Abstract Survival of living organisms is fully dependent on their maintenance of genome integrity, being permanently threatened by replication stress in proliferating cells. Although the plant DNA damage response (DDR) regulator SOG1 has been demonstrated to cope with replicative defects, accumulating evidence points to other pathways functioning independently of SOG1. Here, we have studied the role of the Arabidopsis E2FA and EF2B transcription factors, two well-characterized regulators of DNA replication, in the response to replication stress. Through a combination of reverse genetics and chromatin-immunoprecipitation approaches, we show that E2FA and E2FB share many target genes with SOG1, providing evidence for their involvement in the DDR. Analysis of double and triple mutant combinations revealed that E2FB, rather than E2FA, plays the most prominent role in sustaining growth in the presence of replicative defects, either operating antagonistically or synergistically with SOG1. Reversely, SOG1 aids in overcoming the replication defects of E2FA/E2FB-deficient plants. Our data reveal a complex transcriptional network controlling the replication stress response, in which both E2Fs and SOG1 act as key regulatory factors. ONE-SENTENCE SUMMARY The Arabidopsis E2FA and EF2B transcription factors differently contribute to the plant’s response to DNA replication defects in a cooperative way with the DNA damage response regulator SOG1.

The Anaphase Promoting Complex/Cyclosome (APC/C) controls unidirectional progression through the cell cycle by marking key cell cycle proteins for proteasomal turnover. Its activity is temporally regulated by the docking of different activating subunits, known in plants as CDC20 and CCS52. Despite the importance of the APC/C during cell proliferation, the number of identified targets in the plant cell cycle is limited. Here, we used the growth and meristem phenotypes of Arabidopsis CCS52A2-deficient plants in a suppressor mutagenesis screen to identify APC/CCCS52A2 substrates or regulators, resulting in the identification of a mutant cyclin CYCA3;4 allele. CYCA3;4 deficiency partially rescues the early ccs52a2-1 phenotypes, whereas increased CYCA3;4 levels enhances them. Furthermore, whereas CYCA3;4 proteins are promptly broken down after prophase in wild-type plants, they remain present in later stages of mitosis in ccs52a2-1 mutant plants, marking them as APC/CCCS52A2 substrates. Strikingly, CYCA3;4 overexpression results in aberrant root meristem and stomatal divisions, mimicking phenotypes of plants with reduced RBR1 activity. Correspondingly, RBR1 hyperphosphorylation was observed in CYCA3;4-overproducing plants. Our data thus demonstrate that an inability to timely destroy CYCA3;4 attributes to disorganized formative divisions, likely in part caused by the inactivation of RBR1.

SUMMARY The genomic integrity of every organism is endangered by various intrinsic and extrinsic stresses. To maintain the genomic integrity, a sophisticated DNA damage response (DDR) network is activated rapidly after DNA damage. Notably, the fundamental DDR mechanisms are conserved in eukaryotes. However, knowledge about many regulatory aspects of the plant DDR is still limited. Important, yet little understood, regulatory factors of the DDR are the long non-coding RNAs (lncRNAs). In humans, 13 lncRNAs functioning in DDR have been characterized to date, whereas no such lncRNAs have been characterized in plants yet. By meta-analysis, we identified the long intergenic n on-coding RNA induced by DNA da mage ( LINDA ) that responds strongly to various DNA double-strand break-inducing treatments, but not to replication stress induced by mitomycin C. After DNA damage, LINDA is rapidly induced in an ATM- and SOG1-dependent manner. Intriguingly, the transcriptional response of LINDA to DNA damage is similar to that of its flanking hypothetical protein-encoding gene. Phylogenetic analysis of putative Brassicales and Malvales LINDA homologs indicates that LINDA lncRNAs originate from duplication of a flanking small protein-encoding gene followed by pseudogenization. We demonstrate that LINDA is not only needed for the regulation of this flanking gene, but also for fine-tuning of the DDR after the occurrence of DNA double-strand breaks. Moreover, Δ linda mutant root stem cells are unable to recover from DNA damage, most likely due to hyper-induced cell death. SIGNIFICANT STATEMENT We unraveled the functional relevance of the first lncRNA within the DNA damage response network of Arabidopsis thaliana. This lncRNA, termed LINDA , is an important part of the DNA damage response network, as it is needed for accurate regulation of cell death and cell cycle progression.

Aluminum (Al) toxicity and inorganic phosphate (Pi) limitation are widespread chronic abiotic and mutually enhancing stresses that profoundly affect crop yield. Both stresses cause a strong inhibition of root growth, resulting from a progressive exhaustion of the stem cell niche. Here, we report on a casein kinase 2 (CK2) inhibitor identified by its capability to maintain a functional root stem cell niche under Al toxic conditions. CK2 operates through phosphorylation of the cell cycle checkpoint activator SUPPRESSOR OF GAMMA RADIATION1 (SOG1), priming its activity under DNA-damaging conditions. In addition to yielding Al tolerance, CK2 and SOG1 inactivation prevents meristem exhaustion under Pi starvation, revealing the existence of a low Pi-induced cell cycle checkpoint that depends on the DNA damage activator ATAXIA-TELANGIECTASIA MUTATED. Overall, our data reveal an important physiological role for the plant DNA damage response pathway under agriculturally limiting growth conditions, opening new avenues to cope with Pi limitation.

ABSTRACT The WEE1 and ATR kinases represent important regulators of the plant intra-S-phase checkpoint, as evidenced by the hypersensitivity of WEE1 KO and ATR KO roots to replication inhibitory drugs. Here, we report on the identification of a defective allele of the FASCIATA1 ( FAS1 ) subunit of the chromatin assembly factor 1 (CAF-1) complex as a suppressor of WEE1 - or ATR-deficient plants. We demonstrate that lack of FAS1 activity results in the activation of an ATM- and SOG1-mediated G2/M-arrest that makes the ATR and WEE1 checkpoint regulators redundant. This ATM activation accounts for telomere erosion and loss of ribosomal DNA described for the fas1 plants. Knocking out SOG1 in the fas1 wee1 background restores replication stress sensitivity, demonstrating that SOG1 plays a prominent role as secondary checkpoint regulator in plants that fail to activate the intra-S-phase checkpoint. One-Sentence Summary Lack of the chromatin assembly factor-1 subunit FAS1 results in a DNA damage response that overrules the need for replication checkpoint activators.

ABSTRACT The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) marks key cell cycle proteins for proteasomal breakdown, thereby ensuring unidirectional progression through the cell cycle. Its target recognition is temporally regulated by activating subunits, one of which is called CELL CYCLE SWITCH 52 A2 (CCS52A2). We sought to expand the knowledge of identified APC/C targets by using the severe growth phenotypes of CCS52A2 -deficient Arabidopsis thaliana plants as a readout in a suppressor mutagenesis screen, resulting in the identification of the previously undescribed gene called PIKMIN1 ( PKN1 ). PKN1 deficiency rescues the disorganized root stem cell phenotype of the ccs52a2-1 mutant, whereas an excess of PKN1 inhibits growth of ccs52a2-1 plants, indicating the importance of PKN1 abundance for proper development. Accordingly, the lack of PKN1 in a wild-type background negatively impacts cell division, while its ectopic expression promotes proliferation. PKN1 shows a cell cycle phase-dependent accumulation pattern, localizing to microtubular structures, including the preprophase band, the mitotic spindle, and phragmoplast. PKN1 is conserved throughout the plant kingdom, with its function in cell division being evolutionary conserved in the liverwort Marchantia polymorpha . Our data thus demonstrate that PKN1 represents a novel, plant-specific gene with a rate-limiting role in cell division, which is proteolytically controlled by the CCS52A2-activated APC/C. One-Sentence Summary PKN1 is a conserved plant-specific protein that is rate-limiting for cell division, likely through its interaction with microtubuli, and is proteolytically controlled by APC/C CCS52A2 .

Abstract Diatoms, an evolutionarily successful group of microalgae, display high levels of intraspecific variability in natural populations. However, the process generating such diversity is unknown. Here we estimated the variability within a natural diatom population and subsequently mapped the genomic changes arising within cultures clonally propagated from single diatom cells. We demonstrate that genome rearrangements and mitotic recombination between homologous chromosomes underlie clonal variability, resulting in haplotype diversity accompanied by the appearance of novel protein variants and loss of heterozygosity resulting in the fixation of alleles. The frequency of interhomolog mitotic recombination exceeds 4 out of 100 cell divisions and increases under environmental stress. We propose that this plastic response in the interhomolog mitotic recombination rate increases the evolutionary potential of diatoms, contributing to their ecological success. One Sentence Summary Recombination between homologous chromosomes in diatom vegetative cells leads to extensive genomic diversity in clonal populations.