YS
Yuanyuan Song
Author with expertise in Tuberculosis
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
14
(93% Open Access)
Cited by:
2,140
h-index:
39
/
i10-index:
97
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Real-Time PCR Quantitation of Clostridia in Feces of Autistic Children

Yuanyuan Song et al.Nov 1, 2004
ABSTRACT Based on the hypothesis that intestinal clostridia play a role in late-onset autism, we have been characterizing clostridia from stools of autistic and control children. We applied the TaqMan real-time PCR procedure to detect and quantitate three Clostridium clusters and one Clostridium species, C. bolteae , in stool specimens. Group- and species-specific primers targeting the 16S rRNA genes were designed, and specificity of the primers was confirmed with DNA from related bacterial strains. In this procedure, a linear relationship exists between the threshold cycle ( C T ) fluorescence value and the number of bacterial cells (CFU). The assay showed high sensitivity: as few as 2 cells of members of cluster I, 6 cells of cluster XI, 4 cells of cluster XIVab, and 0.6 cell of C. bolteae could be detected per PCR. Analysis of the real-time PCR data indicated that the cell count differences between autistic and control children for C. bolteae and the following Clostridium groups were statistically significant: mean counts of C. bolteae and clusters I and XI in autistic children were 46-fold ( P = 0.01), 9.0-fold ( P = 0.014), and 3.5-fold ( P = 0.004) greater than those in control children, respectively, but not for cluster XIVab (2.6 × 10 8 CFU/g in autistic children and 4.8 × 10 8 CFU/g in controls; respectively). More subjects need to be studied. The assay is a rapid and reliable method, and it should have great potential for quantitation of other bacteria in the intestinal tract.
1
Citation524
0
Save
0

Reclassification of Clostridium coccoides, Ruminococcus hansenii, Ruminococcus hydrogenotrophicus, Ruminococcus luti, Ruminococcus productus and Ruminococcus schinkii as Blautia coccoides gen. nov., comb. nov., Blautia hansenii comb. nov., Blautia hydrogenotrophica comb. nov., Blautia luti comb. nov., Blautia producta comb. nov., Blautia schinkii comb. nov. and description of Blautia wexlerae sp. nov., isolated from human faeces

Chenli Liu et al.Aug 1, 2008
Phenotypic and phylogenetic studies were performed on 15 isolates of an unidentified Gram-positive, anaerobic, non-sporulating coccobacillus-shaped bacterium isolated from human faeces. The novel organisms were catalase-negative, indole-negative and produced acetate and succinate as end products of metabolism. Comparative 16S rRNA gene sequencing demonstrated that the 15 isolates were highly related to each other and formed a hitherto unknown subline within the clostridial rRNA cluster XIVa. The novel isolates formed a robust phylogenetic group with a number of organisms which included Clostridium coccoides, Ruminococcus luti, Ruminococcus obeum and a number of other misclassified ruminococci. On the basis of these studies, a novel genus, Blautia gen. nov., is proposed. It is suggested that Clostridium coccoides, Ruminococcus hansenii, Ruminococcus hydrogenotrophicus, Ruminococcus luti, Ruminococcus productus, and Ruminococcus schinkii are transferred to this genus as Blautia coccoides gen. nov., comb. nov., Blautia hansenii comb. nov., Blautia hydrogenotrophica comb. nov., Blautia luti comb. nov., Blautia producta comb. nov. and Blautia schinkii comb. nov. One of the new isolates, the hitherto unknown coccus-shaped bacterial strain WAL 14507T (=ATCC BAA-1564T=DSM 19850T) is proposed as representing the type strain of a novel species, Blautia wexlerae sp. nov.
0
Paper
Citation342
0
Save
0

A novel efficient strategy to generate liver sinusoidal endothelial cells from human pluripotent stem cells

Shang-Ping Tian et al.Jun 15, 2024
Abstract Liver sinusoidal endothelial cells (LSECs) are highly specialized endothelial cells (ECs) that play an important role in liver development and regeneration. Additionally, it is involved in various pathological processes, including steatosis, inflammation, fibrosis and hepatocellular carcinoma. However, the rapid dedifferentiation of LSECs after culture greatly limits their use in vitro modeling for biomedical applications. In this study, we developed a highly efficient protocol to induce LSEC-like cells from human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) in only 8 days. Using single-cell transcriptomic analysis, we identified several novel LSEC-specific markers, such as EPAS1, LIFR, and NID1 , as well as several previously revealed markers, such as CLEC4M, CLEC1B, CRHBP and FCN3 . These LSEC markers are specifically expressed in our LSEC-like cells. Furthermore, hiPSC-derived cells expressed LSEC-specific proteins and exhibited LSEC-related functions, such as the uptake of acetylated low density lipoprotein (ac-LDL) and immune complex endocytosis. Overall, this study confirmed that our novel protocol allowed hiPSCs to rapidly acquire an LSEC-like phenotype and function in vitro. The ability to generate LSECs efficiently and rapidly may help to more precisely mimic liver development and disease progression in a liver-specific multicellular microenvironment, offering new insights into the development of novel therapeutic strategies.
0
Citation2
0
Save
0

Omeprazole taken once every other day can effectively prevent aspirin-induced gastrointestinal mucosal damage in rats

Junhua Weng et al.May 29, 2024
Abstract Background Proton-pump inhibitors (PPIs) prevent aspirin-associated gastric and duodenal mucosal damage. However, long-term use of PPIs can lead to various adverse reactions, such as gastric polyps and enterochromaffin-like cell hyperplasia. Current research indicates that the abovementioned adverse reactions are mainly related to hypergastrinemia. We investigated whether low-frequency administration of omeprazole could effectively repair aspirin-induced mucosal damage and reduce the increase in gastrin levels associated with long-term use of PPIs. Methods Sprague‒Dawley rats were divided into four treatment groups: daily aspirin, daily aspirin and omeprazole once every day (qd), daily aspirin and omeprazole once every other day (qod), and daily aspirin and omeprazole once every three days (1/d3). After 15 days of feeding, blood samples were collected, and the stomachs of sacrificed rats were subjected to macroscopic, histological, and immunohistochemical studies. Moreover, in clinical practice, patients with peptic ulcers caused by aspirin took a standard dose of omeprazole (20 mg) every other day. Two months later, gastroscopy was performed to examine the healing of the ulcers. Results Both the omeprazole qd and omeprazole qod administrations effectively prevented aspirin-induced gastric peptic ulcers, with no significant difference between the two groups in the inhibition of parietal cell secretion of gastric acid and cell apoptosis. However, omeprazole 1/d3 failed to completely prevent aspirin-induced gastric mucosal injury. Notably, the gastrin levels, cell proliferation ability and cholecystokinin B receptor expression of the omeprazole qd group were significantly higher than those of the omeprazole qod group. In clinical work, patients with peptic ulcers caused by aspirin were given a standard dose of omeprazole every other day, and their ulcers healed after 2 months, as observed by gastroscopy. Conclusions Omeprazole administration once every other day can effectively prevent aspirin-induced peptic ulcers and reduce hypergastrinemia, which may reduce the long-term adverse effects of PPI treatment.
0

Proficiency of phenotypic drug susceptibility testing for Mycobacterium tuberculosis in China, 2008–2021

Yuanyuan Song et al.May 29, 2024
To analyze the results of proficiency testing for anti-tuberculosis drug susceptibility testing (DST) in China. Number of laboratory participating the proficiency testing performed DST, and the sensitivity, specificity, reproducibility, and accordance rate were calculated from data of 13 rounds proficiency testing results for DST from 2008 to 2021. A total of 30 and 20 strains of Mycobacterium tuberculosis with known susceptibility results were sent to each laboratory in 2008 to 2019, 2020 and 2021, respectively. The number of participating laboratories ranged from 30 in 2009 to 546 in 2021. L-J DST was the predominant method. The specificity presented relatively higher than sensitivity. Improvement of specificity were observed for all drugs through the years, while sensitivity did not show improvement for amikacin and capreomycin. Accordance rate of pyrazinamide and kanamycin and reproducibility of capreomycin and pyrazinamide were not significantly improved through the years. Most of the participating laboratories significantly improved the quality of their DST through the consecutive rounds of proficiency testing except for second-line injectable drugs and pyrazinamide. The results highlight the importance of developing novel and/or improving existing methods for phenotypic DST for certain drugs.
1

miRNA-encoded regulatory peptides modulate cadmium tolerance and accumulation in rice

Lu Long et al.Jul 25, 2023
Abstract MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that play a vital role in plant responses to abiotic and biotic stress. Recently, it has been discovered that some primary miRNAs (pri-miRNAs) encode regulatory short peptides called miPEPs. However, the presence of miPEPs in rice, and their functions in response to abiotic stress, particularly stress induced by heavy metals, remain poorly understood. Here, we identified a functional small peptide (miPEP156e) encoded by pri-miR156e that regulates the expression of miR156 and its target SPL genes, thereby affecting miR156-mediated cadmium (Cd) tolerance in rice. Overexpression of miPEP156e led to a reduction in the accumulation of reactive oxygen species (ROS) and Cd in plants under Cd stress, resulting in improved rice Cd tolerance, as observed in miR156-overexpressing lines and seedlings treated with exogenous miPEP156e. In contrast, miPEP156e mutants displayed sensitivity to Cd stress due to the elevated accumulation of ROS and Cd. Transcriptome analysis further revealed that miPEP156e improved rice Cd tolerance by modulating Cd transporter and ROS scavenging genes. Moreover, we identified five novel miPEPs involved in regulating Cd resistance through exogenous treatment of seedlings with synthetic corresponding miPEPs. Our study provides insights into the regulatory mechanism of miPEP156e in rice response to Cd stress and demonstrates the potential of miPEPs as an effective tool for improving crop abiotic stress tolerance.
Load More