Drugs that provide the splice of life Motor neurons relay signals from the nervous system to muscle fibers. In patients with spinal muscular atrophy, a protein required for the survival of these neurons is deficient or missing altogether, so the neurons gradually die and the patients' muscles waste away. The disease is currently untreatable. Naryshkin et al. discovered small-molecule drugs that cause cells to produce the missing protein by altering how a specific mRNA is put together, or “spliced” (see the Perspective by Vigevani and Valcárcel). When the researchers used the drugs to treat diseased mice, the mice showed marked improvement in muscle mass, motor function, and survival. Science , this issue p. 688 ; see also p. 624

Abstract Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) revolutionised our understanding of disease biology and presented the promise of transforming translational research. We developed Besca , a toolkit that streamlines scRNA-seq analyses according to current best practices. A standard workflow covers quality control, filtering, and clustering. Two complementary Besca modules, utilizing hierarchical cell signatures or supervised machine learning, automate cell annotation and provide harmonised nomenclatures across studies. Subsequently, Besca enables estimation of cell type proportions in bulk transcriptomics studies. Using multiple heterogeneous scRNA-seq datasets we show how Besca aids acceleration, interoperability, reusability, and interpretability of scRNA-seq data analysis, crucial aspects in translational research and beyond.

Tardigrades are among the most stress tolerant animals and survived even unassisted exposure to space in low earth orbit. Still, the adaptations leading to these unusual physiological features remain unclear. Even the phylogenetic position of this phylum within the Ecdysozoa is under debate. Complete genome sequences might help to address these questions as genomic adaptations can be revealed and phylogenetic reconstructions can be based on new markers. Here, we present a first draft genome of a species from the family Milnesiidae, namely Milnesium tardigradum. We consistently place M. tardigradum and the two previously sequenced Hypsibiidae species, Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus, as sister group of the nematodes with the arthropods as outgroup. Based on this placement, we identify a massive gene loss thus far attributed to the nematodes which predates their split from the tardigrades. We provide a comprehensive catalog of protein domain expansions linked to stress response and show that previously identified tardigrade-unique proteins are erratically distributed across the genome of M. tardigradum. We suggest alternative pathways to cope with high stress levels that are yet unexplored in tardigrades and further promote the phylum Tardigrada as a rich source of stress protection genes and mechanisms.

Abstract Motivation Analysis of alternative splicing using short-read RNA-seq data is a complex process that involves several steps: alignment of reads to the reference genome, identification of alternatively spliced features, motif discovery, analysis of RNA-protein binding near donor and acceptor splice sites, and exploratory data visualization. Results We introduce splicekit , a python package that provides a comprehensive set of tools for conducting splicing analysis. Availability and implementation https://github.com/bedapub/splicekit and over PyPI.