Primary Sjögren syndrome (pSS) is an autoimmune disorder characterized by ocular and oral dryness or systemic manifestations.To evaluate efficacy and harms of rituximab in adults with recent-onset or systemic pSS.Randomized, placebo-controlled, parallel-group trial conducted between March 2008 and January 2011. Study personnel (except pharmacists), investigators, and patients were blinded to treatment group. (ClinicalTrials.gov: NCT00740948).14 university hospitals in France.120 patients with scores of 50 mm or greater on at least 2 of 4 visual analogue scales (VASs) (global disease, pain, fatigue, and dryness) and recent-onset (< 10 years) biologically active or systemic pSS.Randomization (1:1 ratio) to rituximab (1 g at weeks 0 and 2) or placebo.Primary end point was improvement of at least 30 mm in 2 of 4 VASs by week 24.No significant difference between groups in the primary end point was found (difference, 1.0% [95% CI, -16.7% to 18.7%]). The proportion of patients with at least 30-mm decreases in at least two of the four VAS scores was higher in the rituximab group at week 6 (22.4% vs. 9.1%; P = 0.036). An improvement of at least 30 mm in VAS fatigue score was more common with rituximab at weeks 6 (P < 0.001) and 16 (P = 0.012), and improvement in fatigue from baseline to week 24 was greater with rituximab. Adverse events were similar between groups except for a higher rate of infusion reactions with rituximab.Low disease activity at baseline and a primary outcome that may have been insensitive to detect clinically important changes.Rituximab did not alleviate symptoms or disease activity in patients with pSS at week 24, although it alleviated some symptoms at earlier time points.

Fine mapping and bioinformatic analysis of the DDX6-CXCR5 genetic risk association in Sjogrens Disease (SjD) and Systemic Lupus Erythematosus (SLE) identified five common SNPs with functional evidence in immune cell types: rs4938573, rs57494551, rs4938572, rs4936443, rs7117261. Functional interrogation of nuclear protein binding affinity, enhancer/promoter regulatory activity, and chromatin-chromatin interactions in immune, salivary gland epithelial, and kidney epithelial cells revealed cell type-specific allelic effects for all five SNPs that expanded regulation beyond effects on DDX6 and CXCR5 expression. Mapping the local chromatin regulatory network revealed several additional genes of interest, including lnc-PHLDB1-1. Collectively, functional characterization implicated the risk alleles of these SNPs as modulators of promoter and/or enhancer activities that regulate cell type-specific expression of DDX6, CXCR5, and lnc-PHLDB1-1, among others. Further, these findings emphasize the importance of exploring the functional significance of SNPs in the context of complex chromatin architecture in disease-relevant cell types and tissues.

BiomiX addresses the data analysis bottleneck in high-throughput omics technologies, enabling the efficient, integrated analysis of multiomics data obtained from two cohorts. BiomiX incorporates diverse omics data. DESeq2/Limma packages analyze transcriptomics data, while statistical tests determine metabolomics peaks. The metabolomics annotation uses the mass-to-charge ratio in the CEU Mass Mediator database and fragmentation spectra in the TidyMass package while Methylomics analysis is performed using the ChAMP R package. Multiomics Factor Analysis (MOFA) integration and interpretation identifies common sources of variations among omics. BiomiX provides comprehensive outputs, including statistics and report figures, also integrating EnrichR and GSEA for biological process exploration. Subgroup analysis based on user gene panels enhances comparisons. BiomiX implements MOFA automatically, selecting the optimal MOFA model to discriminate the two cohorts being compared while providing interpretation tools for the discriminant MOFA factors. The interpretation relies on innovative bibliography research on Pubmed, which provides the articles most related to the discriminant factor contributors. The interpretation is also supported by clinical data correlation with the discriminant MOFA factors and pathways analyses of the top factor contributors. The integration of single and multi-omics analysis in a standalone tool, together with the implementation of MOFA and its interpretability by literature, constitute a step forward in the multi-omics landscape in line with the FAIR data principles. The wide parameter choice grants a personalized analysis at each level based on the user requirements. BiomiX is a user-friendly R-based tool compatible with various operating systems that aims to democratize multiomics analysis for bioinformatics non-experts.

Background: Immune checkpoint inhibitors (ICI) have significantly improved cancer prognosis but can lead to immune-related adverse events (irAE), including cutaneous manifestations affecting 30% to 60% of ICI-treated patients. However, the physiopathology of cutaneaous irAE remains unclear. Objective: This study investigated the immune infiltration in tissues affected by cutaneous irAE to elucidate their contribution to the pathogenesis of these toxicities. Methods: Skin biopsies from 6 patients with ICI-induced lichenoid eruptions were compared using imaging mass cytometry to samples from 7 controls with non-drug-related lichen planus. Results: T cells were the predominant cell type within the inflammatory infiltrate in all samples, but we observed a reduced T-cell infiltration and an increased B-cell frequency in ICI-induced lichen planus compared to non-drug related lichen planus. Among B cells, we observed a significant decrease in IgD-CD27- double-negative B cells and an increase in IgD+CD27- naive B cells. Spatial analysis demonstrated that infiltrating B cells were organized in aggregates close to T cells in ICI-induced lichen planus. Limitations: This is a retrospective single-center study with a relatively small sample size. Conclusion: This study sheds light on the involvement of B cells in the pathogenesis of ICI-induced lichen planus, suggesting distinct immunological mechanisms from non-drug-related lichen planus.

ABSTRACT Immunological memory is essential for effective immune protection upon antigen rechallenge. Memory B cells encompass multiple subsets, heterogeneous in terms of phenotypes, origins and precursors, anatomical localization, and functional responses. B-cell responses are conditioned by micro-environmental signals, including cytokines. Here, we analyzed in vitro the effects of two cytokines implicated in B-cell differentiation, interferon-alpha (IFN-α) and interleukin (IL)-21, on the early functional response of four different mature B-cell subsets (IgD - CD27 - naive, IgD + CD27 + unswitched, IgD - CD27 + switched and double-negative B cells). The dual response of naive and memory B cells to IL-21 allowed us to uncover a unique IgD + CD27 - CD10 - B-cell population (referred to as NARB + ) characterized by the expression of marginal zone B-cell markers CD45RB and CD1c. Similar to memory B cells, NARB + cells were in a pre-activated state, allowing them to rapidly differentiate into plasmablasts upon innate signals while maintaining their susceptibility to IL-21 activation-induced apoptosis as observed for the naive compartment. Both in-depth phenotypic analysis of circulating B cells, and identification of these cells in spleen, tonsil and gut-associated lymphoid tissues, supported that NARB + are uncommitted precursors of human marginal zone B cells.

Background:

 Primary Sjögren's syndrome (pSS) is an autoimmune disease, known for its disabling effect and chronic course. One of the peculiar symptoms is the lachrymal glands dryness associated often but not limited to dry mouth, dental disorders, joint pain, fatigue, and, in severe cases, systemic complications. The most relevant clinical feature is the infiltration of lymphocytes within the salivary glands and the development of an autoimmune endocrinopathy that can overstimulate lymphocytes until the development of lymphoma in 5% of the patients. pSS treatments are limited, and a deeper disease understanding is mandatory. Recently, Soret et al¹ proposed a novel classification of pSS patients, in line with the PRECISESADS project², aiming to reclassify the autoimmune diseases based on their biology more than the clinical features. 

Objectives:

 The 'interferon' cluster 1 (C1), 'healthy-like' cluster 2 (C2), 'lymphoid' cluster 3 (C3) and 'inflammatory' cluster 4 (C4) are analysed with novel datasets and omics from the same patients of the Soret et al study, including RNA-seq data from B lymphocytes and metabolomics data from plasma and urine. The multi-omics data integration by the MOFA algorithm is applied to extract factors able to catch the common variance from the novel and older omics. This study aims to extend the previous work and identify metabolomics markers easily obtainable with routine analysis to classify new pSS patients and provide the best care. 

Methods:

 Bioinformatics analyses were performed on the PRECISESADS datasets, including transcriptomics, metabolomics, methylomics and clinical data from over 300 pSS patients. The B-cell transcriptome was analysed using DESeq and GSEA. Plasma and urine metabolomics peak changes were quantified, statistically tested, and annotated using the Ceu Mass Mediator database. Common sources of variation among all the databases were identified using the MOFA integration analysis for each cluster, and the factor tested to be significantly discriminant to CTRLs. The clustering was performed in B-cell, plasma and urine data by linear discriminant analysis (LDA). 

Results:

 The B cell transcriptome highlighted the clusters C1 and C3 as the most affected by the interferon pathway, while C2 and C4 showed few differences compared to CTRLs. The cluster C4, marked by lymphopenia, had a low contribution of B lymphocytes in driving this patient cluster. Glycosylation genes (GALNTL6, MGAT3 and ENOSF1) contributed to the C2 and C4 differences among the clusters, while C1 and C3 by interferon signalling. Metabolomics analysis shed light on differences only in the plasma C1 cluster, where Lysophosphatidylcholine (LysoPC), phosphatidylinositol (PI) and neutral sphingolipids were upregulated, together with metabolites related to protein and nucleotide degradation. All clusters had a MOFA factor linked to interferon except the C2, where a single significant factor driven by B cell genes was associated with epigenetic modifications. Cluster 4 showed a factor associated with apoptosis in line with the lymphopenia, and carnitine complex showed a protective role in C1, C3, and C4 clusters, always contributing against their phenotype. LDA unveiled the drivers of the cluster differences, including interferon for B lymphocytes and cholines-associated lipids and phosphatidylinositol for plasma. 

Conclusion:

 This study provided novel details about the clustering of pSS patients observed in other studies^1,2. B lymphocytes in cluster C4 showed little difference compared to CTRLs, while glycosylation, interferon signalling and epigenetics are proposed as drivers in B cell alteration in the other Sjogren clusters. PI, choline lipids and carnitine were identified in plasma as discriminant markers in the pSS clustering prediction, making them promising for their easy clinical measurement. 

REFERENCES:

 [1] Soret, P. A new molecular classification to drive precision treatment strategies in primary Sjögren's syndrome. Nat Commun 12, 3523 (2021). [2] Barturen, G. et al. Integrative Analysis Reveals a Molecular Stratification of Systemic Autoimmune Diseases. Arthritis Rheumatol. Hoboken NJ73, 1073–1085 (2021). 

Acknowledgements:

 NIL. 

Disclosure of Interests:

 CRISTIAN IPERI: None declared, Alvaro Fernández-Ochoa: None declared, Jacques-Olivier Pers: None declared, Nathan Foulquier: None declared, Guillermo Barturen: None declared, Marta Alarcon-Riquelme As part of the public European project PRECISESADS from the Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking under Grant Agreement Number 115565. Innovative Health initiative from the European Union with in-kind contributions from the pharmaceutical industry (Sanofi, Roche, GSK, BMS, Novartis, Janssen, Tekada, Astra Zeneca and Pfizer. Payments are within the project and only BMS has made direct payments to her institution for personnel., Divi Cornec: None declared, Anne Bordron: None declared, Christophe Jamin: None declared.

ABSTRACT Objective Persistent inflammation can promote the development of tertiary lymphoid structures (TLS) within tissues resembling the secondary lymphoid organs (SLO) as lymph nodes (LN). The composition of the TLS across different organs and diseases could be of pathophysiological and medical interest. In this work, we compared TLS to SLO and between cancer and inflammatory diseases of the digestive tract. Design Colorectal and gastric tissues with different inflammatory diseases and cancers from the department of pathology of CHU Brest were analyzed based on 39 markers using imaging mass cytometry (IMC). Unsupervised and supervised clustering analyses of IMC images were used to compare SLO and TLS. Results Unsupervised analyses tended to group TLS per patient but not per disease. Supervised analyses of IMC images revealed that LN had a more organized structure than TLS and non-encapsulated SLO Peyer’s patches. TLS followed a maturation spectrum with close correlations between germinal cell (GC) markers’ evolution. The correlations between organizational and functional markers made relevant the previously proposed TLS division into three stages: lymphoid-aggregates (LA) (CD20+CD21-CD23-) had neither organization nor GC functionality, non-GC TLS (CD20+CD21+CD23-) were organized but lacked GC’s functionality and GC-like TLS (CD20+CD21+CD23+) had GC’s organization and functionality. This architectural and functional maturation grading of TLS pointed to differences across diseases. Conclusion TLS architectural and functional maturation grading is accessible with few markers allowing future diagnostic, prognostic, and predictive studies on the value of TLS grading, quantification and location within pathological tissues in cancers and inflammatory diseases. KEY MESSAGES - What is already known on this topic: Tertiary lymphoid structures (TLS) arise in organs under various pathological conditions and can be of prognostic significance. - What this study adds: This study deciphers the composition of TLS in digestive cancers and inflammatory diseases using massively multiplexed (39 markers) imaging mass cytometry (IMC). Beyond the term TLS, this study points to the heterogeneity of these structures in terms of composition and maturation but also the relevance of a simple architectural and functional three-stage grading of TLS. - How this study might affect research, practice, or policy: This preliminary study paves the way for future studies evaluating the diagnostic, prognostic and theranostic values of TLS maturation grading, quantification and location within tissues as novel biomarkers in inflammatory diseases and cancers.