Abstract A novel beta-coronavirus, SARS-CoV-2, emerged in late 2019 and rapidly spread throughout the world, causing the COVID-19 pandemic. However, the origin and direct viral ancestors of SARS-CoV-2 remain elusive. Here, we discovered a new SARS-CoV-2-related virus in Yunnan province, in 2018, provisionally named PrC31, which shares 90.7% and 92.0% nucleotide identities with SARS-CoV-2 and the bat SARSr-CoV ZC45, respectively. Sequence alignment revealed that several genomic regions shared strong identity with SARS-CoV-2, phylogenetic analysis supported that PrC31 shares a common ancestor with SARS-CoV-2. The receptor binding domain of PrC31 showed only 64.2% amino acid identity with SARS-CoV-2. Recombination analysis revealed that PrC31 underwent multiple complex recombination events within the SARS-CoV and SARS-CoV-2 sub-lineages, indicating the evolution of PrC31 from yet-to-be-identified intermediate recombination strains. Combination with previous studies revealed that the beta-CoVs may possess more complicated recombination mechanism. The discovery of PrC31 supports that bats are the natural hosts of SARS-CoV-2.

Background: Centromeres play a crucial and conserved role in cell division, although their composition and evolutionary history in green algae, the evolutionary ancestors of land plants, remains largely unknown. Results: We constructed near telomere-to-telomere (T2T) assemblies for two Trebouxiophyceae species, Chlorella sorokiniana NS4-2 and Chlorella pyrenoidosa DBH, with chromosome numbers of 12 and 13, and genome sizes of 58.11 Mb and 53.41 Mb, respectively. We identified and validated their centromere sequences using CENH3 ChIP-seq and found that, similar to humans and higher plants, the centromeric CENH3 signals of green algae display a pattern of hypomethylation. Interestingly, the centromeres of both species largely comprised transposable elements, although they differed significantly in their composition. Species within the Chlorella genus display a more diverse centromere composition, with major constituents including members of the LTR/Copia, LINE/L1, and LINE/RTEX families. This is in contrast to green algae including Chlamydomonas reinhardtii, Coccomyxa subellipsoidea, and Chromochloris zofingiensis, in which centromere composition instead has a pronounced single-element composition. Moreover, we observed significant differences in the composition and structure of centromeres among chromosomes with strong collinearity within the Chlorella genus, suggesting that centromeric sequence evolves more rapidly than sequence in non-centromeric regions. Conclusions: This study not only provides high-quality genome data for comparative genomics of green algae but gives insight into the composition and evolutionary history of centromeres in early plants, laying an important foundation for further research on their evolution.

The crucial role of Dendritic Cells (DCs) in anti-tumor immune responses depends on surface Sialic Acid (SA). The regulation of DC surface sialic acid in the Tumor Microenvironment (TME) remains underexplored. Current methods struggle to provide highly sensitive, multiplex analyses of SA and other immune protein changes in single DCs within the tumor microenvironment. Here, we employed a SERS tags method for specific and highly sensitive analysis of SA, MHCII, CD86, and CD40 in DCs using a single DC analysis microfluidic platform. We also explored the differential regulatory effects of various immune-modulating drugs and tumor supernatant on multiple immunophenotypes of DCs in different immune states. The expanded two-cell microfluidic system further allows for phenotypic analysis of DCs at different time points within the tumor microenvironment. Given this method enables highly sensitive single-cell analysis of DCs, further development of this technology for tumor microenvironment applications will aid in deeply understanding the tumor-induced suppression of DC immune function, providing valuable insights for DC-mediated tumor immunotherapy research.

Abstract High-fidelity (HiFi) sequencing has facilitated the assembly and analysis of the most repetitive region of the genome, the centromere. Nevertheless, our current understanding of human centromeres draws from a relatively small number of telomere-to-telomere assemblies, and so has not yet captured its full diversity. In this study, we investigated the genomic diversity of human centromere higher order repeats (HORs) using both HiFi reads and haplotype-resolved assemblies from hundreds of samples drawn from ongoing pangenome-sequencing projects and reprocessed using a novel HOR annotation pipeline, HiCAT-human. We use this wealth of data to provide a global survey of the centromeric HOR landscape, in particular finding that 23 HORs exhibited significant copy number variability between populations. We detected three centromere genotypes with imbalance population frequencies on each of chromosome 5, 8 and 17. An inter-assembly comparison of HOR loci further revealed that while HOR array structures are diverse, they nevertheless tend to form a number of specific landscapes, each exhibiting different levels of HOR subunit expansion and possibly reflecting a cyclical evolutionary transition from homogeneous to nested structures and back.

ABSTRACT In this study, a complete mitochondrial genome of the Strix aluco was reported for the first time, with a total length of 18,632 bp. There were 37 genes, including 22 tRNAs, 2 rRNAs, 13 protein-coding genes (PCGs), and 2 non-coding control regions (D-loop). The second-generation sequencing of the complete mitochondrial genome of the S. aluco was conducted using the Illumina platform, and then Tytoninae was used as the out-group, PhyloSuite software was applied to build the ML-tree and BI-tree of the Strigiformes, and finally, the divergence time tree was constructed using Beast2.6.7 software, the age of Miosurnia diurna fossil-bearing sediments (6.0-9.5 Ma) was set as the internal correction point. The common ancestor of the Strix was confirmed to have diverged during the Pleistocene(2.59~0.01Ma). The dramatic uplift of the Qinling Mountains in the Middle Pleistocene and the climate oscillation of the Pleistocene together caused Strix divergence between the northern and southern parts of mainland China. The isolation of glacial-interglacial rotation and glacier refuge was the main reason for the divergence of the common ancestor of the Strix uralensis and the S. aluco during this period. This study provides a reference for the evolution history of the Strix . Summary statement This study was the first time to assemble the complete mitochondrial genome of Strix aluco , and report the divergence time of Strix . A full discussion was made, and it was inferred that the uplift of the Qinling Mountains and the glacial refuge led to the differentiation of this genus.