Over the course of the past decade, tissue clearing methods have reached a high level of sophistication with a wide variety of approaches now available[1][1]. To image large cleared samples, light-sheet microscopes have proven to be ideal due to their excellent optical sectioning capability in

Abstract Gonadal sex determination represents a unique model for studying cell fate decisions. However, a complete understanding of the different cell lineages forming the developing testis and ovary remains elusive. Here, we investigated the origin, specification and subsequent sex-specific differentiation of a previously uncharacterized population of supporting-like cells (SLC) in the developing mouse gonads. The SLC lineage is closely related to the coelomic epithelium and specified as early as E10.5, making it the first somatic lineage to be specified in the bipotential gonad. SLC progenitors are localized within the genital ridge at the interface with the mesonephros and initially co-express Wnt4 and Sox9 . SLCs become sexually dimorphic around E12.5, progressively acquire a Sertoli- or granulosa-like identity and contribute to the formation of the rete testis and rete ovarii. Finally, we found that WNT4 is a crucial regulator of the SLC lineage and is required for the formation of the rete testis. Teaser Description of an uncharacterized multipotent gonadal cell lineage involved in testis and ovary development

Abstract The large size of imaging datasets generated by next-generation histology methods limits the adoption of those approaches in research and the clinic. We propose pAPRica (pipelines for Adaptive Particle Representation image compositing and analysis), a framework based on the Adaptive Particle Representation (APR) to enable efficient analysis of large microscopy datasets, scalable up to petascale on a regular workstation. pAPRica includes stitching, merging, segmentation, registration, and mapping to an atlas as well as visualization of the large 3D image data, achieving 100+ fold speedup in computation and commensurate data-size reduction.

Summary With the emerging role of the autophagic machinery in healthy brain development and aging, there is a pressing need to better characterize its functions in different neuronal populations, providing cellular insight into autophagy-related brain diseases. Here, we generated and characterized mice with conditional ablation of atg5 in GABAergic neurons expressing parvalbumin ( PV-atg5KO ), mostly comprising fast-spiking interneurons, as well as Purkinje cells in the cerebellum. Using light-sheet microscopy to image PV neurons throughout the brain, we reveal that autophagy is required for the sustenance of Purkinje cells but not of PV-interneurons. Yet, proteomic analysis showed that autophagy deficiency in cortical and hippocampal PV-interneurons alters the proteostasis of key synaptic proteins, as well as the surface expression of glutamate receptor subunits. Consistently, hippocampal autophagy-deficient PV-interneurons exhibit reduced inhibitory neurotransmission and PV-atg5KO mice display excitation-inhibition imbalance in the hippocampus and memory deficits. Our findings demonstrate a neuronal type-specific vulnerability to autophagy deficiency, while also identifying PV-interneurons as cellular substrates where autophagy is required for memory.

Abstract Minibrain is a spherical in vitro 3D brain organoid model, composed of a mixed population of neurons and glial cells, generated from human iPSC derived neural stem cells. Despite the advances in human brain organoid models, there is a lack of labelling and imaging methodologies to characterize these models. In this study, we present a step-by-step methodology to generate human minibrain nurseries and novel strategies to subsequently label projection neurons, perform immunohistochemistry and 3D imaging of the minibrains at large multiplexable scales. To visualize projection neurons, we adapt viral transduction and to visualize the organization of cell types we implement immunohistochemistry. To facilitate 3D imaging of minibrains, we present here pipelines and accessories for one step mounting and clearing suitable for confocal microscopy. The pipelines are specifically designed in such a way that the assays can be multiplexed with ease for large-scale screenings using minibrains. Using the pipeline, we present i. dendrite morphometric properties obtained from 3D neuron morphology reconstructions and ii. distribution and quantification of cell types in 3D across whole mount organoids.