Mass spectrometry (MS) can deliver valuable diagnostic data that complement genomic information and allow us to increase our current knowledge of the COVID-19 disease caused by the SARS-CoV-2 virus. We developed a simple, MS-based method to specifically detect SARS-CoV-2 proteins from gargle solution samples of COVID-19 patients. The protocol consists of an acetone precipitation and tryptic digestion of proteins contained within the gargle solution, followed by a targeted MS analysis. Our methodology identifies unique peptides originating from SARS-CoV-2 nucleoprotein. Building on these promising initial results, faster MS protocols can now be developed as routine diagnostic tools for COVID-19 patients. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD019423.

Abstract Mass spectrometry (MS) can deliver valuable diagnostic data that complements genomic information and allows us to increase our current knowledge of the COVID-19 disease caused by the SARS-CoV-2 virus. We developed a simple, MS-based method to specifically detect SARS-CoV-2 proteins from gargle solution samples of COVID-19 patients. Our protocol consists of an acetone precipitation and tryptic digestion of proteins contained within the gargle solution, followed by a targeted MS analysis. Our methodology identifies unique peptides originating from SARS-CoV-2 nucleoprotein. Building on these promising initial results, faster MS protocols can now be developed as routine diagnostic tools for COVID-19 patients. Graphical Abstract Image credit (left): Gerd Altmann, Pixabay License, https://pixabay.com/illustrations/corona-coronavirus-virus-covid-19-4959447

Bladder cancer (BC) is the 12th most commonly diagnosed cancer worldwide. Although there are several well-established molecular and immunological classifications, prognostic and predictive markers for tumor cells and immune cells are still needed. Using a tissue microarray, we analyzed the expression of the chemokine CC motif ligand 5 (CCL5) by immunohistochemistry (IHC) in 175 muscle-invasive BC samples. The application of a single cutoff for the staining status of tumor cells (TCs; positive vs. negative) and immune cells (ICs; positive vs. negative) revealed 75 patients (42.9%) and 123 patients (70.3%) with CCL5-positive TCs or ICs, respectively. IHC results were associated with prognostic and predictive data. Multivariate Cox regression analysis revealed that positive CCL5 staining in TCs was associated with significantly shorter disease-specific survival (DSS; RR = 1.51; p = 0.047), but CCL5-negative ICs were associated with significantly shorter overall survival (OS; RR = 1.66; p = 0.005), DSS (RR = 2.02; p = 0.001) and recurrence-free survival (RFS; RR = 1.94; p = 0.002). Adjuvant chemotherapy was favorable for patients with CCL5-negative ICs for OS (RR = 0.30; p = 0.006), DSS (RR = 0.36; p = 0.022) and RFS (RR = 0.41; p = 0.046) but not for patients with CCL5-positive ICs, except in the subgroup of N1 + N2 patients, where it was associated with better OS. We suggest that CCL5 expression can be a prognostic and predictive marker for muscle-invasive bladder cancer patients.