KC
Ka Chu
Author with expertise in Impacts of Crayfish Invasions on Freshwater Ecosystems
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(50% Open Access)
Cited by:
411
h-index:
55
/
i10-index:
215
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Penaeid shrimp genome provides insights into benthic adaptation and frequent molting

Xiaojun Zhang et al.Jan 21, 2019
+30
Y
J
X
Crustacea, the subphylum of Arthropoda which dominates the aquatic environment, is of major importance in ecology and fisheries. Here we report the genome sequence of the Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei, covering ~1.66 Gb (scaffold N50 605.56 Kb) with 25,596 protein-coding genes and a high proportion of simple sequence repeats (>23.93%). The expansion of genes related to vision and locomotion is probably central to its benthic adaptation. Frequent molting of the shrimp may be explained by an intensified ecdysone signal pathway through gene expansion and positive selection. As an important aquaculture organism, L. vannamei has been subjected to high selection pressure during the past 30 years of breeding, and this has had a considerable impact on its genome. Decoding the L. vannamei genome not only provides an insight into the genetic underpinnings of specific biological processes, but also provides valuable information for enhancing crustacean aquaculture.
0
Citation404
0
Save
0

Convergent adaptation of true crabs (Decapoda: Brachyura) to a gradient of terrestrial environments

Jessica Wolfe et al.Dec 12, 2022
+20
J
L
J
Abstract For much of terrestrial biodiversity, the evolutionary pathways of adaptation from marine ancestors are poorly understood, and have usually been viewed as a binary trait. True crabs, the decapod crustacean infraorder Brachyura, comprise over 7,600 species representing a striking diversity of morphology and ecology, including repeated adaptation to non-marine habitats. Here, we reconstruct the evolutionary history of Brachyura using new and published sequences of 10 genes for 344 tips spanning 88 of 109 brachyuran families. Using 36 newly vetted fossil calibrations, we infer that brachyurans most likely diverged in the Triassic, with family-level splits in the late Cretaceous and early Paleogene. By contrast, the root age is underestimated with automated sampling of 328 fossil occurrences explicitly incorporated into the tree prior, suggesting such models are a poor fit under heterogeneous fossil preservation. We apply recently defined trait-by-environment associations to classify a gradient of transitions from marine to terrestrial lifestyles. We estimate that crabs left the marine environment at least seven and up to 17 times convergently, and returned to the sea from non-marine environments at least twice. Although the most highly terrestrial- and many freshwater-adapted crabs are concentrated in Thoracotremata, Bayesian threshold models of ancestral state reconstruction fail to identify shifts to higher terrestrial grades due to the degree of underlying change required. Lineages throughout our tree inhabit intertidal and marginal marine environments, corroborating the inference that the early stages of terrestrial adaptation have a lower threshold to evolve. Our framework and extensive new fossil and natural history datasets will enable future comparisons of non-marine adaptation at the morphological and molecular level. Crabs provide an important window into the early processes of adaptation to novel environments, and different degrees of evolutionary constraint that might help predict these pathways.
0
Paper
Citation7
0
Save
0

MicroRNA clusters integrate evolutionary constraints on expression and target affinities: the miR-6/5/4/286/3/309 cluster in Drosophila leg development

Zhe Qu et al.Jul 25, 2019
+16
W
H
Z
A striking feature of microRNAs is that they are often clustered in the genomes of animals. The functional and evolutionary consequences of this clustering remain obscure. Here, we investigated a microRNA cluster miR-6/5/4/286/3/309 that is conserved across drosophilid lineages. Small RNA sequencing revealed expression of this microRNA cluster in Drosophila melanogaster leg discs, and conditional overexpression of the whole cluster resulted in leg appendage shortening. Transgenic overexpression lines expressing different combinations of microRNA cluster members were also constructed. Expression of individual microRNAs from the cluster resulted in a normal wild-type phenotype, but either the expression of several ancient microRNAs together (miR-5/4/286/3/309) or more recently evolved clustered microRNAs (miR-6-1/2/3) can recapitulate the phenotypes generated by the whole-cluster overexpression. Screening of transgenic fly lines revealed down-regulation of leg patterning gene cassettes in generation of the leg-shortening phenotype. Furthermore, cell transfection with different combinations of microRNA cluster members revealed a suite of downstream genes targeted by all cluster members, as well as complements of targets that are unique for distinct microRNAs. Considering together the microRNA targets and the evolutionary ages of each microRNA in the cluster demonstrates the importance of microRNA clustering, where new members can reinforce and modify the selection forces on both the cluster regulation and the gene regulatory network of existing microRNAs.
0

Description of a new species of freshwater shrimp (Decapoda: Caridea: Atyidae) from Mount Danxia, Guangdong, China, based on morphological and molecular evidence

YAQIN WANG et al.Jul 3, 2024
K
K
Y
A new atyid species, Caridina danxiaensis sp. nov., is discovered from Danxia Mountain National Nature Reserve in Guangdong Province. Morphological investigations show obvious differences from any known Caridina species. It can be easily distinguished from its congeners based on distinct characteristics of the rostrum, stylocerite, and uropodal diaeresis. Genetic analysis of Caridina based on 16S rRNA gene sequences also supports the distinctiveness of the new species from all other morphologically similar species. The sequence divergence (Kimura 2-parameter model) based on this gene between the new species and its closest congener, C. clinata, was 5.7%.