaying GMC with areas where species ranges approach current and future climate niche limits (i.e., niche marginality) helps identify whether GMC coincides with anticipated climate change effects on biodiversity. Our analysis suggests that country area extent, financial resources, and conservation policy influence GMC, high values of which inconsistently match joint species patterns of climate niche marginality. Populations at niche margins likely hold genetic diversity that is important to adaptation to changing climate, and our results illuminate the need in Europe for expanded genetic monitoring across the climate gradients occupied by species, a need arguably greatest in southeastern European countries.

Red fox, Vulpes vulpes , is a globally distributed species characterized by its high adaptability to diverse habitats and a broad range of food resources. This remarkable adaptability has allowed the red fox to thrive in various environments, from urban areas to remote wilderness. In this study, we used a set of microsatellite markers for the comparative genetic analysis of red fox populations from two countries. We included populations from the Eastern Alps and the northern Dinaric Mountains in Slovenia, as well as the Central Dinaric Mountains in Bosnia and Herzegovina. We successfully isolated DNA and genotyped 118 red fox samples. Our analyses, which included Bayesian clustering techniques, revealed a weak genetic differentiation among the studied populations. However, it is noteworthy that statistically significant differences in estimates of genetic differentiation were only apparent when comparing the populations between the two countries. Further spatial genetic clustering analyses provided additional insights, unveiling a differentiation into four genetic clusters. These clusters comprised two distinct groups in Bosnia and Herzegovina and two in Slovenia. This pattern of differentiation suggests that isolation by distance is a key factor influencing the genetic structure of the red fox in this studied region. Additionally, our findings highlighted that populations from the Alps and northern Dinaric Mountains exhibit higher genetic diversity and observed heterozygosity compared to their counterparts in the Central Dinaric Mountains. The genetic diversity is also notable when compared to other European red fox populations. Studying genetic diversity is crucial for the resilience and adaptability of populations, ensuring their survival amid environmental changes and human-induced pressures.

The common tern (Sterna hirundo) is a migratory seabird experiencing a decline in breeding pairs across several European populations due to various threats, including habitat destruction and human disturbance. This study investigates the population genetic structure and diversity of common terns sampled extensively across three European areas-Northern, Southern Inland and Southern Marine-during the breeding seasons, using 18 microsatellite markers and a mitochondrial DNA control region fragment. High genetic diversity was found in both types of markers, with the Southern Marine group showing the lowest overall diversity, although signals of possible population bottlenecks were detected in all groups. Various analyses indicated that population genetic structure was weak or absent, suggesting high gene flow among groups. The low genetic differentiation is likely influenced by distinct migration patterns, particularly between Southern Inland and Marine groups. Our results suggest that geographical distance between breeding colonies had minimal effect on population genetic structure. Further studies with tracking devices are needed to clarify how migration dynamics impacts genetic structure in common terns, while conservation efforts should focus on securing multiple breeding sites and currently unoccupied areas to increase options for habitat selection, supporting the species' genetic diversity and long-term resilience.