Abstract During the COVID-19 pandemic, SARS-CoV-2 surveillance efforts integrated genome sequencing of clinical samples to identify emergent viral variants and to support rapid experimental examination of genome-informed vaccine and therapeutic designs. Given the broad range of methods applied to generate new viral genomes, it is critical that consensus and variant calling tools yield consistent results across disparate pipelines. Here we examine the impact of sequencing technologies (Illumina and Oxford Nanopore) and 7 different downstream bioinformatic protocols on SARS-CoV-2 variant calling as part of the NIH Accelerating COVID-19 Therapeutic Interventions and Vaccines (ACTIV) Tracking Resistance and Coronavirus Evolution (TRACE) initiative, a public-private partnership established to address the COVID-19 outbreak. Our results indicate that bioinformatic workflows can yield consensus genomes with different single nucleotide polymorphisms, insertions, and/or deletions even when using the same raw sequence input datasets. We introduce the use of a specific suite of parameters and protocols that greatly improves the agreement among pipelines developed by diverse organizations. Such consistency among bioinformatic pipelines is fundamental to SARS-CoV-2 and future pathogen surveillance efforts. The application of analysis standards is necessary to more accurately document phylogenomic trends and support data-driven public health responses.

Abstract Biallelic pathogenic variants in SZT2 result in a neurodevelopmental disorder with shared features, including early-onset epilepsy, developmental delay, macrocephaly, and corpus callosum abnormalities. SZT2 is as a critical scaffolding protein in the amino acid sensing arm of the mTOR signaling pathway. Due to its large size (3432 amino acids), lack of crystal structure, and absence of functional domains, it is difficult to determine the pathogenicity of SZT2 missense and in-frame deletions. We report a cohort of twelve individuals with biallelic SZT2 variants and phenotypes consistent with SZT2 -related neurodevelopmental disorder. The majority of this cohort contained one or more SZT2 variants of uncertain significance (VUS). We developed a novel individualized platform to functionally characterize SZT2 VUSs. We identified a recurrent in-frame deletion (SZT2 p.Val1984del) which was determined to be a loss-of-function variant and therefore likely pathogenic. Haplotype analysis determined this single in-frame deletion is a founder variant in those of Ashkenazi Jewish ancestry. Overall, we present a FACS-based rapid assay to distinguish pathogenic variants from VUSs in SZT2 , using an approach that is widely applicable to other mTORopathies including the most common causes of the focal genetic epilepsies, DEPDC5, TSC1/2, MTOR and NPRL2 /3.