3554 Background: Lymphocyte-activation gene 3 (LAG-3) is an immunosuppressive signal, impairing T effector (Teff) activation. Pre-clinical studies suggest LAG-3 inhibition promotes anti-tumor immunity by enhancing Teff function. Correlative studies linked increased LAG-3 levels with reduced overall survival (OS) in CRC. These data prompted optimism that combined LAG-3/PD-1 inhibition might promote anti-tumor responses in MSS CRC. Methods: We conducted a phase 2 study of nivolumab (Nivo) (aPD1)/relatlimab (Rela) (aLAG3) in patients with previously treated advanced MSS CRC. This study enrolled patients onto 1 of 3 arms. Arms A and B used a Composite PD-L1 and acellular Mucin (CPM) score to define patients as CPM(+) in Arm A (CPM≥ 15%) and CPM(-) in Arm B (CPM< 15%). Patients in Arm A and B received Nivo 480mg/Rela 160mg IV q4 weeks. Arm C enrolled patients without biomarker selection who received Nivo 480mg/Rela 960mg or Rela 480mg/Nivo 480mg. The primary endpoint was objective response, and each arm was powered to detect an objective response rate (ORR) of ≥20%. Results: Fifty nine evaluable patients were enrolled (Arm A: 12, Arm B: 15, Arm C: 32). Patient characteristics and responses are outlined. Treatment was well tolerated with no new safety signals over aPD1 alone. Three (5%) patients achieved a partial response (PR), 6 (10%) stable disease (SD), and 50 with progression of disease (PD) as best response. The median progression-free survival was (Arm A: 2.2 mo., Arm B: 2.8 mo., Arm C: 2.6 mo.) while median OS was (Arm A: 4.3 mo., Arm B: 14.2 mo., Arm C: 12.4 mo.). In N=6 patients with lung-only metastases, 2 (33%) experienced a PR, and 1 (17%) a SD, for a clinical benefit rate of 50%. The trial incorporated translational correlates. We will report mass cytometry on PBMCs, RNAseq on baseline biopsies, and imaging mass cytometry on pre- and on-treatment biopsies. Conclusions: This combination did not meet the primary endpoint of 20% ORR for any of the 3 cohorts, but there was intriguing possible activity in patients with lung only metastases, consistent with emerging data. Clinical trial information: NCT03642067 .

4117 Background: Intrahepatic cholangiocarcinoma (iCCA) is subclassified by the presence or absence of potentially actionable molecular alterations, of which IDH1 mutations and FGFR2 fusions and rearrangements are most frequently observed. Little is known about the relationship between molecular features of iCCAs and the tumor immune microenvironment (TME). Methods: We performed a high-parameter immune phenotyping of the TME of FGFR2 fusion/rearrangement positive (FGFR2+), IDH1 mutation positive (IDH1+), and FGFR2/IDH1 wild type iCCA samples at the single-cell level using CO-Detection by indEXing (CODEX). Neighborhood analysis was based on a k-nearest-neighbors approach followed by k-means clustering to identify the spatial location of each cell type and their proximity to one another. Simplified spatial networks specific to molecular subtypes were generated based on the shortest Euclidean distances from any given cell to all other cell types. Results: A total of 24 tumors were examined (n=7 FGFR2+, n=9 IDH1+, n=8 other). Compared to other molecular subtypes, FGFR2+ tumors had an immune-desert phenotype characterized by a reduced abundance of CD8+ T cells (p < 0.05), CD117+ mast cells (p < 0.05), and CD68+/CD163+ macrophages (p < 0.05) but with an increased number of CD11b+/CD15+ granulocytes (p < 0.05). IDH1+ tumors were characterized by a decreased amount of CD11b+/CD15+ granulocytes (p < 0.05) when compared to other subtypes. In terms of spatial analysis, CD4+ T cells were located further from tumor cells in FGFR2+ iCCA compared to IDH1+ iCCA (p < 0.05) and other molecular subtypes (p=0.05). In contrast, CD11b+/CD15+ granulocytes were located closer to tumor cells in FGFR2+ tumors (p < 0.05). Additionally, closer neighbor proximity between CD4+ T cells and CD11b+/CD15+ granulocytes was observed in FGFR2+ tumors compared to both IDH1+ tumors (p < 0.05) and other tumor subtypes (p = 0.05), indicating a stronger lymphoid–myeloid neighboring relationship in the TME of FGFR2+ iCCA. Conclusions: FGFR2+ and IDH1+ iCCAs have distinct immunophenotypes, providing initial evidence that molecular alterations may inform the selection of patients for immunotherapy. Both the quantity of immune cells as well as the spatial relationships between immune cells may influence iCCA prognosis and response to therapy. Tailoring immunotherapeutic approaches to specific molecular subsets may improve outcomes across the divergent molecularly defined iCCA subtypes.

Fibrolamellar hepatocellular carcinoma (FLC) is a rare form of primary liver cancer that predominantly affects adolescents and young adults with no history of cirrhosis. Surgical resection is a potentially curative treatment option, but the optimal duration of surveillance after a potentially curative surgical resection is not known. Here, we present a case of a patient with FLC who developed a recurrence of FLC nearly two decades after resection of the primary tumor. Although the optimal duration of imaging surveillance for FLC is not known, this case report provides initial evidence that long-term surveillance in patients with FLC who have received curative intent surgery is warranted.

Neoadjuvant immunotherapy is thought to produce long-term remissions through induction of antitumor immune responses before removal of the primary tumor. Tertiary lymphoid structures (TLS), germinal center-like structures that can arise within tumors, may contribute to the establishment of immunological memory in this setting, but understanding of their role remains limited. Here, we investigated the contribution of TLS to antitumor immunity in hepatocellular carcinoma (HCC) treated with neoadjuvant immunotherapy. We found that neoadjuvant immunotherapy induced the formation of TLS, which were associated with superior pathologic response, improved relapse free survival, and expansion of the intratumoral T and B cell repertoire. While TLS in viable tumor displayed a highly active mature morphology, in areas of tumor regression we identified an involuted TLS morphology, which was characterized by dispersion of the B cell follicle and persistence of a T cell zone enriched for ongoing antigen presentation and T cell-mature dendritic cell interactions. Involuted TLS showed increased expression of T cell memory markers and expansion of CD8+ cytotoxic and tissue resident memory clonotypes. Collectively, these data reveal the circumstances of TLS dissolution and suggest a functional role for late-stage TLS as sites of T cell memory formation after elimination of viable tumor.

Abstract Aberrant alternative splicing can generate neoantigens, which can themselves stimulate immune responses and surveillance. Previous methods for quantifying splicing-derived neoantigens are limited by independent references and potential batch effects. Here, we introduce SpliceMutr, a bioinformatics approach and pipeline for identifying splicing derived neoantigens from tumor and normal data. SpliceMutr facilitates the identification of tumor-specific antigenic splice variants, predicts MHC-binding affinity, and estimates splicing antigenicity scores per gene. By applying this tool to genomic data from The Cancer Genome Atlas (TCGA), we generate splicing-derived neoantigens and neoantigenicity scores per sample and across all cancer types and find numerous correlations between splicing antigenicity and well-established biomarkers of anti-tumor immunity. Notably, carriers of mutations within splicing machinery genes have higher splicing antigenicity, which provides support for our approach. Further analysis of splicing antigenicity in cohorts of melanoma patients treated with mono-or combined immune checkpoint inhibition suggest that the abundance of splicing antigens is reduced post-treatment from baseline in patients who progress, likely because of an immunoediting process. We also observe increased splicing antigenicity in responders to immunotherapy, which may relate to an increased capacity to mount an immune response to splicing-derived antigens. We find the splicing antigenicity to be higher in tumor samples when compared to normal, that mutations in the splicing machinery result in increased splicing antigenicity in some cancers, and higher splicing antigenicity is associated with positive response to immune checkpoint inhibitor therapies. Further, this new computational pipeline provides novel analytical capabilities for splicing antigenicity and is openly available for further immuno-oncologic analysis.