Abstract Malus hybrid ‘SH6’ (M. honanensis × M. domestica )is a commonly used apple interstock in China, known for its excellent dwarfing characteristics and cold tolerance. In this study, a combined strategy utilizing PacBio HiFi, Hi-C and parental resequencing data were employed to assemble two haploid genomes for ‘SH6’. After chromosome anchoring, the final hapH genome size was 596.63 Mb, with a contig N50 of 34.38 Mb. The hapR genome was 649.37 Mb, with a contig N50 of 36.84 Mb. Further analysis predicted that repeated sequences made up 59.69% and 62.52% of the entire genome, respectively. Gene annotations revealed 45,435 genes for hapH and 48,261 genes for hapR. Combined with genomic synteny we suggest that the hapR genome originates from its maternal parent M. domestica cv. Ralls Janet, while the hapH genome comes from its paternal parent, M. honanensis . The assembled genome significantly contributes to the discovery of genes associated with apple dwarfing and the molecular mechanisms governing them.

Abstract The ‘Red Fuji’ apple ( Malus domestica ), is one of the most important and popular economic crops worldwide in the fruit industry. Using PacBio HiFi long reads and Hi-C reads, we assembled a high-quality haplotype-resolved genome of ‘Red Fuji’, with sizes of 668.7 and 668.8 Mb, and N50 sizes of 34.1 and 31.4 Mb. About 97.2% of sequences were anchored in 34 chromosomes. We annotated both haploid genomes, identifying a total of 95,439 protein-coding genes in the two haplotype genomes, with 98% functional annotation. The haplotype-resolved genome of ‘Red Fuji’ apple stands as a precise benchmark for an array of analyses, such as comparative genomics, transcriptomics, and allelic expression studies. This comprehensive resource is paramount in unraveling variations in allelic expression, advancing quality improvements, and refining breeding efforts.

Abstract Horticultural crops comprising fruit, vegetable, ornamental, beverage, medicinal and aromatic plants play essential roles in food security and human health, as well as landscaping. With the advances of sequencing technologies, genomes for hundreds of horticultural crops have been deciphered in recent years, providing a basis for understanding gene functions and regulatory networks and for the improvement of horticultural crops. However, these valuable genomic data are scattered in warehouses with various complex searching and displaying strategies, which increases learning and usage costs and makes comparative and functional genomic analyses across different horticultural crops very challenging. To this end, we have developed a lightweight universal search engine, HortGenome Search Engine (HSE; http://hort.moilab.net ), which allows querying genes, functional annotations, protein domains, homologs, and other gene-related functional information of more than 400 horticultural crops. In addition, four commonly used tools, including ‘BLAST’, ‘Batch Query’, ‘Enrichment analysis’, and ‘Synteny Viewer’, have been developed for efficient mining and analysis of these genomic data.

Meibomian gland dysfunction (MGD), one of the most common ocular surface diseases, can induce dry eye and reduce patients' quality of life. Methodological limitations have resulted in contradictory interpretations of gland function. This study sought to investigate the correlation between meibography signal intensity (SI) and meibomian gland (MG) function and to validate an MGD classification strategy based on different levels of SI.

Road construction and strip mining in mountainous regions inevitably causes the destruction of vegetation and soil, leading to large ranges of exposed slopes. Although soil spray-sowing has become a promising method to accelerate community assembly in humid regions, the application of microbial fertilizers and shading in slope recovery during soil spray-sowing are rarely reported in dry-hot valleys. This study compared the effectiveness among artificial seeding, arch column + planting bags, and soil spray-sowing by slope restoration trials in the Yuanjiang dry-hot valley, southwest China. Additionally, we explored the effect of slope degrees, shade, and microbial fertilizers on seedling survival and growth after soil spray-sowing. Results indicated that soil spray-sowing displayed better species survival and growth performance than artificial seeding and arch column + planting bags. The richness, density, and height of seedlings dropped dramatically with the increasing of slope degrees after soil spray-sowing, especially when the slope degree was greater than 1. Although shading observably improved the species density, it inhibited the growth of Albizia julibrissin and Crotalaria pallida. Moreover, microbial fertilizers Penicillium chrysogenum and Bacillus aryabhattai markedly enhanced the density and growth of species Azadirachta Indica, Cajanus cajan, Indigofera cassioides, and Sophora xanthanth. Soil spray-sowing, combined with shading and microbial fertilizers, contributes to species survival and growth when the slope degree is less than 1.73 and the soil spray-sowing process coincides with the rainy season, which provides the theoretical basis and technical support for ecological restoration in the dry-hot river valley.