We have previously described strong associations between frailty, a measure of physiologic reserve initially described and validated in geriatrics, and early hospital readmission as well as delayed graft function. The goal of this study was to estimate its association with postkidney transplantation (post-KT) mortality. Frailty was prospectively measured in 537 KT recipients at the time of transplantation between November 2008 and August 2013. Cox proportional hazards models were adjusted for confounders using a novel approach to substantially improve model efficiency and generalizability in single-center studies. We precisely estimated the confounder coefficients using the large sample size of the Scientific Registry of Transplantation Recipients (n = 37 858) and introduced these into the single-center model, which then estimated the adjusted frailty coefficient. At 5 years, the survivals were 91.5%, 86.0% and 77.5% for nonfrail, intermediately frail and frail KT recipients, respectively. Frailty was independently associated with a 2.17-fold (95% CI: 1.01-4.65, p = 0.047) higher risk of death. In conclusion, regardless of age, frailty is a strong, independent risk factor for post-KT mortality, even after carefully adjusting for many confounders using a novel, efficient statistical approach.

Abstract The pathogenesis of antibodies in severe alcoholic hepatitis (SAH) remains unknown. We sought to determine if there was antibody deposition in SAH livers and whether antibodies extracted from SAH livers were cross-reactive against both bacterial antigens and human proteins. We analyzed immunoglobulins (Ig) in explanted livers from SAH patients (n=45) undergoing liver transplantation and tissue from corresponding healthy donors (HD, n=10) and found massive deposition of IgG and IgA isotype antibodies associated with complement fragment C3d and C4d staining in ballooned hepatocytes in SAH livers. Ig extracted from SAH livers, but not patient serum exhibited hepatocyte killing efficacy in an antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC) assay. Employing human proteome arrays, we profiled the antibodies extracted from explanted SAH, alcoholic cirrhosis (AC), nonalcoholic steatohepatitis (NASH), primary biliary cholangitis (PBC), autoimmune hepatitis (AIH), hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus (HCV) and HD livers and found that antibodies of IgG and IgA isotypes were highly accumulated in SAH and recognized a unique set of human proteins as autoantigens. The use of an E. coli K12 proteome array revealed the presence of unique anti- E. coli antibodies in SAH, AC or PBC livers. Further, both Ig and E. coli captured Ig from SAH livers recognized common autoantigens enriched in several cellular components including cytosol and cytoplasm (IgG and IgA), nucleus, mitochondrion and focal adhesion (IgG). Except IgM from PBC livers, no common autoantigen was recognized by Ig and E. coli captured Ig from AC, HBV, HCV, NASH or AIH suggesting no cross-reacting anti- E. coli autoantibodies. The presence of cross-reacting anti-bacterial IgG and IgA autoantibodies in the liver may participate in the pathogenesis of SAH.

Abstract Waste from dairy production is one of the world’s largest sources of contamination from antimicrobial resistant bacteria (ARB) and genes (ARGs). However, studies to date do not provide necessary evidence to inform antimicrobial resistance (AMR) countermeasures. We undertook a detailed, interdisciplinary, longitudinal analysis of dairy slurry waste. The slurry contained a population of ARB and ARGs, with resistances to current, historical and never-used on-farm antibiotics; resistances were associated with Gram-negative and Gram-positive bacteria and mobile elements (IS Ecp1 , Tn 916 , Tn 21 -family transposons). Modelling and experimental work suggested that these populations are in dynamic equilibrium, with microbial death balanced by fresh input. Consequently, storing slurry without further waste input for at least 60 days was predicted to reduce ARB spread onto land, with >99% reduction in cephalosporin resistant Escherichia coli . The model also indicated that for farms with low antibiotic use, further reductions are unlikely to reduce AMR further. We conclude that the slurry tank is a critical point for prevalence and control of AMR, and that measures to limit the spread of AMR from dairy waste should combine responsible antibiotic use, including low total quantity, avoidance of human critical antibiotics, and choosing antibiotics with shorter half-lives, coupled with appropriate slurry storage.

Targeted protein degradation using heterobifunctional Proteolysis-Targeting Chimeras (PROTACs) or molecular glues has arisen as a powerful therapeutic modality for degrading disease targets. While PROTAC design is becoming more modular and straightforward, the discovery of novel molecular glue degraders has been more challenging. While several recent studies have showcased phenotypic screening and counter-screening approaches to discover new molecular glue degraders, mechanistically elucidating the ternary complex induced by the small molecule that led to the initial phenotype, i.e. identifying the degraded target and relevant components of the ubiquitin-proteasome system, has remained cumbersome and laborious. To overcome these obstacles, we have coupled the screening of a covalent ligand library for anti-proliferative effects in leukemia cells with quantitative proteomic and chemoproteomic approaches to rapidly discover both novel covalent molecular glue degraders and their associated ternary complex components and anti-proliferative mechanisms. We have identified a cysteine-reactive covalent ligand EN450 that impairs leukemia cell viability in a NEDDylation and proteasome-dependent manner. Chemoproteomic profiling revealed covalent interaction of EN450 with an allosteric C111 in the E2 ubiquitin ligase UBE2D. Follow-up quantitative proteomic profiling revealed the proteasome-mediated degradation of the oncogenic transcription factor NFKB1 as a putative degradation target. Subsequent validation studies demonstrated that EN450 induced the ternary complex formation between UBE2D and NFKB1 and that both UBE2D and NFKB1 were important for the anti-proliferative mechanisms of EN450. Our study thus puts forth the discovery of a novel molecular glue degrader that uniquely induced the proximity of an E2 ligase with a transcription factor to induce its degradation and anti-proliferative effects in cancer cells. Taken more broadly, our study showcases a rapid and modular approach for discovering novel covalent molecular glue degraders and their respective ternary complex components in an unbiased fashion.